PDB-6f0t: Crystal structure of Pizza6-SFW

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6f0t

タイトル

Crystal structure of Pizza6-SFW

要素

Pizza6-SFW

キーワード

DE NOVO PROTEIN / Artificial protein / beta propeller

機能・相同性

TolB, C-terminal domain / 6 Propeller / Neuraminidase / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.74 Å

データ登録者

Noguchi, H. / De Zitter, E. / Van Meervelt, L. / Voet, A.R.D.

資金援助

ベルギー, 2件

引用

ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2018
タイトル: Design of tryptophan-containing mutants of the symmetrical Pizza protein for biophysical studies.
著者: Noguchi, H. / Mylemans, B. / De Zitter, E. / Van Meervelt, L. / Tame, J.R.H. / Voet, A.

履歴

登録	2017年11月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年3月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6f0t.cif.gz	151.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6f0t.ent.gz	117.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6f0t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6f0t_validation.pdf.gz	449.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6f0t_full_validation.pdf.gz	455.1 KB	表示
XML形式データ	6f0t_validation.xml.gz	30 KB	表示
CIF形式データ	6f0t_validation.cif.gz	44.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/6f0t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/6f0t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6f0qC 6f0sC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6i3b-2 3ww9-d 6rej-d 6qsf-2 3wwf-d 3wwb-d 6rei-2 6qsd-d 6ren-2 6f0s-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Pizza6-SFW

B: Pizza6-SFW

C: Pizza6-SFW

ヘテロ分子

77.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pizza6-SFW

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
26 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Pizza6-SFW

登録者が定義した集合体
25.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Pizza6-SFW

登録者が定義した集合体
25.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	32.529, 69.454, 78.710
Angle α, β, γ (deg.)	65.36, 89.80, 77.16
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Pizza6-SFW 分子量: 25836.400 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 391 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.2 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.25 M calcium chloride 15% (w/v) PEG6000, and 0.1 M MES pH 6.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.74→38.93 Å / Num. obs: 61581 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.053 / R_pim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 11.4
反射シェル	解像度: 1.74→1.77 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.635 / R_pim(I) all: 0.499 / % possible all: 96.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 1.74→38.93 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 31.24

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2333	2975	4.85 %
R_work	0.1924	-	-
obs	0.1945	61308	98.36 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.74→38.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5361	0	12	391	5764

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	5526
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.842	7633
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	2.876	4202
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	967
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1001

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.74-1.7685	0.3805	129	0.3282	2732	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7685-1.799	0.4081	132	0.3107	2806	X-RAY DIFFRACTION	98
1.799-1.8317	0.3622	129	0.2865	2789	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8317-1.867	0.3546	124	0.2764	2739	X-RAY DIFFRACTION	98
1.867-1.9051	0.3186	146	0.2623	2805	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9051-1.9465	0.3166	145	0.2482	2721	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9465-1.9918	0.3038	136	0.2415	2804	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9918-2.0416	0.2986	136	0.2348	2796	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0416-2.0968	0.3005	133	0.2352	2728	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0968-2.1585	0.2914	160	0.2316	2790	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1585-2.2281	0.2859	156	0.2218	2773	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2281-2.3078	0.2912	148	0.2107	2822	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3078-2.4002	0.2316	108	0.2139	2757	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4002-2.5094	0.2726	130	0.2241	2868	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5094-2.6416	0.2969	129	0.2176	2747	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6416-2.8071	0.2485	149	0.215	2793	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8071-3.0238	0.2307	154	0.2081	2801	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0238-3.3279	0.2232	134	0.1882	2787	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3279-3.8091	0.2257	162	0.1693	2760	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8091-4.7977	0.1869	166	0.1316	2767	X-RAY DIFFRACTION	99
4.7977-38.9398	0.1542	169	0.1438	2748	X-RAY DIFFRACTION	98

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関連情報:EMDBヘッダ

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