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- PDB-6f4v: Crystal structure of cleaved Kallistatin complexed with heparin a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6f4v
タイトルCrystal structure of cleaved Kallistatin complexed with heparin at 1.8 Angstrom resolution
要素(Kallistatin) x 2
キーワードHYDROLASE / serpin / inhibitor / kellikrein
機能・相同性
機能・相同性情報


platelet dense granule lumen / Developmental Lineage of Pancreatic Acinar Cells / serine-type endopeptidase inhibitor activity / Platelet degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily ...Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors / Roll / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Zhou, A. / Wei, Z.
資金援助 英国, 中国, 2件
組織認可番号国
British Heart Foundation 英国
NSFC81572090 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of human Kallistatin
著者: Zhou, A. / Ma, L.
履歴
登録2017年11月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _database_PDB_caveat.text / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_atom_id / _pdbx_validate_chiral.auth_comp_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kallistatin
G: Kallistatin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,73911
ポリマ－43,6002
非ポリマー1,1399
水4,143230
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6680 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area16420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.770, 113.770, 76.561
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド / 糖 , 3種, 3分子 AG

#1: タンパク質 Kallistatin / Kallikrein inhibitor / Peptidase inhibitor 4 / PI-4 / Serpin A4


分子量: 39031.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SERPINA4, KST, PI4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29622
#2: タンパク質・ペプチド Kallistatin / Kallikrein inhibitor / Peptidase inhibitor 4 / PI-4 / Serpin A4


分子量: 4568.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SERPINA4, KST, PI4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29622
#3: 多糖 3-O-methyl-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-methyl 2,3,6-tri-O-sulfo-alpha-D-glucopyranoside


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 704.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1a_1-5_1*OC_2*OSO/3=O/3=O_3*OSO/3=O/3=O_6*OSO/3=O/3=O][a2121A-1a_1-5_2*OSO/3=O/3=O_3*OC]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][methyl]{[(1+1)][a-D-Manp2SO33SO36SO3]{[(4+1)][b-L-IdopA2SO33Me]{}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 5種, 238分子

#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 230 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 0.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 30% TERTBUTABOL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 1.196 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 R CdTe 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.196 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→56.88 Å / Num. obs: 52290 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 1.8→1.84 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 3094 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.8→98.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 4.558 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.096 / ESU R Free: 0.094 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19636 2602 5 %RANDOM
Rwork0.17219 ---
obs0.17343 49578 99.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.911 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.26 Å20.13 Å20 Å2
2--0.26 Å2-0 Å2
3----0.85 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.8→98.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3040 0 67 230 3337
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0193209
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023006
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4581.9784351
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.91136974
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4415386
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.5123.404141
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.46615555
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.3621517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2491
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213463
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02678
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4642.4731517
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.462.4711516
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4233.6941897
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.4233.6961898
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7372.8981692
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.7322.8671677
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.9094.2372450
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.63929.8443495
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.54229.4923460
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 180 -
Rwork0.268 3679 -
obs--99.36 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 45.9757 Å / Origin y: 7.7105 Å / Origin z: 2.404 Å
111213212223313233
T0.088 Å20.0295 Å2-0.0263 Å2-0.0277 Å2-0.0127 Å2--0.0268 Å2
L0.3546 °20.3746 °2-0.0996 °2-0.9916 °2-0.3033 °2--0.5519 °2
S-0.0078 Å °0.0137 Å °0.0224 Å °0.0084 Å °0.0473 Å °0.005 Å °0.006 Å °-0.0783 Å °-0.0395 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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