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- PDB-6f0e: Structure of yeast Sec14p with a picolinamide compound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6f0e
タイトルStructure of yeast Sec14p with a picolinamide compound
要素SEC14 cytosolic factor
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / Sec14p / lipid transfer protein / chemogenomics / target identification / functional variomics / co-crystal / antifungal / benzamide / picolinamide
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of phosphatidylglycerol biosynthetic process / negative regulation of phosphatidylcholine biosynthetic process / phosphatidylcholine transporter activity / Golgi vesicle budding / phosphatidylinositol transfer activity / ascospore formation / Golgi to vacuole transport / post-Golgi vesicle-mediated transport / phosphatidylinositol metabolic process / Golgi to plasma membrane protein transport ...negative regulation of phosphatidylglycerol biosynthetic process / negative regulation of phosphatidylcholine biosynthetic process / phosphatidylcholine transporter activity / Golgi vesicle budding / phosphatidylinositol transfer activity / ascospore formation / Golgi to vacuole transport / post-Golgi vesicle-mediated transport / phosphatidylinositol metabolic process / Golgi to plasma membrane protein transport / phospholipid transport / Golgi membrane / Golgi apparatus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / N-terminal domain of phosphatidylinositol transfer protein sec14p / Phosphatidylinositol Transfer Protein Sec14p / CRAL-TRIO lipid binding domain / CRAL/TRIO, N-terminal domain / CRAL/TRIO, N-terminal domain / CRAL/TRIO, N-terminal domain / CRAL/TRIO, N-terminal domain superfamily / CRAL/TRIO domain / CRAL-TRIO lipid binding domain profile. ...: / N-terminal domain of phosphatidylinositol transfer protein sec14p / Phosphatidylinositol Transfer Protein Sec14p / CRAL-TRIO lipid binding domain / CRAL/TRIO, N-terminal domain / CRAL/TRIO, N-terminal domain / CRAL/TRIO, N-terminal domain / CRAL/TRIO, N-terminal domain superfamily / CRAL/TRIO domain / CRAL-TRIO lipid binding domain profile. / Domain in homologues of a S. cerevisiae phosphatidylinositol transfer protein (Sec14p) / CRAL-TRIO lipid binding domain / CRAL-TRIO lipid binding domain superfamily / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-C8K / SEC14 cytosolic factor
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Hong, Z. / Johnen, P. / Schaaf, G. / Bono, F.
資金援助 米国, ドイツ, 6件
組織認可番号国
National Institutes of HealthGM44530 米国
Robert A. Welch FoundationBE-0017 米国
German Research FoundationSCHA 1274/2-1, SFB 1101/TP A05 and SCHA 1274/4-1 ドイツ
Max Planck Society(FP7/2007-2013 ドイツ
European Research Council310957 ドイツ
German Research FoundationBO3588/2-1 ドイツ
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2018
タイトル: Target Identification and Mechanism of Action of Picolinamide and Benzamide Chemotypes with Antifungal Properties.
著者: Pries, V. / Nocker, C. / Khan, D. / Johnen, P. / Hong, Z. / Tripathi, A. / Keller, A.L. / Fitz, M. / Perruccio, F. / Filipuzzi, I. / Thavam, S. / Aust, T. / Riedl, R. / Ziegler, S. / Bono, F. ...著者: Pries, V. / Nocker, C. / Khan, D. / Johnen, P. / Hong, Z. / Tripathi, A. / Keller, A.L. / Fitz, M. / Perruccio, F. / Filipuzzi, I. / Thavam, S. / Aust, T. / Riedl, R. / Ziegler, S. / Bono, F. / Schaaf, G. / Bankaitis, V.A. / Waldmann, H. / Hoepfner, D.
履歴
登録2017年11月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月31日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22018年3月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SEC14 cytosolic factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4012
ポリマ－36,0481
非ポリマー3531
水1629
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area14760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.077, 88.077, 109.254
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 SEC14 cytosolic factor / Phosphatidylinositol/phosphatidylcholine transfer protein / PI/PC TP


分子量: 36047.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SEC14, PIT1, YMR079W, YM9582.04 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P24280
#2: 化合物 ChemComp-C8K / ~{N}-(1,3-benzodioxol-5-ylmethyl)-5-bromanyl-3-fluoranyl-pyridine-2-carboxamide


分子量: 353.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H10BrFN2O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 129.5 mM sodium acetate, 64.8 mM TRIS, 10 % (w/v) PEG 4000, 20 % (v/v) glycerol, pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 29163 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.62 % / Rrim(I) all: 0.227 / Net I/σ(I): 12.22
反射 シェル解像度: 2.6→2.76 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1AUA

1aua


解像度: 2.6→44.412 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.64
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2255 1446 4.96 %
Rwork0.1993 --
obs0.2006 29133 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→44.412 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2375 0 21 9 2405
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0172461
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3693338
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.295907
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.12347
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009437
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5996-2.69250.34881440.31982731X-RAY DIFFRACTION99
2.6925-2.80030.30331440.29312794X-RAY DIFFRACTION100
2.8003-2.92780.28871470.28382779X-RAY DIFFRACTION100
2.9278-3.08210.27981440.28312708X-RAY DIFFRACTION100
3.0821-3.27510.32771440.26462809X-RAY DIFFRACTION100
3.2751-3.52790.25231450.21242790X-RAY DIFFRACTION100
3.5279-3.88270.2191440.19412753X-RAY DIFFRACTION100
3.8827-4.44410.19321460.16262767X-RAY DIFFRACTION100
4.4441-5.59740.21251430.15352789X-RAY DIFFRACTION100
5.5974-44.41870.14781450.15812767X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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