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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6f34 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a bacterial cationic amino acid transporter (CAT) homologue bound to Arginine. | ||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Amino Acid Transporter / SLC7 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cellular response to magnesium starvation / transmembrane transporter activity / 生体膜 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Geobacillus kaustophilus (バクテリア) Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.13 Å | ||||||
データ登録者 | Jungnickel, K.E.J. / Newstead, S. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018 タイトル: Structural basis for amino acid transport by the CAT family of SLC7 transporters. 著者: Jungnickel, K.E.J. / Parker, J.L. / Newstead, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6f34.cif.gz | 207.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6f34.ent.gz | 167.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6f34.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/6f34 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/6f34 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AC
#1: タンパク質 | 分子量: 49658.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Geobacillus kaustophilus (バクテリア) 株: HTA426 / 遺伝子: GK0930, ApcT / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: Q5L1G5 |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2965.577 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: yneM, b4599, JW1527.1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: A5A616 |
-非ポリマー , 4種, 78分子
#3: 化合物 | ChemComp-ARG / | ||
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#4: 化合物 | ChemComp-CLR / | ||
#5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.99 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 4 詳細: 28-34 % PEG 400, 0.1 M sodium acetate pH 4.0 and 0.1 M potassium fluoride, containing 10 mM of the amino acid ligand. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 77 K | ||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98 Å | ||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月30日 | ||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3.13→64.63 Å / Num. obs: 13951 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 94.64 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.173 / Rpim(I) all: 0.074 / Rrim(I) all: 0.188 / Net I/σ(I): 5.5 / Num. measured all: 89902 / Scaling rejects: 84 | ||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5OQT 解像度: 3.13→50.926 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.62
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 215.42 Å2 / Biso mean: 99.082 Å2 / Biso min: 55.19 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.13→50.926 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -12.3337 Å / Origin y: -1.9101 Å / Origin z: 25.4411 Å
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精密化 TLSグループ |
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