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万見
- PDB-6f3y: Backbone structure of Des-Arg10-Kallidin (DAKD) peptide bound to ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6f3y
タイトルBackbone structure of Des-Arg10-Kallidin (DAKD) peptide bound to human Bradykinin 1 Receptor (B1R) determined by DNP-enhanced MAS SSNMR
要素Kininogen-1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GPCR / DNP
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cell adhesion / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / negative regulation of blood coagulation / negative regulation of proteolysis / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Peptide ligand-binding receptors / platelet alpha granule lumen / Post-translational protein phosphorylation / hormone activity / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) ...negative regulation of cell adhesion / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / negative regulation of blood coagulation / negative regulation of proteolysis / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Peptide ligand-binding receptors / platelet alpha granule lumen / Post-translational protein phosphorylation / hormone activity / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / blood coagulation / vasodilation / Platelet degranulation / heparin binding / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / : / G alpha (i) signalling events / G alpha (q) signalling events / blood microparticle / positive regulation of apoptotic process / inflammatory response / endoplasmic reticulum lumen / signaling receptor binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / zinc ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
HMW kininogen / Kininogen-type cystatin domain / Kininogen-type cystatin domain profile. / : / Proteinase inhibitor I25, cystatin, conserved site / Cysteine proteases inhibitors signature. / Cystatin domain / Cystatin-like domain / Cystatin domain / Cystatin superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法個体NMR / torsion angle dynamics / na
データ登録者Mao, J. / Kuenze, G. / Joedicke, L. / Meiler, J. / Michel, H. / Glaubitz, C.
資金援助 ドイツ, 米国, 4件
組織認可番号国
German Research FoundationSFB 807 ドイツ
German Research FoundationCluster of Excellence Frankfurt Macromolecular Complexes ドイツ
German Research FoundationGL 307/8-1 ドイツ
National Institutes of HealthR01 GM080403, R01 GM099842, R01 GM073151 米国
引用ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: The molecular basis of subtype selectivity of human kinin G-protein-coupled receptors.
著者: Joedicke, L. / Mao, J. / Kuenze, G. / Reinhart, C. / Kalavacherla, T. / Jonker, H.R.A. / Richter, C. / Schwalbe, H. / Meiler, J. / Preu, J. / Michel, H. / Glaubitz, C.
履歴
登録2017年11月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32018年1月31日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42018年2月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.52019年8月21日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.62021年6月23日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_spectrometer / Item: _pdbx_nmr_spectrometer.field_strength
改定 1.72023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.82024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kininogen-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,0341
ポリマ－1,0341
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area1320 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 500structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #4closest to the average

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Kininogen-1 / Alpha-2-thiol proteinase inhibitor / Fitzgerald factor / High molecular weight kininogen / HMWK / ...Alpha-2-thiol proteinase inhibitor / Fitzgerald factor / High molecular weight kininogen / HMWK / Williams-Fitzgerald-Flaujeac factor


分子量: 1034.210 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01042

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実験情報

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実験

実験手法: 個体NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 13C-13C DQ-SQ
121isotropic12D 15N-13C TEDOR
132isotropic12D 13C-13C DQ-SQ
142isotropic12D 15N-13C TEDOR
153isotropic12D 13C-13C DQ-SQ
193isotropic12D 15N-13C TEDOR
184isotropic12D 13C-13C DQ-SQ
174isotropic12D 15N-13C TEDOR
165isotropic12D 13C-13C DQ-SQ
1105isotropic12D 15N-13C TEDOR
1116isotropic12D 13C-13C DQ-SQ
1136isotropic12D 13C-13C DQ-SQ
1126isotropic11D REDOR/DQF double-filter 13C

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solid1312.5 uM [U-13C; U-15N] K1 Des-Arg10-Kallidin (DAKD), 312.5 uM not labeled human B1R, 10 mM not labeled AMUPOL, 50 mM not labeled HEPES, 150 mM not labeled NaCl, 4 % w/v not labeled DDM, 0.4 % w/v not labeled CHS, 10% H2O/ 40%D2O/ 50% d8-glycerolfrozen solution of B1R-DAKD complex in DDM/CHS detergent micelleUCN-K1 DAKD10% H2O/ 40%D2O/ 50% d8-glycerol
solid2312.5 uM [U-13C; U-15N] R2S7 Des-Arg10-Kallidin (DAKD), 312.5 uM not labeled human B1R, 10 mM not labeled AMUPOL, 50 mM not labeled HEPES, 150 mM not labeled NaCl, 4 % w/v not labeled DDM, 0.4 % w/v not labeled CHS, 10% H2O/ 40%D2O/ 50% d8-glycerolfrozen solution of B1R-DAKD complex in DDM/CHS detergent micelleUCN-R2S7 DAKD10% H2O/ 40%D2O/ 50% d8-glycerol
solid3312.5 uM [U-13C; U-15N] P3 Des-Arg10-Kallidin (DAKD), 312.5 uM not labeled human B1R, 10 mM not labeled AMUPOL, 50 mM not labeled HEPES, 150 mM not labeled NaCl, 4 % w/v not labeled DDM, 0.4 % w/v not labeled CHS, 10% H2O/ 40%D2O/ 50% d8-glycerolfrozen solution of B1R-DAKD complex in DDM/CHS detergent micelleUCN-P3 DAKD10% H2O/ 40%D2O/ 50% d8-glycerol
solid4312.5 uM [U-13C; U-15N] P4 Des-Arg10-Kallidin (DAKD), 312.5 uM not labeled human B1R, 10 mM not labeled AMUPOL, 50 mM not labeled HEPES, 150 mM not labeled NaCl, 4 % w/v not labeled DDM, 0.4 % w/v not labeled CHS, 10% H2O/ 40%D2O/ 50% d8-glycerolfrozen solution of B1R-DAKD complex in DDM/CHS detergent micelleUCN-P4 DAKD10% H2O/ 40%D2O/ 50% d8-glycerol
solid5312.5 uM [U-13C; U-15N] G5F6 Des-Arg10-Kallidin (DAKD), 312.5 uM not labeled human B1R, 10 mM not labeled AMUPOL, 50 mM not labeled HEPES, 150 mM not labeled NaCl, 4 % w/v not labeled DDM, 0.4 % w/v not labeled CHS, 10% H2O/ 40%D2O/ 50% d8-glycerolfrozen solution of B1R-DAKD complex in DDM/CHS detergent micelleUCN-G5F6 DAKD10% H2O/ 40%D2O/ 50% d8-glycerol
solid6312.5 uM [U-13C; U-15N] S7P9 Des-Arg10-Kallidin (DAKD), 312.5 uM not labeled human B1R, 10 mM not labeled AMUPOL, 50 mM not labeled HEPES, 150 mM not labeled NaCl, 4 % w/v not labeled DDM, 0.4 % w/v not labeled CHS, 10% H2O/ 40%D2O/ 50% d8-glycerolfrozen solution of B1R-DAKD complex in DDM/CHS detergent micelleUCN-S7P9 DAKD10% H2O/ 40%D2O/ 50% d8-glycerol
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
312.5 uMDes-Arg10-Kallidin (DAKD)[U-13C; U-15N] K11
312.5 uMhuman B1Rnot labeled1
10 mMAMUPOLnot labeled1
50 mMHEPESnot labeled1
150 mMNaClnot labeled1
4 % w/vDDMnot labeled1
0.4 % w/vCHSnot labeled1
312.5 uMDes-Arg10-Kallidin (DAKD)[U-13C; U-15N] R2S72
312.5 uMhuman B1Rnot labeled2
10 mMAMUPOLnot labeled2
50 mMHEPESnot labeled2
150 mMNaClnot labeled2
4 % w/vDDMnot labeled2
0.4 % w/vCHSnot labeled2
312.5 uMDes-Arg10-Kallidin (DAKD)[U-13C; U-15N] P33
312.5 uMhuman B1Rnot labeled3
10 mMAMUPOLnot labeled3
50 mMHEPESnot labeled3
150 mMNaClnot labeled3
4 % w/vDDMnot labeled3
0.4 % w/vCHSnot labeled3
312.5 uMDes-Arg10-Kallidin (DAKD)[U-13C; U-15N] P44
312.5 uMhuman B1Rnot labeled4
10 mMAMUPOLnot labeled4
50 mMHEPESnot labeled4
150 mMNaClnot labeled4
4 % w/vDDMnot labeled4
0.4 % w/vCHSnot labeled4
312.5 uMDes-Arg10-Kallidin (DAKD)[U-13C; U-15N] G5F65
312.5 uMhuman B1Rnot labeled5
10 mMAMUPOLnot labeled5
50 mMHEPESnot labeled5
150 mMNaClnot labeled5
4 % w/vDDMnot labeled5
0.4 % w/vCHSnot labeled5
312.5 uMDes-Arg10-Kallidin (DAKD)[U-13C; U-15N] S7P96
312.5 uMhuman B1Rnot labeled6
10 mMAMUPOLnot labeled6
50 mMHEPESnot labeled6
150 mMNaClnot labeled6
4 % w/vDDMnot labeled6
0.4 % w/vCHSnot labeled6
試料状態詳細: frozen solution of B1R-DAKD complex in DDM/CHS detergent micelle
イオン強度: 175 mM / Label: DNP / pH: 7.6 / 圧: 1 atm / 温度: 110 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE II / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE II / 磁場強度: 400 MHz / 詳細: SSNMR spectrometer

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
TopSpinBruker Biospinchemical shift assignment
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospinデータ解析
TopSpinBruker Biospin解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
TALOS-NShen, Bax精密化
PREDITORBerjanskii, Neal, Wishart精密化
Flexible-meccanoOzone, Bauer, Salmon, Huang, Jensen, Segard, Bernado, Charavay, Blackledge精密化
SHIFTX1.1Neal, Nip, Zhang, Wishart精密化
Circos0.69.3Krzywinski, Schein, Birol, Connors, Gascoyne, Horsman, Jones, A Marra精密化
TALOS+Shen, Delaglio, Cornilescu, Baxデータ解析
精密化
手法ソフトェア番号詳細
torsion angle dynamics1
na7used in joint analysis, see paper for more details
na8used in joint analysis, see paper for more details
na9used in joint analysis, see paper for more details
na10used in joint analysis, see paper for more details
na11used in joint analysis, see paper for more details
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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