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万見
- PDB-6ezv: The cytotoxin MakA from Vibrio cholerae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ezv
タイトルThe cytotoxin MakA from Vibrio cholerae
要素Non-hemolytic enterotoxin lytic component L1
キーワードTOXIN / cytotoxin / Vibrio cholerae / type-3 secretion / flagella
機能・相同性Hemolysin BL-binding component / Bacillus haemolytic enterotoxin (HBL) / : / membrane / ACETATE ION / CACODYLATE ION / Non-hemolytic enterotoxin lytic component L1 / Non-hemolytic enterotoxin lytic component L1
機能・相同性情報
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Persson, K. / Dongre, M. / Wai, S.N.
資金援助 スウェーデン, 4件
組織認可番号国
Swedish Research Council2013-2392 スウェーデン
Swedish Research Council2014-3878 スウェーデン
Swedish Research Council2016-05009 スウェーデン
Swedish cancer societyCAN/2014-831 スウェーデン
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2018
タイトル: Flagella-mediated secretion of a novelVibrio choleraecytotoxin affecting both vertebrate and invertebrate hosts.
著者: Dongre, M. / Singh, B. / Aung, K.M. / Larsson, P. / Miftakhova, R. / Persson, K. / Askarian, F. / Johannessen, M. / von Hofsten, J. / Persson, J.L. / Erhardt, M. / Tuck, S. / Uhlin, B.E. / Wai, S.N.
履歴
登録2017年11月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月20日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.type
改定 1.22018年10月10日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / entity
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity.formula_weight
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Non-hemolytic enterotoxin lytic component L1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,6586
ポリマ－42,2191
非ポリマー4395
水2,414134
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1030 Å2
ΔGint4 kcal/mol
Surface area15470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.575, 36.527, 73.551
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.25, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Non-hemolytic enterotoxin lytic component L1


分子量: 42219.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌)
遺伝子: B2J68_17335, BTY66_02270, EN12_17970, ERS013138_00148, ERS013140_03540, ERS013165_02450, ERS013166_00300, ERS013173_01009, ERS013186_00741, ERS013193_01370, ERS013200_01285, ERS013202_01074
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H6LLZ6, UniProt: Q9KL64*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M sodium acetate, 24% (w/v) PEG 8000, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→47.999 Å / Num. obs: 25893 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 7.4 % / CC1/2: 0.987 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.092 / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 7.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 1666 / CC1/2: 0.85 / Rpim(I) all: 0.46 / Rrim(I) all: 0.907 / Rsym value: 0.785 / % possible all: 95.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
Auto-Rickshaw位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→47.999 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.59
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2489 1290 4.99 %
Rwork0.1954 --
obs0.1981 25871 94.07 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 36.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→47.999 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2637 0 25 134 2796
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0112689
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0243657
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3241623
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056449
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006473
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.97610.34861420.28162712X-RAY DIFFRACTION95
1.9761-2.0660.33241490.24732753X-RAY DIFFRACTION95
2.066-2.1750.28031470.20352720X-RAY DIFFRACTION95
2.175-2.31120.28021420.19812766X-RAY DIFFRACTION95
2.3112-2.48970.25721400.19992744X-RAY DIFFRACTION95
2.4897-2.74020.2321380.21122651X-RAY DIFFRACTION92
2.7402-3.13660.27171230.21042367X-RAY DIFFRACTION82
3.1366-3.95150.23961550.18792883X-RAY DIFFRACTION98
3.9515-48.01460.20841540.16752985X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.67350.3638-2.45360.4596-0.42334.3793-0.1413-0.174-0.1274-0.0485-0.0486-0.10690.26390.12450.20120.17430.0099-0.01440.16330.0240.235415.26924.220329.9775
21.34030.4369-2.07440.6508-0.57184.76410.2765-0.32080.16580.1739-0.0756-0.0694-0.48330.3404-0.17050.2463-0.0421-0.01010.2592-0.04460.268313.21411.729741.1439
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain X and resid 6:164)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain X and resid 165:365)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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