PDB-6f3o: Crystal structure of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from Pse...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6f3o

タイトル

Crystal structure of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from Pseudomonas aeruginosa complexed with adenine, K+ and Zn2+ cations

要素

Adenosylhomocysteinase

キーワード

HYDROLASE / REGULATION OF SAM-DEPENDENT METHYLATION REACTIONS

機能・相同性

機能・相同性情報

L-homocysteine biosynthetic process / adenosylhomocysteinase / adenosylhomocysteinase activity / S-adenosylmethionine cycle / one-carbon metabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Czyrko, J. / Brzezinski, K.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: Metal-cation regulation of enzyme dynamics is a key factor influencing the activity of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from Pseudomonas aeruginosa.
著者: Czyrko, J. / Sliwiak, J. / Imiolczyk, B. / Gdaniec, Z. / Jaskolski, M. / Brzezinski, K.

履歴

登録	2017年11月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年8月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6f3o.cif.gz	730.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6f3o.ent.gz	602.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6f3o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/6f3o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/6f3o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6f3mC 6f3nC 6f3pSC 6f3qC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6f3m-d 6f3q-d 6f3p-1 1a7a-1 1li4-1 3nj4-d 2h5l-1 1d4f-d 1k0u-1 5axb-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.18430/M36F3O / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#210 - 2017年6月アデニンリボスイッチの動き (Adenine Riboswitch in Action) 類似性 (1) #130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Adenosylhomocysteinase

B: Adenosylhomocysteinase

C: Adenosylhomocysteinase

D: Adenosylhomocysteinase

ヘテロ分子

211 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	170.839, 99.614, 111.825
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.97, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: PHE / Beg label comp-ID: PHE / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	TYR	TYR	A	A	10 - 469	13 - 472
2	1	TYR	TYR	B	B	10 - 469	13 - 472
1	2	TYR	TYR	A	A	10 - 469	13 - 472
2	2	TYR	TYR	C	C	10 - 469	13 - 472
1	3	ARG	ARG	A	A	10 - 468	13 - 471
2	3	ARG	ARG	D	D	10 - 468	13 - 471
1	4	TYR	TYR	B	B	10 - 469	13 - 472
2	4	TYR	TYR	C	C	10 - 469	13 - 472
1	5	ARG	ARG	B	B	10 - 468	13 - 471
2	5	ARG	ARG	D	D	10 - 468	13 - 471
1	6	ARG	ARG	C	C	10 - 468	13 - 471
2	6	ARG	ARG	D	D	10 - 468	13 - 471

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Adenosylhomocysteinase / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase / AdoHcyase 分子量: 51735.031 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌) 遺伝子: ahcY, sahH, PA0432 / プラスミド: pMCSG57 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): CodonPlus RILP / 参照: UniProt: Q9I685, adenosylhomocysteinase

#1: タンパク質

Adenosylhomocysteinase / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase / AdoHcyase

分子量: 51735.031 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
遺伝子: ahcY, sahH, PA0432 / プラスミド: pMCSG57 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): CodonPlus RILP / 参照: UniProt: Q9I685, adenosylhomocysteinase

-
非ポリマー , 7種, 1639分子

#2: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#5: 化合物	ChemComp-ADE / ADENINE / アデニン分子量: 135.127 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₅N₅
#6: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1616 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.31 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 50 mM KH2PO4, 20% (w/v) PEG8000, 2 mM 2'-deoxyadenosine

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.3 / 波長: 0.895 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.895 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→25 Å / Num. obs: 182928 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 17.6
反射シェル	解像度: 1.75→1.81 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0155	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定
ARP/wARP		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6F3P

6f3p

解像度: 1.75→25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / SU B: 3.123 / SU ML: 0.054 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.092 / ESU R Free: 0.088 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.16712	1806	1 %	RANDOM
R_work	0.13976	-	-	-
obs	0.14003	181035	99.69 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.543 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.03 Å²	-0 Å²	-0.08 Å²
2-	-	0.24 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.22 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.75→25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14196	0	268	1616	16080

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.019	14981
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	14411
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.657	1.955	20356
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.983	3	33226
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.351	5	1915
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.562	25.184	652
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.988	15	2648
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.423	15	72
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.103	0.2	2284
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	17627
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	3285
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.052	1.849	7459
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.052	1.849	7458
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.494	2.771	9345
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.494	2.771	9346
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.631	2.068	7522
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.631	2.068	7522
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.501	3.03	10980
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.235	23.674	17424
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.066	22.97	17011
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	30682	0.07
1	2	B	30682	0.07
2	1	A	30784	0.07
2	2	C	30784	0.07
3	1	A	30922	0.06
3	2	D	30922	0.06
4	1	B	30556	0.06
4	2	C	30556	0.06
5	1	B	30618	0.06
5	2	D	30618	0.06
6	1	C	30734	0.06
6	2	D	30734	0.06

LS精密化シェル

解像度: 1.753→1.798 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.196	133	-
R_work	0.177	13008	-
obs	-	-	97.39 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.24	0.0344	-0.1548	0.1715	-0.0235	0.4893	-0.0236	0.0036	0.0015	0.0345	-0.0134	-0.017	-0.0044	0.0954	0.037	0.012	-0.0067	-0.0087	0.066	0.0184	0.076	72.3246	16.1897	19.3771
2	0.0405	-0.0683	0.1026	0.2402	-0.0591	0.424	-0.0072	0.0054	0.0016	0.04	-0.001	-0.0279	-0.0515	0.0209	0.0081	0.0656	-0.0203	-0.0129	0.0213	0.0087	0.0775	54.2177	37.3781	27.8641
3	0.4866	0.0633	-0.0811	0.0416	-0.0186	0.028	0.0124	0.0359	-0.0149	-0.0068	-0.0225	-0.0122	0.0224	0.014	0.0101	0.0516	0.0232	0.0132	0.0475	0.0086	0.0784	57.4392	8.3481	7.175
4	0.104	0.0587	-0.0763	0.1195	0.0609	0.3903	0.0078	0.003	-0.0098	-0.0215	-0.0144	-0.0075	-0.0249	-0.0311	0.0065	0.048	0.0071	0.0062	0.0334	0.0005	0.0647	24.9101	24.7478	-8.632
5	0.481	-0.0255	-0.0951	0.1645	0.0001	0.0644	-0.033	0.0193	-0.0572	0.0196	-0.003	0.0085	-0.0102	0.0018	0.0361	0.0435	-0.0023	0.0189	0.0261	-0.0059	0.0791	27.2905	6.0974	13.8156
6	0.098	0.0551	0.1764	0.0932	0.0466	0.3655	-0.014	0.0106	0.0061	-0.0245	-0.0152	-0.0246	-0.0173	0.0298	0.0292	0.0556	-0.0017	0.021	0.0366	0.0084	0.0747	44.067	31.8854	-1.8828
7	0.2146	-0.3011	-0.2715	0.5422	0.3496	0.4122	-0.1343	-0.0334	0.0442	0.2572	0.1383	-0.0564	0.1071	0.0269	-0.004	0.1958	0.05	-0.0721	0.0566	0.0001	0.0358	48.4446	26.6139	61.4907
8	0.4195	0.0515	-0.0685	0.2189	0.0285	0.1185	-0.0565	-0.0167	-0.0194	0.0378	0.0084	-0.015	0.0177	0.0031	0.0481	0.0719	0.007	0.01	0.0227	0.0176	0.0541	46.1088	5.5543	41.5515
9	0.1544	-0.2066	0.1686	0.4299	-0.0076	0.4958	-0.0874	-0.0198	0.0287	0.1631	0.0153	-0.0103	-0.0201	-0.0369	0.0721	0.1264	0.0081	0.0078	0.0066	-0.0143	0.0456	30.4055	34.7116	55.3176
10	0.2507	-0.0963	0.0105	0.0456	0.0057	0.28	-0.0204	-0.0097	-0.0055	0.0002	-0.0153	-0.0074	-0.0004	-0.0581	0.0358	0.0326	-0.0066	0.0224	0.0649	-0.0096	0.0567	1.1567	18.8132	35.1661
11	0.0516	-0.0123	0.157	0.2454	0.0458	0.6254	-0.0043	-0.0104	-0.0098	-0.0058	-0.0187	-0.0069	-0.0869	-0.047	0.0231	0.0734	0.0125	0.007	0.0255	-0.009	0.0637	20.6242	38.3594	25.2553
12	0.5031	-0.1134	-0.0803	0.0269	0.0191	0.0231	-0.0147	-0.0369	-0.0088	0.0045	0.0046	-0.0046	0.0226	-0.0146	0.0101	0.0791	-0.0151	0.0287	0.0604	-0.0008	0.0547	15.4578	11.2146	48.2088

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	10 - 205
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	206 - 381
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	382 - 469
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	10 - 194
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	195 - 381
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	382 - 469
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	10 - 205
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	206 - 381
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	382 - 469
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	9 - 205
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	206 - 381
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	382 - 469

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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