PDB-6f0q: Crystal structure of Pizza6-AYW

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6f0q

タイトル

Crystal structure of Pizza6-AYW

要素

Pizza6-AYW

キーワード

DE NOVO PROTEIN / Artificial protein / beta propeller

機能・相同性

TolB, C-terminal domain / 6 Propeller / Neuraminidase / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Noguchi, H. / De Zitter, E. / Van Meervelt, L. / Voet, A.R.D.

資金援助

ベルギー, 2件

引用

ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2018
タイトル: Design of tryptophan-containing mutants of the symmetrical Pizza protein for biophysical studies.
著者: Noguchi, H. / Mylemans, B. / De Zitter, E. / Van Meervelt, L. / Tame, J.R.H. / Voet, A.

履歴

登録	2017年11月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年3月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6f0q.cif.gz	213.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6f0q.ent.gz	171.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6f0q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6f0q_validation.pdf.gz	438.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6f0q_full_validation.pdf.gz	445.5 KB	表示
XML形式データ	6f0q_validation.xml.gz	26.6 KB	表示
CIF形式データ	6f0q_validation.cif.gz	42.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/6f0q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/6f0q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6f0sC 6f0tC 3ww9S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6f0t-2 6rei-1 6i3b-1 6f0s-d 6qsf-2 3wwa-d 6reh-1 6reg-2 3ww8-d 6ren-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Pizza6-AYW

B: Pizza6-AYW

51.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pizza6-AYW

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
25.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Pizza6-AYW

登録者が定義した集合体
25.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.010, 70.350, 58.210
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.60, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Pizza6-AYW 分子量: 25857.506 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pET-28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 663 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.99 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M MIB (Mixtures of sodium malonate, imidazole, boric acid in the molar rations 2:3:3 buffer) or MMT (Mixtures of DL-malic acid, MES and Tris base in the molar rations 1:2:2 buffer) pH 5.0, 30% (w/v) PEG1500

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→26.501 Å / Num. obs: 86627 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.062 / R_pim(I) all: 0.062 / Net I/σ(I): 8.2
反射シェル	解像度: 1.3→1.32 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.301 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / R_pim(I) all: 0.301 / % possible all: 92.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3WW9

3ww9

解像度: 1.3→26.501 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.83 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.192	4205	4.86 %
R_work	0.1553	-	-
obs	0.1571	86544	94.65 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→26.501 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3580	0	0	663	4243

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.016	4058
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.484	5682
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.002	1982
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.156	723
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	760

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3-1.3148	0.2776	127	0.2152	2665	X-RAY DIFFRACTION	93
1.3148-1.3302	0.2565	143	0.2002	2679	X-RAY DIFFRACTION	92
1.3302-1.3465	0.2374	132	0.1882	2716	X-RAY DIFFRACTION	93
1.3465-1.3635	0.2506	130	0.1893	2635	X-RAY DIFFRACTION	92
1.3635-1.3814	0.2374	143	0.1885	2681	X-RAY DIFFRACTION	92
1.3814-1.4004	0.2364	133	0.1759	2648	X-RAY DIFFRACTION	93
1.4004-1.4204	0.2174	143	0.1722	2708	X-RAY DIFFRACTION	94
1.4204-1.4416	0.2038	142	0.1697	2686	X-RAY DIFFRACTION	93
1.4416-1.4641	0.2126	129	0.1674	2742	X-RAY DIFFRACTION	94
1.4641-1.4881	0.2303	146	0.1772	2695	X-RAY DIFFRACTION	94
1.4881-1.5138	0.2445	129	0.1923	2716	X-RAY DIFFRACTION	93
1.5138-1.5413	0.204	126	0.1768	2730	X-RAY DIFFRACTION	94
1.5413-1.5709	0.2158	140	0.157	2734	X-RAY DIFFRACTION	94
1.5709-1.603	0.2095	150	0.1505	2739	X-RAY DIFFRACTION	95
1.603-1.6378	0.1868	156	0.1483	2699	X-RAY DIFFRACTION	95
1.6378-1.6759	0.1897	139	0.1445	2754	X-RAY DIFFRACTION	95
1.6759-1.7178	0.1819	158	0.1433	2730	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7178-1.7643	0.215	151	0.1548	2761	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7643-1.8162	0.2119	137	0.1569	2724	X-RAY DIFFRACTION	94
1.8162-1.8748	0.2019	142	0.1546	2743	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8748-1.9418	0.1852	154	0.1527	2720	X-RAY DIFFRACTION	94
1.9418-2.0195	0.1717	131	0.1341	2772	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0195-2.1114	0.1745	143	0.1383	2746	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1114-2.2226	0.2009	124	0.1431	2758	X-RAY DIFFRACTION	94
2.2226-2.3618	0.1906	154	0.1539	2761	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3618-2.544	0.1933	130	0.1648	2856	X-RAY DIFFRACTION	98
2.544-2.7998	0.1832	165	0.1576	2814	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7998-3.2043	0.1859	145	0.1574	2851	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2043-4.0348	0.1499	137	0.1344	2926	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0348-26.5064	0.14	126	0.1416	2950	X-RAY DIFFRACTION	98

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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