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- PDB-6ez3: Structure of CDPS from Staphylococcus haemolyticus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ez3
タイトルStructure of CDPS from Staphylococcus haemolyticus
要素Cyclo(L-leucyl-L-leucyl) synthase
キーワードRNA BINDING PROTEIN / tRNA / cyclodipeptide
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclo(L-leucyl-L-leucyl) synthase / aminoacyltransferase activity
類似検索 - 分子機能
Cyclodipeptide synthase / Cyclodipeptide synthase superfamily / Cyclodipeptide synthase / Cyclodipeptide synthase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclo(L-leucyl-L-leucyl) synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus haemolyticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Schmitt, E. / Mechulam, Y. / Bourgeois, G.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research Agency フランス
引用ジャーナル: J. Struct. Biol. / 年: 2018
タイトル: Structural basis for partition of the cyclodipeptide synthases into two subfamilies.
著者: Bourgeois, G. / Seguin, J. / Babin, M. / Belin, P. / Moutiez, M. / Mechulam, Y. / Gondry, M. / Schmitt, E.
履歴
登録2017年11月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclo(L-leucyl-L-leucyl) synthase
B: Cyclo(L-leucyl-L-leucyl) synthase
C: Cyclo(L-leucyl-L-leucyl) synthase
D: Cyclo(L-leucyl-L-leucyl) synthase
E: Cyclo(L-leucyl-L-leucyl) synthase
F: Cyclo(L-leucyl-L-leucyl) synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,39217
ポリマ－164,3366
非ポリマー1,05711
水18010
1
A: Cyclo(L-leucyl-L-leucyl) synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5813
ポリマ－27,3891
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cyclo(L-leucyl-L-leucyl) synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5813
ポリマ－27,3891
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Cyclo(L-leucyl-L-leucyl) synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5813
ポリマ－27,3891
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Cyclo(L-leucyl-L-leucyl) synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5813
ポリマ－27,3891
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Cyclo(L-leucyl-L-leucyl) synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4852
ポリマ－27,3891
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Cyclo(L-leucyl-L-leucyl) synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5813
ポリマ－27,3891
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.381, 81.835, 384.026
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Cyclo(L-leucyl-L-leucyl) synthase / Cyclodileucine synthase / Cyclodipeptide synthase / CDPS


分子量: 27389.266 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus haemolyticus (strain JCSC1435) (バクテリア)
株: JCSC1435 / 遺伝子: pSHaeC06 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4L2X9, cyclo(L-leucyl-L-leucyl) synthase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.53 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 30% PEG4000 0.2 M LiSO4 0.1M Tris pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.969 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.969 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→192.013 Å / Num. obs: 30525 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.09 % / Biso Wilson estimate: 95.38 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rsym value: 0.176 / Net I/σ(I): 9.91
反射 シェル解像度: 3→3.18 Å / 冗長度: 6.36 % / Rmerge(I) obs: 0.913 / Mean I/σ(I) obs: 1.89 / Num. measured obs: 4765 / CC1/2: 0.848 / Rsym value: 1.006 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→192.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.885 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.463
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.263 1480 4.86 %RANDOM
Rwork0.22 ---
obs0.222 30434 99.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 73.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.0178 Å20 Å20 Å2
2---21.2572 Å20 Å2
3---21.275 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.44 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3→192.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10723 0 55 10 10788
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0110965HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1614760HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3992SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes348HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1500HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it10965HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.51
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.91
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1473SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact12693SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3→3.1 Å / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.362 137 4.65 %
Rwork0.2649 2811 -
all0.2695 2948 -
obs--99.66 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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