PDB-6f0j: GLIC mutant E26A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6f0j

タイトル

GLIC mutant E26A

要素

Proton-gated ion channel

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / TRANSPORT PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

sodium channel activity / potassium channel activity / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Gloeobacter violaceus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 3.15 Å

データ登録者

Hu, H.D. / Delarue, M.

引用

ジャーナル: PLoS Biol. / 年: 2017
タイトル: Full mutational mapping of titratable residues helps to identify proton-sensors involved in the control of channel gating in the Gloeobacter violaceus pentameric ligand-gated ion channel.
著者: Nemecz, A. / Hu, H. / Fourati, Z. / Van Renterghem, C. / Delarue, M. / Corringer, P.J.

履歴

登録	2017年11月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年1月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6f0j.cif.gz	651.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6f0j.ent.gz	545.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6f0j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6f0j_validation.pdf.gz	989.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6f0j_full_validation.pdf.gz	1002.1 KB	表示
XML形式データ	6f0j_validation.xml.gz	54.3 KB	表示
CIF形式データ	6f0j_validation.cif.gz	74.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/6f0j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/6f0j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6f0iC 6f0mC 6f0nC 6f0rC 6f0uC 6f0vC 6f0zC 6f10C 6f11C 6f12C 6f13C 6f15C 6f16C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3lsv-d 4qh1-d 4il4-d 6f0v-d 4hfh-d 6f10-d 6hzw-d 6f12-d 6hjb-d 6hy5-d 6f0u-d 6f16-d 6hyx-d 4ila-d 6f11-d 6hjz-2 6hyv-d 6hj3-d 6f0n-d 6f0r-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (8) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (5) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Proton-gated ion channel

B: Proton-gated ion channel

C: Proton-gated ion channel

D: Proton-gated ion channel

E: Proton-gated ion channel

ヘテロ分子

187 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	181.010, 133.110, 159.850
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.14, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 11分子 ABCDE

#1: タンパク質	Proton-gated ion channel / GLIC / Ligand-gated ion channel / LGIC 分子量: 36276.738 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Gloeobacter violaceus (strain PCC 7421) (バクテリア) 株: PCC 7421 / 遺伝子: glvI, glr4197 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7NDN8
#5: 糖	ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシドタイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₄₆O₁₁ / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 5種, 61分子

#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物	ChemComp-PLC / DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE / O-(1-O,2-O-ジドデカノイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン分子量: 622.834 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₂H₆₅NO₈P / コメント: リン脂質*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 76.3 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸発脱水法詳細: 12% PEG4K, 15% glycerol, 100 mM Acetate de Sodium pH4, 400 mM Sodium isothiocyanate, 3% DMSO

-
データ収集

回折	平均測定温度: 190 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→49.69 Å / Num. obs: 64088 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 94.78 Å² / Net I/σ(I): 10.2
反射シェル	解像度: 3→3.15 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.2	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 3.15→25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.8898 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.8811 / SU R Cruickshank DPI: 0.668 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.568 / SU R_free Blow DPI: 0.299 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.314

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2221	3240	5.07 %	RANDOM
R_work	0.2077	-	-	-
obs	0.2084	63966	99.85 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 90.75 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.5358 Å²	0 Å²	22.4466 Å²
2-	-	-12.274 Å²	0 Å²
3-	-	-	15.8097 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.441 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 3.15→25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12680	0	183	36	12899

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.009	13181	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.02	17976	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		4443	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		265	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1902	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		13181	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		0	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.64
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	17.92
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1771	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		15305	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 3.15→3.23 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2684	238	5.06 %
R_work	0.2462	4467	-
all	0.2473	4705	-
obs	-	-	99.7 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.792	-0.018	0.3785	0.4429	-0.2016	1.4762	0.0945	0.0754	0.1606	0.0183	-0.0031	-0.0001	-0.439	-0.2919	-0.0915	0.2229	0.2745	-0.1251	-0.0818	-0.0044	-0.0948	40.1212	-6.8264	29.86
2	1.8407	0.234	2.0834	0.3902	0.1119	3.6878	0.0345	0.1064	0.0144	0.1898	-0.0166	0.0979	-0.0359	-0.3458	-0.018	-0.0783	0.1145	-0.09	0.1	-0.0345	-0.1078	28.2958	-28.0005	36.1862
3	1.0706	0.3625	1.1593	0.6258	0.6092	2.9014	0.0064	0.0966	-0.2163	0.0179	-0.0233	0.0992	0.1447	-0.1508	0.0168	0.0144	0.0298	-0.1866	-0.1138	-0.0953	-0.0374	42.242	-47.5031	29.0361
4	0.8929	0.111	0.64	0.4554	0.0019	2.8482	-0.0339	0.2386	-0.1645	-0.0889	0.0208	-0.1074	-0.0184	0.1353	0.0131	0.0122	0.1121	-0.1139	-0.1098	-0.1364	-0.0768	62.8921	-38.302	18.0652
5	0.8304	-0.2217	0.931	0.6498	-0.6592	2.958	0.0126	0.1552	0.1771	-0.0568	-0.0394	-0.1863	-0.1344	0.0331	0.0269	0.1157	0.0262	-0.0865	-0.1075	0.056	-0.0938	61.561	-13.2083	18.7582

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|* }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|* }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ E\|* }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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