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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6f2b | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the complex Fe(II)/alpha-ketoglutarate dependent dioxygenase KDO1 with Fe(II)/alpha-ketoglutarate | ||||||
![]() | L-lysine 3-hydroxylase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Fe(II)/alpha-ketoglutarate / dioxygenases / enzyme / FeII alphaKG form / oxydoreductase | ||||||
機能・相同性 | Clavaminate synthase-like / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む / Taurine catabolism dioxygenase TauD, TfdA family / Taurine dioxygenase TauD-like superfamily / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / iron ion binding / 2-OXOGLUTARIC ACID / : / L-lysine 3-hydroxylase![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Isabet, T. / Stura, E.A. / Legrand, P. / Zaparucha, A. / Bastard, K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural Studies based on two Lysine Dioxygenases with Distinct Regioselectivity Brings Insights Into Enzyme Specificity within the Clavaminate Synthase-Like Family. 著者: Bastard, K. / Isabet, T. / Stura, E.A. / Legrand, P. / Zaparucha, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 536.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 441.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 469.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 479.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 58.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 86.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39236.211 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: Caci_0231 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: C7QJ42, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: C7QJ42, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む #2: 化合物 | ChemComp-FE2 / #3: 化合物 | ChemComp-AKG / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.79 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: KDO1: 9.3 mg/ml in 0.2 M NaCl, .001 M DTT, 0.05 M Tris-HCl, pH 8 Precipitant: 18% PEG3350, 0.15 M Tris pH 7.5, 0.3 M Na Acetate. Soaking/cryo : 20% PEG3350, 0.15 M Tris pH 7.5, 0.2 M NaCl, 0. ...詳細: KDO1: 9.3 mg/ml in 0.2 M NaCl, .001 M DTT, 0.05 M Tris-HCl, pH 8 Precipitant: 18% PEG3350, 0.15 M Tris pH 7.5, 0.3 M Na Acetate. Soaking/cryo : 20% PEG3350, 0.15 M Tris pH 7.5, 0.2 M NaCl, 0.02 M Na Succinate, 0.001 M FeIISO4 (0.5 M stock solution prepared in 0.050 M dithionite), 0.05 M alpha-ketoglutarate, 20% glycerol, 10 minute soaking PH範囲: 7.5-8.0 / Temp details: air conditioned room |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97857 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 101974 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 38.04 Å2 / Rrim(I) all: 0.01 / Net I/σ(I): 10.86 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 3.4 % / Num. unique obs: 7151 / Rrim(I) all: 0.1125 / % possible all: 93.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2WBQ 解像度: 2→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU R Cruickshank DPI: 0.153 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.159 / SU Rfree Blow DPI: 0.136 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.134
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原子変位パラメータ | Biso mean: 45.56 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.23 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2→40 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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