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- PDB-6f1f: The methylene thioacetal BPTI (Bovine Pancreatic Trypsin Inhibito... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6f1f
タイトルThe methylene thioacetal BPTI (Bovine Pancreatic Trypsin Inhibitor) mutant structure
要素Pancreatic trypsin inhibitor
キーワードBLOOD CLOTTING / Methylene thioacetal / Inhibitor / BPTI / methylenedithioether
機能・相同性
機能・相同性情報


trypsinogen activation / negative regulation of serine-type endopeptidase activity / sulfate binding / potassium channel inhibitor activity / negative regulation of platelet aggregation / zymogen binding / molecular function inhibitor activity / negative regulation of thrombin-activated receptor signaling pathway / serine protease inhibitor complex / serine-type endopeptidase inhibitor activity ...trypsinogen activation / negative regulation of serine-type endopeptidase activity / sulfate binding / potassium channel inhibitor activity / negative regulation of platelet aggregation / zymogen binding / molecular function inhibitor activity / negative regulation of thrombin-activated receptor signaling pathway / serine protease inhibitor complex / serine-type endopeptidase inhibitor activity / protease binding / calcium ion binding / extracellular space
類似検索 - 分子機能
: / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Factor Xa Inhibitor / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily ...: / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Factor Xa Inhibitor / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
Pancreatic trypsin inhibitor
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.716 Å
データ登録者Lansky, S. / Mousa, R. / Metanis, N. / Shoham, G.
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2018
タイトル: BPTI folding revisited: switching a disulfide into methylene thioacetal reveals a previously hidden path.
著者: Mousa, R. / Lansky, S. / Shoham, G. / Metanis, N.
履歴
登録2017年11月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pancreatic trypsin inhibitor
B: Pancreatic trypsin inhibitor
C: Pancreatic trypsin inhibitor
D: Pancreatic trypsin inhibitor
E: Pancreatic trypsin inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,28632
ポリマ－32,7085
非ポリマー2,57827
水3,999222
1
A: Pancreatic trypsin inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,1147
ポリマ－6,5421
非ポリマー5726
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Pancreatic trypsin inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,2108
ポリマ－6,5421
非ポリマー6687
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Pancreatic trypsin inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,1147
ポリマ－6,5421
非ポリマー5726
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Pancreatic trypsin inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,9265
ポリマ－6,5421
非ポリマー3844
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Pancreatic trypsin inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,9225
ポリマ－6,5421
非ポリマー3804
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
A: Pancreatic trypsin inhibitor
B: Pancreatic trypsin inhibitor
C: Pancreatic trypsin inhibitor
D: Pancreatic trypsin inhibitor
E: Pancreatic trypsin inhibitor
ヘテロ分子

A: Pancreatic trypsin inhibitor
B: Pancreatic trypsin inhibitor
C: Pancreatic trypsin inhibitor
D: Pancreatic trypsin inhibitor
E: Pancreatic trypsin inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,57264
ポリマ－65,41610
非ポリマー5,15654
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_544x,x-y-1,-z-1/31
Buried area25740 Å2
ΔGint-707 kcal/mol
Surface area22830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.510, 95.510, 157.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-247-

HOH

21A-248-

HOH

31A-249-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Pancreatic trypsin inhibitor / Aprotinin / Basic protease inhibitor / BPTI


分子量: 6541.595 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00974
#2: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2M AmSO4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.967 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.967 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.716→47.77 Å / Num. obs: 45433 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 40 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 34.98
反射 シェル解像度: 1.716→1.82 Å / 冗長度: 39.9 % / Rmerge(I) obs: 1.739 / Mean I/σ(I) obs: 2.25 / Num. unique obs: 6781 / CC1/2: 0.89 / % possible all: 93.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2HEX

2hex


解像度: 1.716→40.808 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.83
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2073 2258 4.99 %
Rwork0.1891 --
obs0.1901 45219 98.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.716→40.808 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2245 0 139 222 2606
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0112607
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5483537
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.142050
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078315
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008444
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7165-1.75380.47161090.46722061X-RAY DIFFRACTION77
1.7538-1.79460.3371410.31842671X-RAY DIFFRACTION100
1.7946-1.83950.29241400.25492670X-RAY DIFFRACTION100
1.8395-1.88920.25251390.23192658X-RAY DIFFRACTION100
1.8892-1.94480.28161420.22222681X-RAY DIFFRACTION100
1.9448-2.00760.23541380.21752660X-RAY DIFFRACTION100
2.0076-2.07930.27281430.20672702X-RAY DIFFRACTION100
2.0793-2.16260.25041410.21852678X-RAY DIFFRACTION100
2.1626-2.2610.28341400.21632695X-RAY DIFFRACTION100
2.261-2.38020.24071440.21142729X-RAY DIFFRACTION100
2.3802-2.52930.26431430.21232707X-RAY DIFFRACTION100
2.5293-2.72450.22981430.1952727X-RAY DIFFRACTION100
2.7245-2.99860.21641440.20022749X-RAY DIFFRACTION100
2.9986-3.43240.18181450.16932763X-RAY DIFFRACTION100
3.4324-4.32370.1611490.15282816X-RAY DIFFRACTION100
4.3237-40.81930.16661570.16982994X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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