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- PDB-6eyq: Crystal structure of a mutated OpuBC in complex with choline -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6eyq
タイトルCrystal structure of a mutated OpuBC in complex with choline
要素Choline-binding protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / substrate binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


amino acid transport / transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex
類似検索 - 分子機能
Osmoprotection protein (prox); domain 2 / ABC-type glycine betaine transport system, substrate-binding domain / Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLINE ION / Choline-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Peherstorfer, S. / Teichmann, L. / Smits, S.H. / Schmitt, L. / Bremer, E.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a mutated OpuBC in complex with choline
著者: Peherstorfer, S. / Teichmann, L. / Smits, S.H. / Schmitt, L. / Bremer, E.
履歴
登録2017年11月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Choline-binding protein
B: Choline-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,0694
ポリマ－68,8612
非ポリマー2082
水12,845713
1
A: Choline-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5352
ポリマ－34,4311
非ポリマー1041
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Choline-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5352
ポリマ－34,4311
非ポリマー1041
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)29.659, 66.323, 126.473
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.62, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Choline-binding protein


分子量: 34430.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: WE mutated D74 to Threonine
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: opuBC, proX, BSU33710 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q45462
#2: 化合物 ChemComp-CHT / CHOLINE ION / コリン


分子量: 104.171 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H14NO
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 713 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 273 K / 手法: batch mode / pH: 5 / 詳細: PEG3350 phosphatte buffer / PH範囲: 4-6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.973 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.973 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→42.1 Å / Num. obs: 77957 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.5 % / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 25.6
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 5.4 % / Mean I/σ(I) obs: 12 / Num. unique obs: 7783 / Rsym value: 0.14 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8_1069精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3R6U

3r6u


解像度: 1.5→42.1 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.43
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1722 718 5 %
Rwork0.1503 --
obs0.1505 77944 99.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→42.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4280 0 14 713 5007
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094556
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2226171
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.471741
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071672
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006787
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.61580.20021450.141915341X-RAY DIFFRACTION99
1.6158-1.77840.15771380.141915425X-RAY DIFFRACTION100
1.7784-2.03580.18641430.144315378X-RAY DIFFRACTION99
2.0358-2.56480.14811460.147515465X-RAY DIFFRACTION99
2.5648-42.15750.17831460.159615617X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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