PDB-6eyl: Crystal structure of OpuBC in complex with carnitine

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6eyl

タイトル

Crystal structure of OpuBC in complex with carnitine

要素

Osmotically activated L-carnitine/choline ABC transporter substrate-binding protein OpuCC

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / substrate binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to sulfate starvation / response to stress / amino acid transport / transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Peherstorfer, S. / Teichmann, L. / Smits, S.H. / Sschmitt, L. / Bremer, E.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Reprogramming the substrate specificity of an ABC import system by a single amino acid substitution in its cognate ligand binding protein
著者: Peherstorfer, S. / Teichmann, L. / Smits, S.H. / Schmitt, L. / Bremer, E.

履歴

登録	2017年11月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年11月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6eyl.cif.gz	149.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6eyl.ent.gz	114.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6eyl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6eyl_validation.pdf.gz	446.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6eyl_full_validation.pdf.gz	449 KB	表示
XML形式データ	6eyl_validation.xml.gz	32.1 KB	表示
CIF形式データ	6eyl_validation.cif.gz	51 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/6eyl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/6eyl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3r6uS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6eyg-d 4cek-d 4gl6-1 1hf8-d 1je8-1 4gl6-2 3ddl-1 3kln-3 3wof-9 6yky-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Osmotically activated L-carnitine/choline ABC transporter substrate-binding protein OpuCC

B: Osmotically activated L-carnitine/choline ABC transporter substrate-binding protein OpuCC

ヘテロ分子

69.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Osmotically activated L-carnitine/choline ABC transporter substrate-binding protein OpuCC

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
34.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Osmotically activated L-carnitine/choline ABC transporter substrate-binding protein OpuCC

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	29.710, 66.610, 126.990
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.84, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Osmotically activated L-carnitine/choline ABC transporter substrate-binding protein OpuCC 分子量: 34430.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: mutant of OpuBC / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: B4417_3194 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A164TT67, UniProt: Q45462*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-152 / CARNITINE / (3-CARBOXY-2-(R)-HYDROXY-PROPYL)-TRIMETHYL-AMMONIUM 分子量: 162.207 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₆NO₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 955 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 32.56 %
結晶化	温度: 273 K / 手法: batch mode / pH: 5 / 詳細: PEG 3350 phosphate buffer / PH範囲: 4-6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→42.3 Å / Num. obs: 79124 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.4 % / R_sym value: 0.11 / Net I/σ(I): 9.2
反射シェル	解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 4.3 % / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique obs: 7903 / R_sym value: 0.29 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8_1069	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3R6U

3r6u

解像度: 1.5→42.3 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.91

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1924	3952	4.99 %
R_work	0.1614	-	-
obs	0.1629	79136	99.84 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→42.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4404	0	22	955	5381

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	4676
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.075	6334
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.699	1774
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	691
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	809

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.5183	0.2003	138	0.1818	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5183-1.5375	0.2247	144	0.1834	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5375-1.5577	0.2149	137	0.1775	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5577-1.5791	0.219	152	0.1756	2632	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5791-1.6016	0.2097	153	0.1664	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6016-1.6256	0.1895	146	0.1642	2707	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6256-1.651	0.2169	125	0.1654	2731	X-RAY DIFFRACTION	100
1.651-1.678	0.2167	142	0.1665	2599	X-RAY DIFFRACTION	100
1.678-1.707	0.2023	144	0.1622	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
1.707-1.738	0.1985	131	0.1675	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
1.738-1.7714	0.2282	152	0.1649	2629	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7714-1.8076	0.2098	133	0.1674	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8076-1.8469	0.2243	139	0.1631	2739	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8469-1.8899	0.1913	148	0.1641	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8899-1.9371	0.2047	132	0.1646	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9371-1.9895	0.212	138	0.1668	2727	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9895-2.048	0.1987	131	0.1558	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
2.048-2.1141	0.1902	147	0.1516	2747	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1141-2.1897	0.1625	141	0.1495	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1897-2.2774	0.1899	128	0.1546	2742	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2774-2.381	0.1935	134	0.1567	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
2.381-2.5065	0.1985	124	0.1663	2722	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5065-2.6635	0.1928	137	0.1619	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6635-2.8691	0.2237	155	0.1671	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8691-3.1578	0.1731	161	0.1634	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1578-3.6145	0.1572	132	0.1536	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6145-4.5531	0.168	176	0.1406	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5531-42.325	0.1831	132	0.1752	2778	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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