PDB-6f05: ARABIDOPSIS THALIANA GSTF9, GSO3 BOUND

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6f05

タイトル

ARABIDOPSIS THALIANA GSTF9, GSO3 BOUND

要素

Glutathione S-transferase F9

キーワード

TRANSFERASE / PHI CLASS / PEROXIDASE / GSO3

機能・相同性

機能・相同性情報

salicylic acid binding / toxin catabolic process / glutathione binding / thylakoid / apoplast / plant-type vacuole / plasmodesma / glutathione peroxidase activity / chloroplast stroma / response to zinc ion ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Tossounian, M.A. / Wahni, K. / VanMolle, I. / Vertommen, D. / Rosado, L. / Messens, J.

資金援助

ベルギー, 5件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2019
タイトル: Redox-regulated methionine oxidation of Arabidopsis thaliana glutathione transferase Phi9 induces H-site flexibility.
著者: Tossounian, M.A. / Wahni, K. / Van Molle, I. / Vertommen, D. / Astolfi Rosado, L. / Messens, J.

履歴

登録	2017年11月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年8月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年12月26日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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PDB形式	pdb6f05.ent.gz	663.8 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	6f05_full_validation.pdf.gz	3 MB	表示
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CIF形式データ	6f05_validation.cif.gz	108.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/6f05 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/6f05	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ezySC 6f01C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3f6d-d 1jlv-1 6f01-d 3erf-1 4i97-d 5f05-1 5f06-d 3gx0-1 4px1-d 4kdx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (10) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Glutathione S-transferase F9

B: Glutathione S-transferase F9

C: Glutathione S-transferase F9

D: Glutathione S-transferase F9

E: Glutathione S-transferase F9

F: Glutathione S-transferase F9

G: Glutathione S-transferase F9

H: Glutathione S-transferase F9

I: Glutathione S-transferase F9

J: Glutathione S-transferase F9

ヘテロ分子

246 kDa, 10 ポリマー
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1

I: Glutathione S-transferase F9

ヘテロ分子

C: Glutathione S-transferase F9

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
49.1 kDa, 2 ポリマー
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2

A: Glutathione S-transferase F9

B: Glutathione S-transferase F9

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.5 kDa, 2 ポリマー
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3

C: Glutathione S-transferase F9

ヘテロ分子

I: Glutathione S-transferase F9

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.1 kDa, 2 ポリマー
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4

D: Glutathione S-transferase F9

E: Glutathione S-transferase F9

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.1 kDa, 2 ポリマー
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5

F: Glutathione S-transferase F9

J: Glutathione S-transferase F9

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.1 kDa, 2 ポリマー
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6

G: Glutathione S-transferase F9

H: Glutathione S-transferase F9

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.1 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	61.430, 93.970, 107.710
Angle α, β, γ (deg.)	93.19, 101.57, 101.97
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Glutathione S-transferase F9 / AtGSTF9 / AtGSTF7 / GST class-phi member 9 分子量: 24177.865 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: GSTF9, GLUTTR, GSTF7, At2g30860, F7F1.7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O80852, glutathione transferase
#2: 化合物	ChemComp-GTS / GLUTATHIONE SULFONIC ACID 分子量: 355.322 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₀H₁₇N₃O₉S
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 735 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.83 %
結晶化	温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M LiCl, 0.1 M Tris-HCl pH 8.0 and 15% PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→65.731 Å / Num. obs: 116579 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 2.3 % / B_iso Wilson estimate: 33.79 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 10.67
反射シェル	解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 2.3 % / R_merge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 2.08 / % possible all: 97.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6EZY

6ezy

解像度: 2.2→65.731 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 22.27

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2093	5642	4.95 %
R_work	0.1615	-	-
obs	0.1638	114041	97.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→65.731 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15509	0	263	735	16507

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	16193
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.18	22113
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.109	5672
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	2480
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	2809

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.225	0.2857	185	0.2332	3519	X-RAY DIFFRACTION	97
2.225-2.2512	0.2877	213	0.2323	3555	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2512-2.2786	0.2862	187	0.2278	3604	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2786-2.3075	0.2974	187	0.2253	3542	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3075-2.3378	0.2598	172	0.2066	3606	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3378-2.3699	0.246	171	0.1986	3647	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3699-2.4037	0.2586	196	0.1891	3597	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4037-2.4396	0.2488	192	0.1874	3619	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4396-2.4777	0.2506	187	0.1917	3612	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4777-2.5184	0.2425	176	0.187	3603	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5184-2.5618	0.2544	177	0.1839	3635	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5618-2.6084	0.2491	177	0.1815	3610	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6084-2.6585	0.2623	205	0.1754	3589	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6585-2.7128	0.2523	192	0.1795	3578	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7128-2.7718	0.24	197	0.1732	3635	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7718-2.8363	0.2494	190	0.1719	3588	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8363-2.9072	0.219	203	0.1694	3624	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9072-2.9858	0.2263	178	0.1674	3659	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9858-3.0737	0.2321	206	0.173	3618	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0737-3.1729	0.2233	184	0.1752	3600	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1729-3.2863	0.2169	194	0.1678	3615	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2863-3.4178	0.198	183	0.1627	3691	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4178-3.5734	0.1857	180	0.147	3621	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5734-3.7618	0.2021	191	0.1484	3654	X-RAY DIFFRACTION	98
3.7618-3.9974	0.1688	188	0.1414	3631	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9974-4.306	0.1656	211	0.1222	3641	X-RAY DIFFRACTION	98
4.306-4.7392	0.1552	184	0.1245	3647	X-RAY DIFFRACTION	99
4.7392-5.4247	0.1856	186	0.1394	3614	X-RAY DIFFRACTION	98
5.4247-6.8334	0.2067	175	0.1614	3662	X-RAY DIFFRACTION	98
6.8334-65.7608	0.181	175	0.1564	3583	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5819	-0.1577	-0.2744	0.8875	0.1144	1.0226	0.0195	0.1572	-0.203	-0.1435	-0.036	-0.0409	0.0519	-0.0306	0.0152	0.2411	-0.018	0.0257	0.1978	-0.0341	0.3326	-53.4696	-14.2592	-46.4445
2	2.3789	-0.4095	-0.0128	1.1871	-0.0279	0.839	0.0095	0.136	0.1912	-0.1532	0.0167	-0.084	-0.1209	0.0141	-0.019	0.235	-0.0285	0.0246	0.1513	-0.0031	0.2767	-60.5794	6.4007	-38.6839
3	1.4665	-0.2766	-0.0941	2.0676	0.0662	1.8863	-0.0401	-0.1746	0.0412	0.3384	0.0164	0.0794	-0.0237	0.03	0.0215	0.2817	-0.0397	0.0102	0.1695	0.0192	0.3232	-31.5444	-30.8295	-25.4208
4	1.7756	-0.7961	-0.8638	2.0681	0.2078	3.0231	-0.0757	-0.8984	0.3221	0.3441	0.3357	-0.0325	-0.1362	0.482	-0.1632	0.3227	0.0076	-0.0022	0.6841	-0.1651	0.309	-19.5444	21.4421	2.8378
5	2.9203	-0.632	-0.3867	1.9054	0.4827	2.5014	-0.1851	-0.514	-0.2836	0.3335	0.1665	0.1547	0.295	0.0648	-0.0129	0.2572	0.0125	0.0194	0.2996	0.0464	0.2087	-21.0443	4.0262	-11.8282
6	2.0055	-0.8912	-1.0388	2.7398	0.2591	2.1122	0.1865	0.2334	-0.3162	-0.3497	-0.3781	0.3487	-0.066	0.0018	0.1818	0.3376	0.0858	-0.0119	0.4387	-0.1199	0.3695	-29.4544	-28.1259	-76.5371
7	1.8419	0.1792	0.16	1.5863	-0.4237	0.769	0.1966	0.1996	-0.1463	-0.4286	-0.2105	0.0376	0.4602	0.3186	0.0319	0.5652	0.1279	0.0639	0.5786	-0.0066	0.3024	-30.8457	26.6458	-72.8266
8	1.7992	-1.1215	1.2006	2.5412	-0.928	1.3242	0.2089	0.1517	0.1313	0.0468	-0.3216	-0.3978	0.1052	0.2825	0.0972	0.3409	0.0073	0.0432	0.6139	0.0273	0.3379	-20.461	41.3409	-58.6891
9	1.1375	-0.329	0.4901	2.4606	-0.0219	1.167	0.0288	-0.1121	-0.262	0.2423	0.0477	0.3153	0.1293	-0.0342	-0.0772	0.282	-0.0486	0.0217	0.1888	0.0535	0.3874	-51.4557	38.3525	-26.4644
10	1.6712	-0.1273	-0.1541	1.4264	-0.156	2.4508	0.1538	0.7192	-0.1668	-0.7362	-0.403	0.66	-0.2956	-0.3585	0.2634	0.8887	0.3057	-0.3121	0.7633	-0.2876	0.6091	-41.9313	-21.1255	-94.2295

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resseq 2:213)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain B and resseq 2:215)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain C and resseq 2:213)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain D and resseq 3:213)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain E and resseq 2:213)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain F and resseq 2:213)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain G and resseq 3:212)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain H and resseq 2:213)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain I and resseq 2:213)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain J and resseq 2:212)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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万見について

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見 (Yorodumi)