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- PDB-6ezw: Crystal structure of a llama VHH antibody BCD090-M2 against human... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ezw
タイトルCrystal structure of a llama VHH antibody BCD090-M2 against human ErbB3 in space group C2
要素VHH antibody BCD090-M2
キーワードIMMUNE SYSTEM / VHH / llama antibody / single-domain antibody / nanobody / ErbB3 / Her3 / receptor tyrosine kinase
生物種Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.59842847381 Å
データ登録者Eliseev, I.E. / Yudenko, A.N. / Vysochinskaya, V.V. / Svirina, A.A. / Evstratyeva, A.V. / Drozhzhachih, M.S. / Krendeleva, E.A. / Vladimirova, A.K. / Nemankin, T.A. / Ekimova, V.M. ...Eliseev, I.E. / Yudenko, A.N. / Vysochinskaya, V.V. / Svirina, A.A. / Evstratyeva, A.V. / Drozhzhachih, M.S. / Krendeleva, E.A. / Vladimirova, A.K. / Nemankin, T.A. / Ekimova, V.M. / Ulitin, A.B. / Lomovskaya, M.I. / Yakovlev, P.A. / Moiseenko, F.V. / Chakchir, O.B.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号国
Ministry of Education and ScienceRFMEFI57716X0217 ロシア
引用ジャーナル: F1000Res / 年: 2018
タイトル: Crystal structures of a llama VHH antibody BCD090-M2 targeting human ErbB3 receptor.
著者: Eliseev, I.E. / Yudenko, A.N. / Vysochinskaya, V.V. / Svirina, A.A. / Evstratyeva, A.V. / Drozhzhachih, M.S. / Krendeleva, E.A. / Vladimirova, A.K. / Nemankin, T.A. / Ekimova, V.M. / Ulitin, ...著者: Eliseev, I.E. / Yudenko, A.N. / Vysochinskaya, V.V. / Svirina, A.A. / Evstratyeva, A.V. / Drozhzhachih, M.S. / Krendeleva, E.A. / Vladimirova, A.K. / Nemankin, T.A. / Ekimova, V.M. / Ulitin, A.B. / Lomovskaya, M.I. / Yakovlev, P.A. / Bukatin, A.S. / Knyazev, N.A. / Moiseenko, F.V. / Chakchir, O.B.
履歴
登録2017年11月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: VHH antibody BCD090-M2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9671
ポリマ－13,9671
非ポリマー00
水3,423190
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.759, 38.931, 47.482
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.243, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: 抗体 VHH antibody BCD090-M2


分子量: 13967.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.15 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Reservoir solution: 0.1M MES-Imidazole pH 6.5, 0.02M Sodium formate, 0.02M Ammonium acetate, 0.02M Sodium citrate, 0.02M Sodium potassium tartrate, 0.02M Sodium oxamate, 20% v/v PEG 500MME, 10% w/v PEG 20 000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER IMUS MICROFOCUS / 波長: 1.54184 Å
検出器タイプ: APEX II CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年9月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.59842847381→33.2975053523 Å / Num. obs: 15511 / % possible obs: 98.76472461 % / 冗長度: 5.21442847012 % / Biso Wilson estimate: 9.35381631249 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.0731657786164 / Rpim(I) all: 0.0329161383793 / Rrim(I) all: 0.08065 / Net I/av σ(I): 13.89 / Net I/σ(I): 12.7359219637
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsDiffraction-ID
1.59842847381-1.625989037612.298986486490.3866315060862.06960123815921
1.62598903761-1.655555366283.406209573090.47811477322.177091949997731
1.65555536628-1.687396683723.615186615190.3860118504822.759685471587771
1.68739668372-1.721838155413.739409499360.3464867268363.230130319777791
1.72183815541-1.759275690423.855878634640.3036061154293.841205737727911
1.75927569042-1.800197352624.014531043590.2649510947424.485699763657571
1.80019735262-1.845213349444.106138107420.2341068615735.20783323477821
1.84521334944-1.895099011234.319745222930.2201933515425.639354669237851
1.89509901123-1.950858037954.498721227620.1674048390997.661495973557821
1.95085803795-2.013818469284.630434782610.15450561088.539541549527821
2.01381846928-2.085783657944.753263707570.1369014764739.596706679757661
2.08578365794-2.169280220715.045112781950.12028276773311.67785019047981
2.16928022071-2.267987156315.214917825540.10506196757213.82064723787911
2.26798715631-2.387528520635.470886075950.09142666554616.13003080977901
2.38752852063-2.537065331545.74806201550.084148553531817.6140524937741
2.53706533154-2.732870110716.357142857140.07334375081222.27988205477841
2.73287011071-3.007728129146.62562814070.065057034101926.01171497287961
3.00772812914-3.442566678867.045169385190.052776415739333.36558898927971
3.44256667886-4.335766658548.122961104140.044869416718941.35330566387971
4.33576665854-33.30471572610.29951100240.044186789142347.95527062038181

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
APEX 22014.11-0データ収集
SAINTV8.18Cデータ削減
SADABS2008/1データスケーリング
PHASER2.7.16位相決定
PHENIX1.11.1_2575モデル構築
Coot0.8.6.1モデル構築
PHENIX1.11.1_2575精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5IMK

5imk


解像度: 1.59842847381→33.2975053523 Å / SU ML: 0.141918750683 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.7021064932
Rfactor反射数%反射
Rfree0.212561347445 1517 10.0085768952 %
Rwork0.182239424233 --
obs0.185278623977 15157 96.5106653932 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 14.3560089422 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.59842847381→33.2975053523 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数981 0 0 190 1171
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005904628196081003
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8227775728931357
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0564492238797140
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00507859703921179
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.3181533076361
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5984-1.650.2825243723071140.2780728982111029X-RAY DIFFRACTION80.2105263158
1.65-1.7090.2652994243071380.2395787022161216X-RAY DIFFRACTION96.2331201137
1.709-1.77740.2238104691011360.1996413285421213X-RAY DIFFRACTION95.3356890459
1.7774-1.85830.2006815451911360.1891428461781237X-RAY DIFFRACTION97.169143666
1.8583-1.95630.2412871702241360.1816452842781248X-RAY DIFFRACTION98.0169971671
1.9563-2.07880.194815754121390.1717413817661255X-RAY DIFFRACTION98.1690140845
2.0788-2.23930.1876614774331430.1795924659291271X-RAY DIFFRACTION99.1584852735
2.2393-2.46460.2274839894131410.1819607528711268X-RAY DIFFRACTION98.8771929825
2.4646-2.8210.2092306236731420.1895870743791276X-RAY DIFFRACTION99.299719888
2.821-3.55360.2109399025121430.1643891716711300X-RAY DIFFRACTION99.5859213251
3.5536-33.30470.193416098321490.1634613814741327X-RAY DIFFRACTION99.460916442

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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