PDB-6f4t: Human JMJD5 (W414C) in complex with Mn(II), NOG and RCCD1 (139-14...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6f4t

タイトル

Human JMJD5 (W414C) in complex with Mn(II), NOG and RCCD1 (139-143) (complex-5)

要素

JmjC domain-containing protein 5
RCC1 domain-containing protein 1

キーワード

OXIDOREDUCTASE / NON-HEME / IRON / 2-OXOGLUTARATE / DIOXYGENASE / JMJC / JMJC DOMAIN / Lysine-specific demethylase 8 / JmjC domain-containing protein 5 / Arginyl C-3 Hydroxylase / JMJD5 / KDM8 / OXYGENASE / HYPOXIA / DNA-BINDING / METAL-BINDING / TRANSLATION / DSBH / FACIAL TRIAD / CYTOPLASM / JMJC HYDROXYLASE / JMJC DEMETHYLASE / KDMS / POST-TRANSLATIONAL MODIFICATIONS / PTM / BETA-HYDROXYLATION / HYDROXYLATION / ARGININE HYDROXYLATION / RCC1 domain-containing protein 1 / RCCD1 / Regulator of chromosome condensation / 40S ribosomal protein S6 / RPS6 / RIBOSOME BIOGENESIS / TRANSCRIPTION / EPIGENETIC REGULATION / SIGNALING / DEVELOPMENT / CELL STRUCTURE / TRANSCRIPTION ACTIVATOR/INHIBITOR / PHOSPHORYLATION / CANCER / POLYMORPHISM

機能・相同性

機能・相同性情報

[protein]-arginine 3-hydroxylase / peptidyl-arginine 3-dioxygenase activity / histone H3K36 demethylase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / Protein hydroxylation / aminopeptidase activity / : / regulation of signal transduction by p53 class mediator / circadian regulation of gene expression / protein destabilization ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.22 Å

データ登録者

Chowdhury, R. / Islam, M.S. / Schofield, C.J.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: JMJD5 is a human arginyl C-3 hydroxylase.
著者: Wilkins, S.E. / Islam, S. / Gannon, J.M. / Markolovic, S. / Hopkinson, R.J. / Ge, W. / Schofield, C.J. / Chowdhury, R.

履歴

登録	2017年11月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年4月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6f4t.cif.gz	179.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6f4t.ent.gz	144 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6f4t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f4/6f4t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f4/6f4t	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6f4mC 6f4nC 6f4oC 6f4pC 6f4qC 6f4rSC 6f4sC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6f4r-1 6i9l-d 6f4p-d 6i9m-d 6i9n-d 6f4q-1 4gaz-1 4upg-d 4gjz-d 4qu1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (6)

登録構造単位

A: JmjC domain-containing protein 5

B: RCC1 domain-containing protein 1

ヘテロ分子

30.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: JmjC domain-containing protein 5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
30.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: RCC1 domain-containing protein 1

登録者が定義した集合体
584 Da, 1 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.137, 65.169, 78.446
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	JmjC domain-containing protein 5 / Jumonji domain-containing protein 5 / Lysine-specific demethylase 8 分子量: 29471.150 Da / 分子数: 1 / 断片: Catalytic domain, UNP residues 183-416 / 変異: C217A, C232A, W414C / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: FRAGMENT: 183-416 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM8, JMJD5 / プラスミド: PNIC28 BSA4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q8N371, [50S ribosomal protein L16]-arginine 3-hydroxylase
#2: タンパク質・ペプチド	RCC1 domain-containing protein 1 分子量: 583.681 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 139-143 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: FRAGMENT: 139-143 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A6NED2

#1: タンパク質

JmjC domain-containing protein 5 / Jumonji domain-containing protein 5 / Lysine-specific demethylase 8

分子量: 29471.150 Da / 分子数: 1 / 断片: Catalytic domain, UNP residues 183-416 / 変異: C217A, C232A, W414C / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: FRAGMENT: 183-416 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM8, JMJD5 / プラスミド: PNIC28 BSA4 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q8N371, [50S ribosomal protein L16]-arginine 3-hydroxylase

#2: タンパク質・ペプチド

RCC1 domain-containing protein 1

分子量: 583.681 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 139-143 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: FRAGMENT: 139-143 / 由来: (合成)

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A6NED2

-
非ポリマー , 5種, 344分子

#3: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物	ChemComp-OGA / N-OXALYLGLYCINE / N-オキサリルグリシン分子量: 147.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₅NO₅ / コメント: 阻害剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 338 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.64 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 17.1 % PEG3350, 0.002 M MnCl2, 300 nl sitting drops (sample:well, 1:1 ratio)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月10日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.22→50.13 Å / Num. obs: 75316 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.6 % / B_iso Wilson estimate: 16 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.049 / R_pim(I) all: 0.023 / Net I/σ(I): 13.3
反射シェル	解像度: 1.22→1.29 Å / R_merge(I) obs: 1.036 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 10919 / CC_1/2: 0.623 / R_pim(I) all: 0.481 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829: ???)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6F4R

6f4r

解像度: 1.22→39.234 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.12 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1544	3767	5.01 %	RANDOM
R_work	0.1413	-	-	-
obs	0.1419	75238	99.51 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 54.1 Å² / k_sol: 0.41 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.88 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.27 Å²	0 Å²
3-	-	-	5.14 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.16 Å	0.15 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	-	0.19 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.22→39.234 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1925	0	37	338	2300

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.018	2288
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.511	3147
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.002	868
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.106	323
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.012	427

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.22-1.2355	0.3613	130	0.3178	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2355-1.2517	0.313	122	0.2872	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2517-1.2689	0.246	119	0.2711	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2689-1.287	0.2753	140	0.2389	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
1.287-1.3062	0.239	150	0.2253	2602	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3062-1.3266	0.2269	133	0.2183	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3266-1.3484	0.2328	147	0.1991	2582	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3484-1.3716	0.2122	141	0.1884	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3716-1.3966	0.1826	130	0.1759	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3966-1.4234	0.1702	135	0.1652	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4234-1.4525	0.1704	137	0.1627	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4525-1.4841	0.1743	130	0.1541	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4841-1.5186	0.1724	155	0.1476	2624	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5186-1.5566	0.1743	123	0.145	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5566-1.5986	0.1749	154	0.1387	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5986-1.6457	0.1395	152	0.1331	2625	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6457-1.6988	0.1428	142	0.1289	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6988-1.7595	0.1259	148	0.1298	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7595-1.83	0.1433	136	0.1273	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
1.83-1.9133	0.1319	139	0.1283	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9133-2.0141	0.1273	138	0.1211	2645	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0141-2.1403	0.1293	156	0.1207	2646	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1403-2.3055	0.1458	143	0.1227	2627	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3055-2.5375	0.1487	132	0.1267	2656	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5375-2.9046	0.1606	125	0.1328	2702	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9046-3.6591	0.1451	154	0.1286	2673	X-RAY DIFFRACTION	98
3.6591-39.2545	0.1503	156	0.146	2792	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4195	-0.3304	-0.3308	0.2723	-0.0506	0.5219	0.0001	0.0188	0.2697	0.075	0.0879	0.2285	-0.1933	-0.2765	0.0497	0.1552	0.0482	0.0399	0.2243	0.0411	0.2383	-24.8699	21.783	-19.8526
2	0.2642	0.2045	-0.0991	0.1434	-0.0591	0.4383	-0.0544	-0.1623	0.1388	0.1944	0.1374	-0.0943	-0.1762	-0.0466	0.0021	0.2541	0.0358	0.0051	0.2222	-0.0311	0.1642	-8.5664	10.6131	-3.2113
3	0.9821	-0.3186	0.3583	0.5504	0.2951	0.3374	0.0705	0.2469	0.0501	-0.1884	-0.1333	-0.0692	0.0116	0.1786	0	0.2006	0.0284	0.0314	0.2057	0.0237	0.1781	3.297	4.4061	-22.2311
4	0.3439	-0.723	0.0377	0.8651	-0.5602	0.9791	0.0013	0.1643	0.1272	0.0695	-0.097	-0.2016	-0.0258	0.211	-0.0003	0.1413	-0.0108	0.0008	0.1597	0.0252	0.1882	4.6951	7.5956	-14.6053
5	0.31	-0.0706	-0.1504	0.4544	-0.099	0.06	-0.0697	-0.1116	-0.287	0.1203	0.1143	0.2531	0.0986	-0.1576	0.0036	0.187	-0.0144	0.0215	0.1991	0.0453	0.2404	-19.4347	4.6155	-13.0458
6	0.051	-0.11	0.0344	0.0883	-0.0594	0.0476	0.0483	0.0098	-0.0605	0.0045	0.0306	0.0677	0.0195	0.0426	0.0001	0.1456	0.0042	-0.0081	0.1306	-0.0036	0.1753	-9.3228	6.8672	-17.1222
7	0.2888	-0.1406	-0.32	0.3302	-0.2616	0.5279	0.0564	0.0925	-0.1081	-0.0127	0.0154	-0.0778	0.0462	0.0824	-0	0.1407	-0.0106	-0.0143	0.138	-0.006	0.1405	-6.2637	13.2785	-25.9522
8	0.2061	-0.1385	-0.1783	0.2626	-0.2587	0.3197	0.0214	-0.025	0.008	0.0921	0.0638	0.0452	-0.0557	-0.0203	0.0007	0.1331	0.0026	0.005	0.1169	0.0018	0.1126	-9.9543	18.6101	-20.0712
9	0.5606	-0.0282	-0.5836	0.465	-0.5356	0.8189	-0.063	0.183	-0.1039	-0.2564	0.01	-0.0042	0.0356	-0.0742	0.0001	0.1887	-0.0129	0.0057	0.1773	-0.0326	0.139	-7.7077	14.3188	-38.0593
10	0.1397	0.0364	-0.2377	0.4112	0.1831	0.1588	0.1472	0.1263	0.1147	-0.0453	-0.0233	-0.0833	-0.2363	0.0253	0.0019	0.1989	0.0134	0.0489	0.1918	0.0141	0.1465	-2.1117	24.7022	-39.1846
11	0.4325	-0.1619	-0.2342	0.2742	-0.3195	0.3238	0.0113	0.0017	0.0796	0.0584	0.0699	0.0946	-0.1045	-0.1064	0.0033	0.142	0.0044	0.0067	0.1331	0.0018	0.1414	-14.4111	19.1237	-23.0778
12	0.1684	-0.2864	-0.2181	0.4332	-0.6402	0.7006	0.0129	0.023	-0.0516	0.0373	0.0456	0.0298	-0.0416	-0.0341	0.0007	0.1354	-0.0071	-0.0097	0.1282	-0.0019	0.1356	-10.4638	13.2728	-19.5847

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 182:211)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 212:230)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 231:254)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 255:277)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 278:305)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 306:312)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 313:325)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 326:341)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 342:365)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 366:381)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 382:399)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 400:416)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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