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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6f3p | ||||||
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タイトル | Crystal structure of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from Pseudomonas aeruginosa in complex with 3'-deoxyadenosine and K+ cation | ||||||
要素 | Adenosylhomocysteinase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / REGULATION OF SAM-DEPENDENT METHYLATION REACTIONS | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 adenosylhomocysteinase / adenosylhomocysteinase activity / S-adenosylmethionine cycle / one-carbon metabolic process / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å | ||||||
データ登録者 | Czyrko, J. / Brzezinski, K. | ||||||
資金援助 | ポーランド, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018 タイトル: Metal-cation regulation of enzyme dynamics is a key factor influencing the activity of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from Pseudomonas aeruginosa. 著者: Czyrko, J. / Sliwiak, J. / Imiolczyk, B. / Gdaniec, Z. / Jaskolski, M. / Brzezinski, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6f3p.cif.gz | 436.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6f3p.ent.gz | 353 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6f3p.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6f3p_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6f3p_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6f3p_validation.xml.gz | 45.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6f3p_validation.cif.gz | 71.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/6f3p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/6f3p | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6f3mC 6f3nC 6f3oC 6f3qC 1li4S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
実験データセット #1 | データ参照: 10.18430/M36F3P / データの種類: diffraction image data |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PHE / Beg label comp-ID: PHE / End auth comp-ID: TYR / End label comp-ID: TYR / Refine code: _ / Auth seq-ID: 10 - 469 / Label seq-ID: 13 - 472
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AC
#1: タンパク質 | 分子量: 51735.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌) 遺伝子: ahcY, sahH, PA0432 / プラスミド: pMCSG57 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): CodonPlus RILP / 参照: UniProt: Q9I685, adenosylhomocysteinase |
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-非ポリマー , 6種, 1137分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.16 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 50 mM KH2PO4, 15% (W/V) PEG8000, 20% (V/V) GLYCEROL, 2 mM 3'-deoxyadenosine |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.35→30 Å / Num. obs: 245319 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 13.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.35→1.4 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1LI4 解像度: 1.35→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.986 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.981 / SU B: 1.337 / SU ML: 0.023 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.031 / ESU R Free: 0.033 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.554 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.35→30 Å
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拘束条件 |
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