PDB-6ey5: C-terminal part (residues 224-515) of PorM

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ey5

タイトル

C-terminal part (residues 224-515) of PorM

要素

T9SS component cytoplasmic membrane protein PorM

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / Type IV Secretion System (T9SS) / nanobody

機能・相同性

機能・相同性情報

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Porphyromonas gingivalis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.85 Å

データ登録者

Leone, P. / Cambillau, C. / Roussel, A.

資金援助

フランス, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Type IX secretion system PorM and gliding machinery GldM form arches spanning the periplasmic space.
著者: Leone, P. / Roche, J. / Vincent, M.S. / Tran, Q.H. / Desmyter, A. / Cascales, E. / Kellenberger, C. / Cambillau, C. / Roussel, A.

履歴

登録	2017年11月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年2月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年2月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ey5.cif.gz	247.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ey5.ent.gz	202.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ey5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6ey5_validation.pdf.gz	435.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ey5_full_validation.pdf.gz	442 KB	表示
XML形式データ	6ey5_validation.xml.gz	23 KB	表示
CIF形式データ	6ey5_validation.cif.gz	31.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/6ey5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/6ey5	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6ey0C 6ey4C 6ey6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2vd5-1 5nfy-1 5ihx-1 4ldo-d 2vd5-2 5c8t-2 4gg6-1 1wd8-d 1nr5-d 5nfy-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: T9SS component cytoplasmic membrane protein PorM

B: T9SS component cytoplasmic membrane protein PorM

ヘテロ分子

65.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: assay for oligomerization, dimerization confirmed by SEC-MALS and bacterial two-hybrid on isolated domains

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.004, 77.004, 228.557
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	T9SS component cytoplasmic membrane protein PorM 分子量: 32644.225 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis (バクテリア) 遺伝子: porM, PGIN_15-9_01458 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1R4DSC1, UniProt: B2RLE8*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.6 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.02 M sodium acetate pH 4.8-5.8 0.2 M zinc acetate 15-25%(w/v) PEG 3350 PH範囲: 4.8 - 5.8

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97888,0.979109,0.979336,0.976256

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月4日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97888	1
2	0.979109	1
3	0.979336	1
4	0.976256	1

反射

解像度: 2.85→40 Å / Num. obs: 16929 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8 % / B_iso Wilson estimate: 102.19 Å² / R_rim(I) all: 0.081 / Net I/σ(I): 14.8

反射シェル

解像度: 2.85→3 Å / 冗長度: 8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / CC_1/2: 0.854 / R_pim(I) all: 0.276 / R_rim(I) all: 0.815 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.2	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.85→39.42 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.933 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.906 / R_factor R_free error: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R_free Blow DPI: 0.368

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.249	902	5.35 %	RANDOM
R_work	0.217	-	-	-
obs	0.219	16861	99.9 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 109.13 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-9.514 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-9.514 Å²	0 Å²
3-	-	-	19.028 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.42 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.85→39.42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4197	0	4	60	4261

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	4541	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.23	6154	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		1600	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		118	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		658	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		4541	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		0	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.95
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	18.38
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		619	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		4828	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.85→3.05 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 8

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.305	159	5.34 %
R_work	0.266	2818	-
all	0.268	2977	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.1646	-2.8748	-4.4544	0.9102	-0.6577	7.1171	0.0508	0.134	0.0696	-0.0065	-0.2759	-0.2676	-0.4627	0.6722	0.2251	-0.1196	0.0224	-0.0253	0.1358	0.1911	-0.3855	-5.0718	27.7506	18.9955
2	2.1458	-3.6712	2.8481	2.9841	-4.1906	6.3359	-0.0152	0.0003	0.0166	0.066	0.076	0.1246	-0.1689	-0.24	-0.0607	0.0008	-0.0415	-0.1334	0.3525	-0.0518	-0.1116	-24.777	17.1308	15.6254
3	6.5145	-2.7067	1.4472	0.3053	4.6329	4.8788	0.0412	0.096	0.1333	-0.4486	-0.1676	-0.0655	-0.5141	0.2902	0.1263	-0.213	0.08	-0.0049	0.15	0.0651	-0.3352	-6.9575	24.5041	19.554
4	7.6278	5.6134	-6.1835	8.3194	-3.5119	2.1965	-0.0336	0.2253	0.226	-0.1238	-0.1713	-0.0444	-0.1795	-0.069	0.2049	0.1303	-0.0007	0.1736	0.1584	-0.1656	-0.0662	-3.8806	32.3991	2.8986
5	13.9819	4.4969	-3.7976	0.2864	0.5498	2.1409	-0.0552	0.6319	0.7013	0.3553	0.2729	0.2979	-0.353	-0.3354	-0.2177	-0.1039	0.1457	-0.002	-0.0186	-0.0425	-0.4179	-15.8222	28.4727	0.7627
6	9.3693	-5.5778	-6.2014	5.7049	5.8954	3.4024	-0.0576	-0.0995	-0.1965	0.2212	-0.0933	-0.5785	-0.141	0.2861	0.1509	0.0255	-0.1356	0.0262	0.1377	0.1063	-0.0691	4.5253	28.005	4.7603
7	0.145	-4.629	0.0212	0.056	0.158	3.079	0.0108	0.1063	-0.1654	-0.1582	-0.065	-0.043	0.3317	-0.1884	0.0542	-0.2688	0.0808	0.1977	0.2581	-0.2741	0.2112	-2.2338	21.47	2.9898
8	0.0148	4.8433	-1.7703	11.5893	3.8338	5.2444	0.0198	0.1969	-0.1551	0.2193	0.0845	0.2402	-0.0601	-0.7017	-0.1042	-0.0943	0.0647	0.1666	0.2457	-0.134	-0.1756	-23.5466	18.1082	-0.1816
9	5.147	-3.1868	0.4334	5.2899	1.0371	3.5003	0.1057	1.0141	-0.5881	-0.2293	0.4912	-0.0617	0.4457	0.7799	-0.5969	-0.4534	0.1136	-0.2211	-0.2759	-0.1048	-0.4286	-41.0417	5.4631	9.1988
10	0.0053	0.7997	-2.8572	0.6248	0.6928	0.4302	0.002	-0.0744	0.0927	-0.0176	-0.0293	0.0232	0.008	-0.03	0.0274	0.2656	-0.1133	0.2562	0.3275	-0.2872	0.0239	-27.7265	3.7262	1.5292
11	5.3779	-0.1412	-0.648	8.6498	2.7917	0	0.1334	-0.2636	-0.8548	-0.4816	0.1418	-0.7669	0.3809	0.6699	-0.2752	-0.4242	0.3121	-0.2395	-0.3993	-0.0598	-0.4527	-35.2458	-2.0892	11.9445
12	1.1901	0.7021	0.3763	0.3948	2.0605	2.5123	-0.0037	0.2025	-0.0155	-0.0388	-0.0277	-0.1188	-0.0415	0.1809	0.0314	0.1406	0.0875	-0.0441	0.5722	-0.0729	0.5694	-20.2838	9.2503	7.9529
13	3.3424	1.9129	-1.3604	4.0261	1.8361	1.7196	0.0157	0.0753	-0.2125	0.551	0.1453	0.0362	0.8069	0.3239	-0.161	-0.3264	0.0745	-0.1309	-0.528	0.189	-0.4547	-49.1984	-2.2302	16.4797
14	1.7631	-0.4131	4.0584	3.2376	3.6094	2.1875	-0.0173	0.5569	-0.0941	-0.1942	-0.0363	0.2911	-0.0585	-0.3879	0.0537	0.1104	0.0535	0.021	0.3202	-0.1957	0.5752	-75.5712	-10.9182	6.8734
15	0.1547	0.6835	-1.1524	1.9472	-2.212	0.4101	0.0004	0.1597	0.0269	0.0419	-0.015	0.1938	0.2796	0.0206	0.0147	0.1138	-0.1222	0.1849	-0.1109	-0.2455	0.4617	-72.5667	-18.0266	9.719
16	11.7942	4.2352	0.0083	1.5855	1.9921	2.1906	0.0387	0.1129	-0.7522	0.7814	0.2095	0.9875	0.8955	-0.4262	-0.2481	0.1913	0.1184	0.2331	-0.5286	-0.0987	0.0965	-66.3763	-15.8587	18.6303
17	1.01	3.9226	5.1228	5.9478	0.9328	6.2973	-0.0077	-0.2112	-0.0671	0.0981	0.1464	0.1169	0.0585	-0.219	-0.1387	0.4498	-0.1614	0.216	-0.1523	-0.0299	0.626	-74.5507	-26.4164	16.7546
18	0.2208	3.2968	-5.295	5.1613	3.4102	0.6477	0.0285	-0.1664	-0.0914	0.1711	-0.0033	-0.127	0.0804	-0.3417	-0.0252	0.1292	-0.2138	0.2826	-0.3656	-0.1765	0.464	-78.8084	-16.1826	22.2826
19	0.2709	0.4045	-1.9011	3.0786	0.9363	0.0365	0.0375	-0.0197	-0.0954	0.0886	0.0038	-0.1176	0.2102	-0.0446	-0.0413	0.2609	-0.1087	0.2356	-0.5333	0.2199	-0.0736	-59.6516	-17.6185	19.6705
20	0.3075	5.443	-2.575	4.8818	-3.5179	3.3933	-0.0068	-0.1116	-0.337	0.7527	-0.2802	0.0587	0.4317	-0.3729	0.287	0.3534	-0.0115	-0.0959	-0.4354	-0.1343	-0.0396	-64.4202	-13.5052	18.6929
21	5.8686	-0.9508	1.3235	6.6978	-0.913	10.7651	-0.1279	-0.2262	-0.7531	-0.0487	0.1708	0.0893	0.0455	-0.2223	-0.0429	-0.0033	0.1063	0.2496	0.041	-0.0413	-0.2477	-11.3375	22.9972	10.1891
22	5.1711	-0.5689	-3.4922	3.8105	1.412	0.0483	0.0145	-0.0494	-0.0954	0.0869	0.0459	0.0935	0.2096	0.5328	-0.0604	-0.0316	-0.0134	-0.0886	0.0342	0.0606	-0.1533	-9.565	18.0727	30.9075
23	0.1929	1.4569	2.1022	1.9026	0.8454	2.4687	-0.0668	0.0955	-0.2216	-0.0896	-0.0449	0.0413	-0.2211	-0.1061	0.1117	-0.2966	0.002	0.0004	-0.0048	-0.0052	-0.3854	-15.793	23.1346	24.0935
24	2.6381	-1.1597	2.4333	6.6546	0.2564	4.2219	0.1834	0.2963	-0.2973	-0.2366	-0.0966	-0.2348	0.3641	0.8173	-0.0868	-0.3964	0.2352	-0.0517	-0.0366	0.1031	-0.4598	-49.1271	11.8295	11.9062
25	3.1773	3.0527	0.1017	0.0671	-0.8907	1.122	-0.0116	0.0513	-0.0528	0.0924	-0.046	-0.0749	-0.1228	-0.0055	0.0576	-0.0528	0.1755	-0.0329	0.4416	0.1962	0.5261	-36.2178	27.0797	10.0854
26	0.5757	-0.7299	-0.0818	2.7501	3.2008	7.7084	0.1077	0.3552	0.7751	-0.2843	-0.18	-0.1446	-0.9581	0.1189	0.0723	-0.2594	0.1168	-0.0205	-0.1589	0.1641	-0.2681	-50.0002	22.6684	11.0476
27	0	0.47	-2.9949	0.1661	-1.0503	0	-0.0849	0.1894	-0.1275	-0.2029	0.0286	-0.1296	0.1067	-0.0111	0.0564	-0.1865	0.2732	-0.1399	0.5056	0.0599	-0.1669	-60.6055	12.3671	4.628
28	7.3298	-2.8948	-2.2493	3.698	1.5627	0.0473	0.0254	0.0641	0.2994	-0.1767	0.0637	-0.4451	-0.267	0.1353	-0.089	-0.2542	0.2939	-0.0652	-0.021	0.3388	-0.4133	-46.8412	20.6723	2.5434
29	4.8946	-1.1253	-0.4541	5.7211	1.0738	6.7805	0.0271	0.6232	0.039	-0.3636	-0.0657	-0.2451	-0.1708	0.143	0.0386	-0.1721	0.1984	-0.1003	-0.063	0.0351	-0.147	-51.2057	13.5792	8.2847
30	4.699	-3.9758	-2.6501	3.5744	0.9374	7.051	-0.0213	-0.0898	-0.0627	0.2395	-0.0822	-0.1188	0.1781	0.2187	0.1035	0.6054	-0.078	0.0269	-0.2409	0.1862	-0.2442	-60.7076	-6.3932	38.5388
31	1.0354	0.5744	0.2391	1.7867	1.7777	3.1525	-0.0204	-0.2127	0.1782	0.1214	0.0827	0.0073	0.0608	0.0774	-0.0623	0.5667	-0.2271	0.2917	-0.097	0.0305	-0.0672	-68.3302	-3.6541	40.0909
32	0	5.85	2.1021	7.2812	1.9614	3.4187	0.0961	-0.1707	-0.6515	0.2122	0.2002	-0.2023	0.5866	0.3447	-0.2963	-0.1758	0.0211	0.1887	-0.5176	0.0749	-0.5051	-59.3076	4.1371	24.7597
33	2.5307	-3.1957	-4.6203	0.7112	4.6721	4.7441	-0.0176	-0.1609	0.0363	0.0268	-0.0424	-0.0004	-0.0584	-0.0821	0.06	0.2719	-0.2642	0.3064	0.0659	0.0443	0.1331	-77.3181	-2.867	29.9723
34	0.2142	-0.4578	-0.6944	1.6052	0.8555	0.4532	-0.0037	0.043	-0.0404	-0.0132	-0.0109	0.0063	-0.0277	-0.0038	0.0145	0.4397	-0.1377	0.1949	-0.1757	0.1437	0.1237	-85.804	-17.2343	31.4694
35	0.3027	-0.9555	-2.4883	0.7637	0.186	0.9391	0.0167	-0.0709	0.0942	-0.0278	0.0038	-0.0776	0.0818	0.0495	-0.0205	0.2931	-0.2341	0.2813	-0.1474	-0.1745	0.2525	-82.7123	-5.7162	31.2518
36	0.0051	1.8141	-4.1767	0	3.2354	0	-0.0031	-0.1655	-0.0795	0.0836	0.0118	0.0905	-0.0598	-0.2152	-0.0086	0.3752	-0.2154	0.3783	-0.2682	-0.0558	-0.3864	-78.1974	1.2276	36.9296
37	0.1366	-1.5431	-4.8804	7.2869	-4.676	2.5425	-0.0172	-0.2285	-0.0577	-0.0815	-0.1169	-0.0517	0.035	0.0075	0.134	0.631	-0.2757	0.3467	-0.1997	0.3065	-0.0546	-76.3625	-11.1567	38.549
38	5.5501	2.5743	-0.6527	1.7666	5.4782	5.1806	-0.0499	0.094	-0.0962	0.0743	-0.0822	0.2293	0.0322	0.0321	0.1321	-0.1948	-0.0434	0.3129	-0.1511	0.1396	-0.015	-70.8672	3.6113	23.1994
39	0	-0.739	-3.384	0	-1.3936	0	0.0181	0.1141	0.0435	0.0971	0.061	0.0426	-0.1564	-0.049	-0.0791	-0.2805	-0.048	-0.0056	-0.5166	-0.0344	0.0004	-70.6814	6.0478	18.602
40	0	-2.4667	-3.0052	2.3827	-1.1194	0	0.0111	-0.1389	-0.1174	0.2049	-0.0335	0.0009	0.2858	0.0823	0.0224	0.599	-0.1815	0.0237	-0.4371	0.2666	-0.3214	-68.9156	-10.7829	31.1942

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|225 - 236 }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ A\|237 - 244 }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ A\|245 - 256 }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ A\|257 - 267 }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ A\|268 - 289 }
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ A\|290 - 303 }
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{ A\|304 - 308 }
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{ A\|309 - 316 }
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{ A\|317 - 344 }
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{ A\|345 - 350 }
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{ A\|351 - 381 }
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{ A\|382 - 389 }
13	X-RAY DIFFRACTION	13	{ A\|390 - 407 }
14	X-RAY DIFFRACTION	14	{ A\|408 - 426 }
15	X-RAY DIFFRACTION	15	{ A\|427 - 437 }
16	X-RAY DIFFRACTION	16	{ A\|438 - 466 }
17	X-RAY DIFFRACTION	17	{ A\|467 - 486 }
18	X-RAY DIFFRACTION	18	{ A\|487 - 494 }
19	X-RAY DIFFRACTION	19	{ A\|495 - 499 }
20	X-RAY DIFFRACTION	20	{ A\|500 - 516 }
21	X-RAY DIFFRACTION	21	{ B\|224 - 257 }
22	X-RAY DIFFRACTION	22	{ B\|258 - 273 }
23	X-RAY DIFFRACTION	23	{ B\|274 - 320 }
24	X-RAY DIFFRACTION	24	{ B\|321 - 340 }
25	X-RAY DIFFRACTION	25	{ B\|341 - 346 }
26	X-RAY DIFFRACTION	26	{ B\|347 - 368 }
27	X-RAY DIFFRACTION	27	{ B\|369 - 374 }
28	X-RAY DIFFRACTION	28	{ B\|375 - 381 }
29	X-RAY DIFFRACTION	29	{ B\|382 - 406 }
30	X-RAY DIFFRACTION	30	{ B\|407 - 426 }
31	X-RAY DIFFRACTION	31	{ B\|427 - 435 }
32	X-RAY DIFFRACTION	32	{ B\|436 - 450 }
33	X-RAY DIFFRACTION	33	{ B\|451 - 457 }
34	X-RAY DIFFRACTION	34	{ B\|458 - 463 }
35	X-RAY DIFFRACTION	35	{ B\|464 - 469 }
36	X-RAY DIFFRACTION	36	{ B\|470 - 477 }
37	X-RAY DIFFRACTION	37	{ B\|478 - 492 }
38	X-RAY DIFFRACTION	38	{ B\|493 - 502 }
39	X-RAY DIFFRACTION	39	{ B\|503 - 507 }
40	X-RAY DIFFRACTION	40	{ B\|508 - 516 }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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