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- PDB-6f2r: A heterotetramer of human HspB2 and HspB3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6f2r
タイトルA heterotetramer of human HspB2 and HspB3
要素
  • (Heat shock protein beta- ...) x 2
  • (HspB2,Heat shock protein beta-2,Heat shock protein beta-2,Heat shock protein beta-2,Heat shock ...) x 2
  • (Unknown peptide from HspB2 or ...) x 5
キーワードCHAPERONE / sHSP / crystallin
機能・相同性
機能・相同性情報


somatic muscle development / structural constituent of eye lens / response to unfolded protein / enzyme activator activity / : / response to heat / protein refolding / nuclear speck / negative regulation of apoptotic process / nucleus ...somatic muscle development / structural constituent of eye lens / response to unfolded protein / enzyme activator activity / : / response to heat / protein refolding / nuclear speck / negative regulation of apoptotic process / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Heat shock protein beta-3 / Alpha-crystallin, N-terminal / Alpha crystallin A chain, N terminal / Alpha crystallin/Small heat shock protein, animal type / Immunoglobulin-like - #790 / Hsp20/alpha crystallin family / Small heat shock protein (sHSP) domain profile. / Alpha crystallin/Hsp20 domain / HSP20-like chaperone / Immunoglobulin-like ...Heat shock protein beta-3 / Alpha-crystallin, N-terminal / Alpha crystallin A chain, N terminal / Alpha crystallin/Small heat shock protein, animal type / Immunoglobulin-like - #790 / Hsp20/alpha crystallin family / Small heat shock protein (sHSP) domain profile. / Alpha crystallin/Hsp20 domain / HSP20-like chaperone / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Heat shock protein beta-3 / Heat shock protein beta-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Clark, A.R. / Cole, A.R. / Boelens, W.C. / Keep, N.H. / Slingsby, C.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)G0801846 英国
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2018
タイトル: Terminal Regions Confer Plasticity to the Tetrameric Assembly of Human HspB2 and HspB3.
著者: Clark, A.R. / Vree Egberts, W. / Kondrat, F.D.L. / Hilton, G.R. / Ray, N.J. / Cole, A.R. / Carver, J.A. / Benesch, J.L.P. / Keep, N.H. / Boelens, W.C. / Slingsby, C.
履歴
登録2017年11月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月21日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / struct
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct.title
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HspB2,Heat shock protein beta-2,Heat shock protein beta-2,Heat shock protein beta-2,Heat shock protein beta-2,Heat shock protein beta-2
C: HspB2,Heat shock protein beta-2,Heat shock protein beta-2,Heat shock protein beta-2,Heat shock protein beta-2,Heat shock protein beta-2
D: Heat shock protein beta-2
E: HspB2,Heat shock protein beta-2,Heat shock protein beta-2,Heat shock protein beta-2,Heat shock protein beta-2,Heat shock protein beta-2
T: Heat shock protein beta-3,Heat shock protein beta-3,Heat shock protein beta-3,Heat shock protein beta-3,Heat shock protein beta-2
G: HspB2,Heat shock protein beta-2,Heat shock protein beta-2,Heat shock protein beta-2,Heat shock protein beta-2,Heat shock protein beta-2
I: HspB2,Heat shock protein beta-2,Heat shock protein beta-2,Heat shock protein beta-2,Heat shock protein beta-2,Heat shock protein beta-2
V: Heat shock protein beta-3,Heat shock protein beta-3,Heat shock protein beta-3,Heat shock protein beta-3,Heat shock protein beta-2
K: HspB2,Heat shock protein beta-2,Heat shock protein beta-2,Heat shock protein beta-2,Heat shock protein beta-2,Heat shock protein beta-2
M: Unknown peptide from HspB2 or HspB3
N: Unknown peptide from HspB2 or HspB3
O: Unknown peptide from HspB2 or HspB3
Q: Heat shock protein beta-3,Heat shock protein beta-3,Heat shock protein beta-3,Heat shock protein beta-3,Heat shock protein beta-2
F: Heat shock protein beta-2
J: Heat shock protein beta-2
1: Unknown peptide from HspB2 or HspB3
2: Unknown peptide from HspB2 or HspB3
3: Unknown peptide from HspB2 or HspB3
W: Unknown peptide from HspB2 or HspB3
X: Unknown peptide from HspB2 or HspB3
Y: Unknown peptide from HspB2 or HspB3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)256,61421
ポリマ－256,61421
非ポリマー00
水00
1
A: HspB2,Heat shock protein beta-2,Heat shock protein beta-2,Heat shock protein beta-2,Heat shock protein beta-2,Heat shock protein beta-2
C: HspB2,Heat shock protein beta-2,Heat shock protein beta-2,Heat shock protein beta-2,Heat shock protein beta-2,Heat shock protein beta-2
D: Heat shock protein beta-2
M: Unknown peptide from HspB2 or HspB3
Q: Heat shock protein beta-3,Heat shock protein beta-3,Heat shock protein beta-3,Heat shock protein beta-3,Heat shock protein beta-2
1: Unknown peptide from HspB2 or HspB3
W: Unknown peptide from HspB2 or HspB3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,7377
ポリマ－85,7377
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: HspB2,Heat shock protein beta-2,Heat shock protein beta-2,Heat shock protein beta-2,Heat shock protein beta-2,Heat shock protein beta-2
T: Heat shock protein beta-3,Heat shock protein beta-3,Heat shock protein beta-3,Heat shock protein beta-3,Heat shock protein beta-2
G: HspB2,Heat shock protein beta-2,Heat shock protein beta-2,Heat shock protein beta-2,Heat shock protein beta-2,Heat shock protein beta-2
N: Unknown peptide from HspB2 or HspB3
F: Heat shock protein beta-2
2: Unknown peptide from HspB2 or HspB3
Y: Unknown peptide from HspB2 or HspB3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,4817
ポリマ－85,4817
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
I: HspB2,Heat shock protein beta-2,Heat shock protein beta-2,Heat shock protein beta-2,Heat shock protein beta-2,Heat shock protein beta-2
V: Heat shock protein beta-3,Heat shock protein beta-3,Heat shock protein beta-3,Heat shock protein beta-3,Heat shock protein beta-2
K: HspB2,Heat shock protein beta-2,Heat shock protein beta-2,Heat shock protein beta-2,Heat shock protein beta-2,Heat shock protein beta-2
O: Unknown peptide from HspB2 or HspB3
J: Heat shock protein beta-2
3: Unknown peptide from HspB2 or HspB3
X: Unknown peptide from HspB2 or HspB3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,3967
ポリマ－85,3967
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)177.139, 177.139, 126.461
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

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HspB2,Heat shock protein beta-2,Heat shock protein beta-2,Heat shock protein beta-2,Heat shock ... , 2種, 6分子 AEICGK

#1: タンパク質 HspB2,Heat shock protein beta-2,Heat shock protein beta-2,Heat shock protein beta-2,Heat shock protein beta-2,Heat shock protein beta-2 / HspB2 / DMPK-binding protein / MKBP


分子量: 22896.740 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HSPB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16082
#2: タンパク質 HspB2,Heat shock protein beta-2,Heat shock protein beta-2,Heat shock protein beta-2,Heat shock protein beta-2,Heat shock protein beta-2 / HspB2 / DMPK-binding protein / MKBP


分子量: 22045.689 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HSPB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16082

-
Heat shock protein beta- ... , 2種, 6分子 DFJTVQ

#3: タンパク質 Heat shock protein beta-2 / HspB2 / DMPK-binding protein / MKBP


分子量: 20258.480 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HSPB2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q16082
#4: タンパク質 Heat shock protein beta-3,Heat shock protein beta-3,Heat shock protein beta-3,Heat shock protein beta-3,Heat shock protein beta-2 / HspB3 / Heat shock 17 kDa protein / HSP 17 / Protein 3 / HspB3 / Heat shock 17 kDa protein / HSP 17 ...HspB3 / Heat shock 17 kDa protein / HSP 17 / Protein 3 / HspB3 / Heat shock 17 kDa protein / HSP 17 / Protein 3 / HspB3 / Heat shock 17 kDa protein / HSP 17 / Protein 3 / HspB3 / Heat shock 17 kDa protein / HSP 17 / Protein 3 / HspB2 / DMPK-binding protein / MKBP


分子量: 18183.744 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HSPB3, HSP27, HSPL27, HSPB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12988

-
Unknown peptide from HspB2 or ... , 5種, 9分子 MNO123WXY

#5: タンパク質・ペプチド Unknown peptide from HspB2 or HspB3


分子量: 869.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#6: タンパク質・ペプチド Unknown peptide from HspB2 or HspB3


分子量: 613.749 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#7: タンパク質・ペプチド Unknown peptide from HspB2 or HspB3


分子量: 528.644 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#8: タンパク質・ペプチド Unknown peptide from HspB2 or HspB3


分子量: 443.539 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#9: タンパク質・ペプチド Unknown peptide from HspB2 or HspB3


分子量: 1039.273 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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詳細

配列の詳細In the chains QTV and JDF it is not certain if this entity maps to HspB3 or HspB2. Here it is ...In the chains QTV and JDF it is not certain if this entity maps to HspB3 or HspB2. Here it is mapped to the "most likely" protein

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.44 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 0.6M SODIUM FORMATE, 0.1 M TRIS HCL pH7.8, 7.8% PGA, 2mM GTP

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.9→126.46 Å / Num. obs: 147958 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 123.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.131 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 3.9→4.11 Å / Rmerge(I) obs: 1.163 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: ENSEMBLE OF 3Q9P, 2WJ5, 2WJ7

3q9p

2wj5

2wj7


解像度: 3.9→78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.801 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.755 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 1.013 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.873 / SU Rfree Blow DPI: 0.502 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.53
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.313 2088 5.17 %RANDOM
Rwork0.297 ---
obs0.298 40354 99.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 144.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-21.0901 Å20 Å20 Å2
2--21.0901 Å20 Å2
3----42.1803 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 1.01 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.9→78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7592 0 0 0 7592
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0097652HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1910574HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1848SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes75HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1334HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7652HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.64
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion24.06
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1290SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7181SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.9→4 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.236 140 4.73 %
Rwork0.23 2819 -
all0.231 2959 -
obs--99.39 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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