PDB-6ey6: C-terminal part (residues 315-516) of PorM with the llama nanobod...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ey6

タイトル

C-terminal part (residues 315-516) of PorM with the llama nanobody nb130

要素

T9SS component cytoplasmic membrane protein PorM
nb130

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / Type IV Secretion System (T9SS) / nanobody

機能・相同性

機能・相同性情報

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Porphyromonas gingivalis (バクテリア)

Lama glama (ラマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Leone, P. / Cambillau, C. / Roussel, A.

資金援助

フランス, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Type IX secretion system PorM and gliding machinery GldM form arches spanning the periplasmic space.
著者: Leone, P. / Roche, J. / Vincent, M.S. / Tran, Q.H. / Desmyter, A. / Cascales, E. / Kellenberger, C. / Cambillau, C. / Roussel, A.

履歴

登録	2017年11月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年2月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年2月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2018年3月7日	Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ey6.cif.gz	1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ey6.ent.gz	866.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ey6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ey6_validation.pdf.gz	573.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ey6_full_validation.pdf.gz	597.9 KB	表示
XML形式データ	6ey6_validation.xml.gz	101.2 KB	表示
CIF形式データ	6ey6_validation.cif.gz	142.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/6ey6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/6ey6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ey0C 6ey4C 6ey5SC 5fwoS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6weo-6 6byr-2 6weo-10 6byr-3 6weo-1 4r1f-2 5t5w-d 2op1-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: T9SS component cytoplasmic membrane protein PorM

B: T9SS component cytoplasmic membrane protein PorM

C: T9SS component cytoplasmic membrane protein PorM

D: T9SS component cytoplasmic membrane protein PorM

E: T9SS component cytoplasmic membrane protein PorM

F: T9SS component cytoplasmic membrane protein PorM

G: T9SS component cytoplasmic membrane protein PorM

H: T9SS component cytoplasmic membrane protein PorM

I: nb130

J: nb130

K: nb130

L: nb130

M: nb130

N: nb130

O: nb130

P: nb130

395 kDa, 16 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: T9SS component cytoplasmic membrane protein PorM

B: T9SS component cytoplasmic membrane protein PorM

I: nb130

J: nb130

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, dimerization of PorM confirmed by SEC-MALS and bacterial two-hybrid on isolated domains, and interaction with nb130 analyzed by BLI
98.9 kDa, 4 ポリマー
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2

C: T9SS component cytoplasmic membrane protein PorM

D: T9SS component cytoplasmic membrane protein PorM

K: nb130

L: nb130

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, dimerization of PorM confirmed by SEC-MALS and bacterial two-hybrid on isolated domains, and interaction with nb130 analyzed by BLI
98.9 kDa, 4 ポリマー
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3

E: T9SS component cytoplasmic membrane protein PorM

F: T9SS component cytoplasmic membrane protein PorM

M: nb130

N: nb130

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, dimerization of PorM confirmed by SEC-MALS and bacterial two-hybrid on isolated domains, and interaction with nb130 analyzed by BLI
98.9 kDa, 4 ポリマー
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4

G: T9SS component cytoplasmic membrane protein PorM

H: T9SS component cytoplasmic membrane protein PorM

O: nb130

P: nb130

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, dimerization of PorM confirmed by SEC-MALS and bacterial two-hybrid on isolated domains, and interaction with nb130 analyzed by BLI
98.9 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	55.245, 77.179, 156.302
Angle α, β, γ (deg.)	90.24, 91.76, 97.16
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	T9SS component cytoplasmic membrane protein PorM 分子量: 34367.082 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis (バクテリア) 遺伝子: porM, PGIN_15-9_01458 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1R4DSC1, UniProt: B2RLE8*PLUS
#2: 抗体	nb130 分子量: 15065.688 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1235 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2 M ammonium citrate tribasic pH 7.0 20%(w/v) PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→40 Å / Num. obs: 145898 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 2.9 % / B_iso Wilson estimate: 43.18 Å² / R_rim(I) all: 0.065 / Net I/σ(I): 12.5
反射シェル	解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 221179 / CC_1/2: 0.647 / R_pim(I) all: 0.433 / R_rim(I) all: 0.764 / % possible all: 96.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.2	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6EY5, 5FWO

6ey5

5fwo

解像度: 2.1→38.35 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9559 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9404 / SU R Cruickshank DPI: 0.228 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.225 / SU R_free Blow DPI: 0.172 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.175

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2152	7242	4.98 %	RANDOM
R_work	0.1806	-	-	-
obs	0.1823	145522	97.37 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.92 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.3958 Å²	5.7393 Å²	1.0797 Å²
2-	-	-6.2532 Å²	-0.2692 Å²
3-	-	-	4.8575 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.256 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.1→38.35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19361	0	0	1236	20597

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	20527	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.13	27754	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		7156	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		477	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		3037	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		20527	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.5
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	16.66
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		2693	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		22733	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2361	499	4.83 %
R_work	0.2112	9828	-
all	0.2123	10327	-
obs	-	-	93.54 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.906	0.1138	-0.2364	0.9765	-0.5173	1.9077	0.0165	0.1512	-0.1191	0.0141	0.058	0.0108	-0.1868	0.0315	-0.0745	-0.141	-0.0294	-0.009	-0.1274	-0.0014	-0.13	-6.0579	-2.3465	-74.7948
2	1.4539	0.2313	-0.0352	1.427	-0.203	2.1239	0.0632	0.0213	0.1897	0.1992	-0.032	-0.071	-0.2081	0.276	-0.0312	-0.1655	-0.1026	0.0029	-0.168	-0.0209	-0.211	8.3353	10.3296	-73.1064
3	1.0651	0.4381	-0.1712	0.7683	-0.2843	3.2097	0.0856	0.0154	-0.1991	0.0736	0.0633	-0.0309	0.0402	-0.0083	-0.1489	-0.1427	0.0197	-0.0111	-0.1683	0.0031	-0.0908	-10.1725	34.1776	-37.4862
4	1.5526	0.7388	0.1213	1.0885	0.5714	1.0717	0.1298	-0.0545	0.0336	0.1636	-0.0719	-0.0268	0.1341	0.0074	-0.0579	-0.1547	0.01	0.0247	-0.168	-0.0111	-0.1537	3.426	47.4664	-36.2957
5	1.3184	0.3196	-0.0714	1.5071	0.6402	2.1457	0.045	0.0302	-0.1754	0.2365	-0.1059	0.0899	0.1014	-0.1864	0.0609	-0.1707	-0.0602	-0.0082	-0.1146	0.005	-0.2018	-7.9779	-5.2987	4.1633
6	1.1024	0.1343	0.2881	1.1526	1.0171	2.1071	-0.0167	0.1664	0.11	0.0478	0.1389	-0.0215	0.1197	0.1202	-0.1221	-0.1798	-0.0321	0.0057	-0.1405	-0.0037	-0.1363	6.6075	7.394	3.9244
7	1.6256	0.3232	-0.5571	1.3951	0.019	2.0303	0.1755	0.1004	-0.2906	0.079	-0.0796	-0.0138	-0.0394	-0.0043	-0.0959	-0.1852	0.0187	-0.0746	-0.1733	-0.001	-0.1564	-14.3493	33.8191	41.8629
8	1.3279	0.2627	0.2662	0.6872	0.6872	3.165	0.1042	0.1205	0.2162	-0.0192	-0.015	0.0258	0.0465	0.0213	-0.0892	-0.1472	0.03	0.0163	-0.157	0.0243	-0.1558	-0.931	47.0007	40.9434
9	3.7211	-1.371	1.2156	4.513	-0.9114	1.616	-0.1277	0.1043	0.0403	0.4199	0.1163	0.6509	-0.0613	-0.0651	0.0114	-0.1017	-0.057	0.0405	-0.1319	0.0681	-0.0522	-23.2826	20.1062	-82.2658
10	3.0666	-0.0879	0.5151	2.0744	0.2932	1.051	-0.0062	0.1201	-0.1925	0.1947	-0.0176	-0.1428	0.1005	0.106	0.0238	-0.1321	-0.043	0.0024	0.0155	-0.0154	-0.1461	25.6435	-10.1873	-81.2911
11	3.0358	-0.1785	-0.4706	0.8608	-0.345	1.3323	0.0067	0.068	0.1529	0.1164	-0.0427	0.0464	-0.0335	0.0137	0.036	-0.0739	-0.0001	-0.0058	-0.0951	0.0064	-0.0727	-27.7824	55.7931	-42.5168
12	5.4853	-1.3453	-0.158	1.1405	0.5019	1.0269	-0.0618	0.242	-0.6356	0.1524	-0.0722	0.0857	0.1179	-0.0249	0.134	-0.1339	0.0104	0.032	-0.1786	-0.011	0.0381	21.7089	26.7907	-45.5152
13	3.2461	-1.1747	0.5801	6.0325	-2.1168	1.5817	-0.0508	0.1491	0.0216	0.3836	0.5567	1.2711	-0.0576	-0.1943	-0.506	-0.2124	-0.0174	0.0842	-0.1151	0.1863	0.0792	-24.3801	15.7557	-5.0933
14	4.2176	-0.2593	0.5405	1.8884	0.4636	1.3676	-0.0267	0.0628	-0.2771	0.2109	0.0134	-0.1434	0.1024	0.1195	0.0132	-0.1599	-0.0298	0	-0.0036	-0.0375	-0.1322	24.751	-14.4953	-2.3928
15	5.466	-1.0314	0.3669	0.8364	-0.653	1.4931	-0.0598	0.4233	0.7326	0.1477	-0.0331	-0.026	-0.1187	0.0244	0.0929	-0.1478	0.0198	-0.0296	-0.1723	0.0409	0.0327	-32.1502	54.6145	32.6267
16	3.0895	-0.0361	0.5833	1.5114	0.004	1.315	0.0189	0.1086	-0.2714	0.1794	-0.0522	-0.0967	0.0358	0.028	0.0333	-0.0914	0.0374	-0.0268	-0.1028	-0.0236	-0.0793	17.3262	25.6606	36.002

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|* }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|* }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ E\|* }
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ F\|* }
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{ G\|* }
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{ H\|* }
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{ I\|* }
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{ J\|* }
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{ K\|* }
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{ L\|* }
13	X-RAY DIFFRACTION	13	{ M\|* }
14	X-RAY DIFFRACTION	14	{ N\|* }
15	X-RAY DIFFRACTION	15	{ O\|* }
16	X-RAY DIFFRACTION	16	{ P\|* }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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