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- PDB-6f1e: Crystal structure of olive flounder [Paralichthys olivaceus] inte... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6f1e
タイトルCrystal structure of olive flounder [Paralichthys olivaceus] interferon gamma at 2.3 Angstrom resolution
要素Interferon gamma
キーワードIMMUNE SYSTEM / Interferon gamma / Four-helix bundle / Antiviral defense
機能・相同性Interferon gamma / type II interferon receptor binding / Four-helical cytokine-like, core / cytokine activity / immune response / protein homodimerization activity / extracellular space / Interferon gamma
機能・相同性情報
生物種Paralichthys olivaceus (ヒラメ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.296 Å
データ登録者Kolenko, P. / Kolarova, L. / Zahradnik, J. / Schneider, B.
資金援助 チェコ, 4件
組織認可番号国
Grant Agency of the Czech Republic16-20507S チェコ
ERDFCZ.02.1.01/0.0/0.0/16_013/0001776 チェコ
Czech Academy of SciencesRVO 86652036 チェコ
Grant Agency of the Czech Technical University in PragueSGS16/246/OHK4/3T/14 チェコ
引用ジャーナル: Fish Shellfish Immunol. / 年: 2018
タイトル: Interferons type II and their receptors R1 and R2 in fish species: Evolution, structure, and function.
著者: Zahradnik, J. / Kolarova, L. / Parizkova, H. / Kolenko, P. / Schneider, B.
履歴
登録2017年11月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interferon gamma
B: Interferon gamma


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,8632
ポリマ－40,8632
非ポリマー00
水68538
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Homodimer with 40 kDa
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8180 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area15460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.238, 79.721, 94.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Interferon gamma


分子量: 20431.641 Da / 分子数: 2 / 変異: Cdelta11 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Paralichthys olivaceus (ヒラメ) / 遺伝子: Ifng / プラスミド: pET26bPoli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: B3IXK1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: Protein buffer: 100 mM citrate buffer, pH 6.0 Reservoir: 3 M NaCl 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月12日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.296→49.6 Å / Num. obs: 20255 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.9 % / Biso Wilson estimate: 51 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.11 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
8.59-47.39.90.03748.14500.9990.0160.0498.5
2.296-2.3811.92.7110.920320.5591.1632.95697.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
SHELXCD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.296→49.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / SU B: 9.291 / SU ML: 0.193 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.239 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29666 978 4.8 %Random selection
Rwork0.22647 ---
obs0.22898 20204 99.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 76.012 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.02 Å20 Å20 Å2
2---1.9 Å20 Å2
3----4.12 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.296→49.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2248 0 0 38 2286
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0192283
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022183
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5991.9673052
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.97235081
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7925265
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.21924.444117
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.24215474
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9811519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2327
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022447
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02448
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.6947.2791075
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.6917.2711074
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it8.19910.8571335
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other8.20210.8661336
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.7388.1031208
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.7048.0961206
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other10.49411.8131717
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined13.04183.6432638
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other13.04383.6622637
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.296→2.356 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.427 55 3.8 %
Rwork0.388 1386 -
obs--97.43 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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