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- PDB-6f09: Binary complex of 14-3-3 zeta with ubiquitin specific protease 8 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6f09
タイトルBinary complex of 14-3-3 zeta with ubiquitin specific protease 8 (USP8) pSer718 peptide
要素
  • 14-3-3 protein zeta/delta
  • Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8
キーワードSIGNALING PROTEIN / 14-3-3 / Usp8 / phosphosite / binary complex protein-peptide
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of lysosomal protein catabolic process / synaptic target recognition / Golgi reassembly / NOTCH4 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / establishment of Golgi localization / endosome organization / regulation of protein catabolic process at postsynapse, modulating synaptic transmission / protein K48-linked deubiquitination / respiratory system process / regulation of synapse maturation ...negative regulation of lysosomal protein catabolic process / synaptic target recognition / Golgi reassembly / NOTCH4 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / establishment of Golgi localization / endosome organization / regulation of protein catabolic process at postsynapse, modulating synaptic transmission / protein K48-linked deubiquitination / respiratory system process / regulation of synapse maturation / tube formation / Rap1 signalling / K48-linked deubiquitinase activity / negative regulation of protein localization to nucleus / protein K63-linked deubiquitination / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / K63-linked deubiquitinase activity / positive regulation of amyloid fibril formation / GP1b-IX-V activation signalling / mitotic cytokinesis / Regulation of localization of FOXO transcription factors / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / phosphoserine residue binding / protein deubiquitination / Activation of BAD and translocation to mitochondria / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / protein targeting / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cellular response to glucose starvation / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / RHO GTPases activate PKNs / negative regulation of TORC1 signaling / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / ERK1 and ERK2 cascade / Regulation of FZD by ubiquitination / cellular response to dexamethasone stimulus / protein sequestering activity / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / negative regulation of innate immune response / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / lung development / cellular response to nerve growth factor stimulus / Negative regulation of NOTCH4 signaling / Negative regulation of MET activity / regulation of protein stability / SH3 domain binding / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / intracellular protein localization / melanosome / regulation of protein localization / midbody / angiogenesis / DNA-binding transcription factor binding / vesicle / blood microparticle / transmembrane transporter binding / ubiquitinyl hydrolase 1 / Ras protein signal transduction / cysteine-type deubiquitinase activity / early endosome / postsynaptic density / endosome membrane / Ub-specific processing proteases / protein phosphorylation / cadherin binding / protein domain specific binding / cysteine-type endopeptidase activity / focal adhesion / ubiquitin protein ligase binding / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / glutamatergic synapse / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / proteolysis / extracellular space / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / USP8 WW domain / USP8 dimerisation domain / USP8 dimerisation domain / : / Rhodanese-like domain / Rhodanese domain profile. / Rhodanese-like domain superfamily / Rhodanese-like domain / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 2. ...: / USP8 WW domain / USP8 dimerisation domain / USP8 dimerisation domain / : / Rhodanese-like domain / Rhodanese domain profile. / Rhodanese-like domain superfamily / Rhodanese-like domain / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 2. / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 1. / Ubiquitin specific protease, conserved site / Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin specific protease domain / Ubiquitin specific protease (USP) domain profile. / 14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8 / 14-3-3 protein zeta/delta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.594 Å
データ登録者Centorrino, F. / Ballone, A. / Ottmann, C. / Guo, S. / Leysen, S.
資金援助 オランダ, 1件
組織認可番号国
H2020 Marie Curie Actions of the European CommissionGrant Agreement 675179 オランダ
引用ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2018
タイトル: Biophysical and structural insight into the USP8/14-3-3 interaction.
著者: Centorrino, F. / Ballone, A. / Wolter, M. / Ottmann, C.
履歴
登録2017年11月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
P: 14-3-3 protein zeta/delta
A: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8
Q: 14-3-3 protein zeta/delta
B: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8
R: 14-3-3 protein zeta/delta
C: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8
S: 14-3-3 protein zeta/delta
D: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,6908
ポリマ－111,6908
非ポリマー00
水11,620645
1
S: 14-3-3 protein zeta/delta
D: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8

P: 14-3-3 protein zeta/delta
A: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,8454
ポリマ－55,8454
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_665x+1,y+1,z1
2
R: 14-3-3 protein zeta/delta
C: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8

Q: 14-3-3 protein zeta/delta
B: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,8454
ポリマ－55,8454
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
3
P: 14-3-3 protein zeta/delta
A: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8

S: 14-3-3 protein zeta/delta
D: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,8454
ポリマ－55,8454
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_445x-1,y-1,z1
Buried area4610 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area21860 Å2
手法PISA
4
Q: 14-3-3 protein zeta/delta
B: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8

R: 14-3-3 protein zeta/delta
C: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,8454
ポリマ－55,8454
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
Buried area4160 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area21780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.379, 64.890, 71.519
Angle α, β, γ (deg.)99.71, 114.22, 108.79
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
14-3-3 protein zeta/delta / Protein kinase C inhibitor protein 1 / KCIP-1


分子量: 26316.764 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: YWHAZ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63104
#2: タンパク質・ペプチド
Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8 / Deubiquitinating enzyme 8 / Ubiquitin isopeptidase Y / hUBPy / Ubiquitin thioesterase 8 / Ubiquitin- ...Deubiquitinating enzyme 8 / Ubiquitin isopeptidase Y / hUBPy / Ubiquitin thioesterase 8 / Ubiquitin-specific-processing protease 8


分子量: 1605.706 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P40818, ubiquitinyl hydrolase 1
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 645 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.43 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M phosphate citrate pH 4.4; 40% PEG 300

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月7日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.594→61.137 Å / Num. obs: 107299 / % possible obs: 91.5 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 20.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rpim(I) all: 0.062 / Rrim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 1.84
反射 シェル解像度: 1.594→1.62 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HKC

4hkc


解像度: 1.594→61.137 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 22.56
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2247 5241 4.89 %
Rwork0.18 --
obs0.1822 107251 91.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.594→61.137 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7352 0 0 645 7997
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.017447
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.01110041
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.074589
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051132
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071295
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.594-1.61210.31211620.27773315X-RAY DIFFRACTION90
1.6121-1.63110.31192050.26383446X-RAY DIFFRACTION92
1.6311-1.6510.30241690.2483320X-RAY DIFFRACTION91
1.651-1.67190.26031850.23753356X-RAY DIFFRACTION91
1.6719-1.69390.26911950.22563380X-RAY DIFFRACTION91
1.6939-1.71710.2581890.23183311X-RAY DIFFRACTION90
1.7171-1.74160.27921640.21223366X-RAY DIFFRACTION89
1.7416-1.76760.26731610.21533262X-RAY DIFFRACTION89
1.7676-1.79520.27931680.21543285X-RAY DIFFRACTION88
1.7952-1.82470.23451520.20743122X-RAY DIFFRACTION83
1.8247-1.85610.27971640.20733446X-RAY DIFFRACTION93
1.8561-1.88990.23611760.20243436X-RAY DIFFRACTION92
1.8899-1.92620.22861700.19913460X-RAY DIFFRACTION93
1.9262-1.96560.23911750.20133430X-RAY DIFFRACTION92
1.9656-2.00830.24761750.18883431X-RAY DIFFRACTION92
2.0083-2.0550.24181710.193403X-RAY DIFFRACTION92
2.055-2.10640.22371640.1783397X-RAY DIFFRACTION91
2.1064-2.16340.23751820.17043263X-RAY DIFFRACTION88
2.1634-2.2270.20351880.17353289X-RAY DIFFRACTION89
2.227-2.29890.22091770.16563503X-RAY DIFFRACTION94
2.2989-2.38110.21422020.1633482X-RAY DIFFRACTION94
2.3811-2.47640.25561680.16663463X-RAY DIFFRACTION93
2.4764-2.58910.1852040.17443489X-RAY DIFFRACTION93
2.5891-2.72560.2271720.17313367X-RAY DIFFRACTION91
2.7256-2.89640.21481630.17193327X-RAY DIFFRACTION89
2.8964-3.120.2261760.18153562X-RAY DIFFRACTION96
3.12-3.4340.21681670.17043542X-RAY DIFFRACTION95
3.434-3.93080.19731660.15833487X-RAY DIFFRACTION94
3.9308-4.95210.18861540.15493496X-RAY DIFFRACTION93
4.9521-61.18210.23161770.19253574X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1966-0.23430.36040.83670.0391.09660.0604-0.31440.83190.0208-0.05290.2725-0.1161-0.5013-0.02850.09270.08730.03140.192-0.06140.4724-21.87854.877-5.032
21.15741.09980.84380.76470.28780.5003-0.1111-0.02020.0963-0.20210.04680.10520.00090.0519-0.10830.137-0.00890.00620.1081-0.01090.1491-4.506-4.3712-10.6732
30.98910.4380.58331.10920.28110.821-0.0383-0.0397-0.0508-0.07020.01290.0414-0.09690.0329-0.00070.1303-0.00160.0210.10230.00760.11554.57515.031.3345
40.31170.24220.26210.92350.37350.5201-0.1308-0.4357-0.25340.5107-0.07070.16810.27520.0887-0.04620.23020.00810.03650.21070.04670.18092.7165-3.571816.4938
50.1855-0.00980.09140.0203-0.00090.03560.1732-0.0926-0.1125-0.17430.10190.15440.1425-0.34480.01980.1471-0.02460.02850.20960.05650.1915-2.418-5.15275.2241
60.26570.19180.02690.20880.03960.01710.0136-0.08830.72580.21620.1060.54490.1085-0.374-0.10570.22940.0410.10080.3495-0.02990.2827-3.5141-19.678236.962
70.3196-0.14080.24130.464-0.11120.17110.00510.0592-0.0920.4197-0.01370.1221-0.1805-0.23550.08140.1590.00520.05340.25590.01160.1967-1.5659-26.750933.9679
80.24990.34580.2211.009-0.17070.36680.04840.1596-0.0284-0.2124-0.03330.1366-0.127-0.18720.00040.13390.0136-0.01520.2025-0.00850.16816.752-29.306421.5637
90.014-0.01720.01980.0103-0.01380.0183-0.129-0.0419-0.1636-0.1016-0.32810.1442-0.08410.149-0.00020.3662-0.10320.06620.45430.04310.45230.4401-37.333612.8943
100.16590.2080.21130.24570.10270.41320.2093-0.1632-0.49050.0146-0.03-0.0593-0.06590.00410.01450.14630.011-0.01050.2110.0310.233911.2156-37.535725.734
110.4123-0.0539-0.41620.3346-0.04691.20290.2754-0.3772-0.4170.03680.14120.08730.018-0.04950.33870.1520.0039-0.0460.24740.03230.2937-3.9708-37.746821.9565
120.12220.0144-0.0580.0479-0.04970.20280.36610.3789-0.542-0.2759-0.07450.07580.1961-0.05750.00870.2327-0.0099-0.06180.2268-0.00620.4091-8.1289-41.947614.5991
130.0611-0.15520.16560.3432-0.37450.3577-0.01190.0615-0.1685-0.00560.0902-0.06580.0980.07860.0470.16660.0073-0.03490.2486-0.07220.2008-6.4504-33.43659.9207
140.65060.31170.1850.1608-0.06620.2766-0.04350.16160.05420.00810.16710.0110.19850.08060.0390.19320.0144-0.01080.2553-0.02040.1786-13.0177-27.494.6808
150.20120.15510.05040.1689-0.04990.0732-0.02380.13140.2629-0.0212-0.05290.1011-0.0530.0976-0.00270.1945-0.03330.00190.2901-0.00230.1665-4.8692-23.73695.2022
160.0385-0.02450.04250.0598-0.05420.0513-0.05190.08090.17960.18240.21980.0905-0.2773-0.02420.00650.2571-0.00210.01750.3117-0.00860.2019-0.385-25.263513.8206
170.66491.0667-0.20871.3125-0.14830.1805-0.12280.0614-0.1055-0.01510.1541-0.15640.0276-0.01140.0060.15780.02210.00570.1731-0.02940.1396-36.4587-18.497227.8905
180.12810.05490.06810.5963-0.25810.16270.0481-0.20650.340.3508-0.0280.0295-0.04440.06480.00770.27320.03090.02970.2205-0.01430.1576-47.895-12.421640.7862
191.5758-0.0896-0.28711.1909-0.29670.5179-0.0902-0.03240.19020.16130.0713-0.2589-0.18660.0653-0.00260.1832-0.0023-0.03290.1626-0.02340.1746-31.25310.526629.1398
200.74540.8296-0.09891.0251-0.10530.1568-0.1460.5917-0.0506-0.30240.27340.0858-0.15-0.69260.19660.25110.0329-0.01780.33310.02520.1709-38.87361.842815.9044
210.11640.1116-0.0890.1102-0.08810.08820.05720.58920.1370.12720.02160.24390.2543-0.23650.00190.22290.0009-0.01550.33360.00980.1645-42.3878-2.904923.6585
220.0672-0.04290.00890.1636-0.08580.045-0.05140.3039-0.23830.079-0.0206-0.16690.30070.0176-0.00510.1848-0.01850.0390.2334-0.08550.30233.875936.9263-20.8151
230.00610.0634-0.00990.1101-0.03410.0721-0.09890.2495-0.032-0.06190.127-0.19260.02270.2124-0.00610.2232-0.03270.02570.1825-0.030.18426.33738.2557-21.6814
240.44390.42510.17490.4859-0.0360.2247-0.0172-0.1091-0.04550.21820.05710.06630.06030.06570.00010.1698-0.0040.00440.14270.00940.136816.894144.2971-10.1307
250.19470.0831-0.15820.1886-0.17140.23270.06170.05910.0783-0.1774-0.07810.3633-0.0572-0.1668-0.0020.19760.0088-0.00220.15510.04090.208910.414652.2726-14.7672
260.60140.007-0.55830.1881-0.20570.5645-0.03730.04110.0065-0.21980.16720.13160.1341-0.02840.08790.2142-0.014-0.03390.13330.01250.130411.836232.9501-17.7322
270.0209-0.1009-0.18820.08650.04150.4471-0.04690.0688-0.1279-0.35760.12750.50660.168-0.151-0.19430.227-0.0413-0.08240.16090.02190.19754.326628.0926-14.6465
280.41140.5368-0.23850.7922-0.6280.5823-0.0526-0.0712-0.0528-0.01050.00570.08210.01560.0429-0.00770.13840.00440.0040.1260.01470.129711.210423.6483-2.6392
290.16820.12150.18490.1459-0.00020.2532-0.0862-0.0454-0.02020.13280.0943-0.20390.03510.1975-00.2063-0.0157-0.00750.2059-00.136412.803130.02974.3161
301.0947-0.1906-1.20191.04460.37461.3489-0.21160.21550.11550.0782-0.1714-0.0084-0.05970.0527-0.29070.2264-0.0634-0.13890.22550.02150.223212.679138.33640.4132
310.0221-0.0004-0.00050.03020.02920.008-0.27990.0423-0.02810.2136-0.3624-0.33710.40010.4723-0.05480.22610.01460.03110.6006-0.04080.45923.180830.1818-7.0053
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'P' and (resid 2 through 15 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'P' and (resid 16 through 103 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'P' and (resid 104 through 184 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'P' and (resid 185 through 230 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 1009 through 1015 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'Q' and (resid 2 through 15 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'Q' and (resid 16 through 37 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'Q' and (resid 38 through 68 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'Q' and (resid 69 through 76 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'Q' and (resid 77 through 103 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'Q' and (resid 104 through 137 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'Q' and (resid 138 through 159 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'Q' and (resid 160 through 184 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'Q' and (resid 185 through 210 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'Q' and (resid 211 through 229 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 1008 through 1016 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'R' and (resid 2 through 68 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'R' and (resid 69 through 103 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'R' and (resid 104 through 207 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'R' and (resid 208 through 230 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 1008 through 1013 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'S' and (resid 2 through 15 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'S' and (resid 16 through 37 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'S' and (resid 38 through 69 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'S' and (resid 70 through 103 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'S' and (resid 104 through 137 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'S' and (resid 138 through 159 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'S' and (resid 160 through 213 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'S' and (resid 214 through 230 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 1008 through 1010 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 1012 through 1017 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る