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- PDB-6ezl: Crystal structure of aspartate aminotransferase from Trypanosoma ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ezl
タイトルCrystal structure of aspartate aminotransferase from Trypanosoma cruzi at 2.07 Angstrom resolution
要素Aspartate aminotransferase
キーワードTRANSFERASE / transaminase enzyme Trypanosomes metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


aspartate transaminase / L-aspartate:2-oxoglutarate aminotransferase activity / amino acid metabolic process / biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
Aspartate/other aminotransferase / Aminotransferases, class-I, pyridoxal-phosphate-binding site / Aminotransferases class-I pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase ...Aspartate/other aminotransferase / Aminotransferases, class-I, pyridoxal-phosphate-binding site / Aminotransferases class-I pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Aspartate aminotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.07 Å
データ登録者Jagoe, W.N. / Khan, A.R.
資金援助 アイルランド, 1件
組織認可番号国
Science Foundation Ireland12/1A/1239 アイルランド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of aspartate aminotransferase from Trypanosoma Cruzi at 2.07 Angstrom resolution
著者: Jagoe, W.N. / Barry, P.J.G. / Nolan, D.P. / Khan, A.R.
履歴
登録2017年11月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aspartate aminotransferase
B: Aspartate aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,2414
ポリマ－89,7472
非ポリマー4942
水9,098505
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5120 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area29210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.495, 59.086, 139.015
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.64, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Aspartate aminotransferase


分子量: 44873.500 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: pyridoxal phosphate at K252
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 遺伝子: Tc00.1047053503841.70 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4D080, aspartate transaminase
#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 505 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.6 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 0% PEG 6000 5% Glycerol 50mM Sodium Acetate pH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→45.38 Å / Num. obs: 54095 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 2.07→2.13 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.864 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4H51

4h51


解像度: 2.07→45.376 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.59 / 位相誤差: 23.79 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2293 1986 3.67 %
Rwork0.1796 --
obs0.1814 54047 99.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.07→45.376 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6102 0 30 505 6637
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0126264
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.238503
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2393789
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057943
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081098
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.07-2.12180.31471330.27533710X-RAY DIFFRACTION100
2.1218-2.17920.33351440.24273705X-RAY DIFFRACTION100
2.1792-2.24330.26791470.21373673X-RAY DIFFRACTION100
2.2433-2.31570.241380.20993749X-RAY DIFFRACTION100
2.3157-2.39840.27611430.23711X-RAY DIFFRACTION100
2.3984-2.49450.25111430.1963682X-RAY DIFFRACTION100
2.4945-2.6080.24891410.19573724X-RAY DIFFRACTION100
2.608-2.74550.2551410.18423762X-RAY DIFFRACTION100
2.7455-2.91740.24361390.18513688X-RAY DIFFRACTION100
2.9174-3.14270.23051480.18433748X-RAY DIFFRACTION99
3.1427-3.45880.24061410.17693716X-RAY DIFFRACTION99
3.4588-3.95910.21911400.15393703X-RAY DIFFRACTION99
3.9591-4.9870.15851470.13513710X-RAY DIFFRACTION98
4.987-45.38660.20911410.17163780X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -13.5534 Å / Origin y: 38.8555 Å / Origin z: 29.7717 Å
111213212223313233
T0.1397 Å2-0.0256 Å20.0336 Å2-0.1177 Å20.0048 Å2--0.1387 Å2
L0.6906 °20.285 °20.6487 °2-0.2971 °20.3186 °2--1.0669 °2
S-0.0175 Å °-0.0472 Å °0.0591 Å °0.0183 Å °-0.0136 Å °0.0056 Å °-0.127 Å °-0.0151 Å °0.0254 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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