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万見
- PDB-6ezu: Schistosoma mansoni Phosphodiesterase 4A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ezu
タイトルSchistosoma mansoni Phosphodiesterase 4A
要素Phosphodiesterase
キーワードHYDROLASE / cAMP complex / phosphodiesterase
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / signal transduction / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Phosphodiesterase 4 upstream conserved regions (UCR) / Phosphodiesterase 4 upstream conserved regions (UCR) / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile. / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / Phosphodiesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Brown, D.G. / Schroeder, S. / Gil, C.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
European UnionEC-FP7-602666-PDE4NPD 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The structure of Schistosoma mansoni Phosphodiesterase 4A in complex with cAMP
著者: Brown, D.G. / Schroeder, S. / Gil, C. / Munday, J. / Koning, H. / Siderius, M. / Leurs, R.
履歴
登録2017年11月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphodiesterase
B: Phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,7308
ポリマ－84,8742
非ポリマー8566
水1,00956
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology, full lenght phosphodiesterases have been shown to be dimers
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3240 Å2
ΔGint-109 kcal/mol
Surface area26560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.550, 81.550, 255.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Phosphodiesterase


分子量: 42437.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)
遺伝子: Smp_134140 / 発現宿主: Escherichia Coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta pLySS
参照: UniProt: G4VPI6, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素

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非ポリマー , 5種, 62分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-CMP / ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / CYCLIC AMP / CAMP / cAMP


分子量: 329.206 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N5O6P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.67 % / 解説: Plate like
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 14-16% (w/v) PEG 3350, 0.4 M ammonium sulphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97622 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97622 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→47.41 Å / Num. obs: 64004 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.5 % / Biso Wilson estimate: 45.45 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.075 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 2.04→2.09 Å / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 1.501 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 4668 / CC1/2: 0.545 / Rpim(I) all: 0.565 / Rrim(I) all: 1.605 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 3SL4

3sl4


解像度: 2.04→85.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 10.435 / SU ML: 0.123 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.152 / ESU R Free: 0.143 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23276 3042 4.8 %RANDOM
Rwork0.19886 ---
obs0.20049 60884 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 58.941 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.69 Å2-0.35 Å2-0 Å2
2---0.69 Å20 Å2
3---2.25 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.04→85.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5235 0 49 56 5340
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0330.0195403
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.024840
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.9121.9537357
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.536311173
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4445654
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.62724.195267
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.4515881
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6111532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2490.2840
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.026004
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021124
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.7843.42625
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.7823.3992624
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.5535.0773276
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.5525.0783277
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.6053.6362778
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.6053.6362779
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.9275.3574082
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.65940.3046216
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.65940.3026217
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.04→2.093 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.348 213 -
Rwork0.303 4448 -
obs--99.74 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4139-0.16340.25233.43750.96121.984-0.1676-0.1035-0.0694-0.00620.18370.30610.12160.0454-0.01610.1810.0980.00380.17320.03980.037217.2815.442-22.924
22.2136-1.55010.49473.7397-0.03171.99420.08640.0898-0.0092-0.4291-0.11210.0605-0.13090.0260.02570.23160.1361-0.02330.1969-0.00440.003140.953-17.794-20.631
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 667
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 667

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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