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- PDB-6ey2: Crystal structure of XIAP-BIR3 in complex with a cIAP1-selective SM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ey2
タイトルCrystal structure of XIAP-BIR3 in complex with a cIAP1-selective SM
要素E3 ubiquitin-protein ligase XIAP
キーワードSIGNALING PROTEIN / Zinc finger motif / smac-mimetic / protein-ligand complex / BIR domain
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of apoptosis involved in tissue homeostasis / positive regulation of protein linear polyubiquitination / copper ion homeostasis / regulation of BMP signaling pathway / regulation of nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / SMAC, XIAP-regulated apoptotic response / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage ...regulation of apoptosis involved in tissue homeostasis / positive regulation of protein linear polyubiquitination / copper ion homeostasis / regulation of BMP signaling pathway / regulation of nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / SMAC, XIAP-regulated apoptotic response / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / Regulation of the apoptosome activity / SMAC (DIABLO) binds to IAPs / SMAC(DIABLO)-mediated dissociation of IAP:caspase complexes / TNFR1-induced proapoptotic signaling / RIPK1-mediated regulated necrosis / regulation of innate immune response / protein K63-linked ubiquitination / positive regulation of type I interferon production / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / protein serine/threonine kinase binding / Regulation of PTEN localization / positive regulation of protein ubiquitination / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / positive regulation of JNK cascade / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / Regulation of TNFR1 signaling / RING-type E3 ubiquitin transferase / Regulation of necroptotic cell death / Wnt signaling pathway / Regulation of PTEN stability and activity / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / regulation of inflammatory response / neuron apoptotic process / response to lipopolysaccharide / regulation of apoptotic process / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / regulation of cell cycle / defense response to bacterium / DNA damage response / negative regulation of apoptotic process / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
XIAP/BIRC8, UBA domain / : / BIRC2/3-like, UBA domain / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / : / BIR repeat. / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. ...XIAP/BIRC8, UBA domain / : / BIRC2/3-like, UBA domain / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / : / BIR repeat. / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. / Baculoviral inhibition of apoptosis protein repeat / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Death-like domain superfamily / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-C3T / E3 ubiquitin-protein ligase XIAP
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Cossu, F. / Corti, A. / Milani, M. / Mastrangelo, E.
資金援助 イタリア, 1件
組織認可番号国
Italian Association for Cancer ResearchAIRC MFAG 17083 イタリア
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2018
タイトル: Structure-based design and molecular profiling of Smac-mimetics selective for cellular IAPs.
著者: Corti, A. / Milani, M. / Lecis, D. / Seneci, P. / de Rosa, M. / Mastrangelo, E. / Cossu, F.
履歴
登録2017年11月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase XIAP
B: E3 ubiquitin-protein ligase XIAP
C: E3 ubiquitin-protein ligase XIAP
D: E3 ubiquitin-protein ligase XIAP
E: E3 ubiquitin-protein ligase XIAP
F: E3 ubiquitin-protein ligase XIAP
G: E3 ubiquitin-protein ligase XIAP
H: E3 ubiquitin-protein ligase XIAP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,29124
ポリマ－131,8748
非ポリマー4,41616
水1,53185
1
A: E3 ubiquitin-protein ligase XIAP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0363
ポリマ－16,4841
非ポリマー5522
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: E3 ubiquitin-protein ligase XIAP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0363
ポリマ－16,4841
非ポリマー5522
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: E3 ubiquitin-protein ligase XIAP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0363
ポリマ－16,4841
非ポリマー5522
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: E3 ubiquitin-protein ligase XIAP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0363
ポリマ－16,4841
非ポリマー5522
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: E3 ubiquitin-protein ligase XIAP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0363
ポリマ－16,4841
非ポリマー5522
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: E3 ubiquitin-protein ligase XIAP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0363
ポリマ－16,4841
非ポリマー5522
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: E3 ubiquitin-protein ligase XIAP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0363
ポリマ－16,4841
非ポリマー5522
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: E3 ubiquitin-protein ligase XIAP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0363
ポリマ－16,4841
非ポリマー5522
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.230, 97.060, 182.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24E
15A
25F
16A
26G
17A
27H
18B
28C
19B
29D
110B
210E
111B
211F
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214D
115C
215E
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216F
117C
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118C
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223F
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125E
225H
126F
226G
127F
227H
128G
228H

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUAA254 - 35044 - 140
21GLUGLUBB254 - 35044 - 140
12LEULEUAA254 - 35244 - 142
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23CYSCYSDD254 - 35144 - 141
14CYSCYSAA254 - 35144 - 141
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15CYSCYSAA254 - 35144 - 141
25CYSCYSFF254 - 35144 - 141
16CYSCYSAA254 - 35144 - 141
26CYSCYSGG254 - 35144 - 141
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27LEULEUHH254 - 35244 - 142
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28GLUGLUCC254 - 35044 - 140
19GLUGLUBB254 - 35044 - 140
29GLUGLUDD254 - 35044 - 140
110GLUGLUBB254 - 35044 - 140
210GLUGLUEE254 - 35044 - 140
111GLUGLUBB254 - 35044 - 140
211GLUGLUFF254 - 35044 - 140
112GLUGLUBB254 - 35044 - 140
212GLUGLUGG254 - 35044 - 140
113GLUGLUBB254 - 35044 - 140
213GLUGLUHH254 - 35044 - 140
114CYSCYSCC254 - 35144 - 141
214CYSCYSDD254 - 35144 - 141
115CYSCYSCC254 - 35144 - 141
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116CYSCYSCC254 - 35144 - 141
216CYSCYSFF254 - 35144 - 141
117CYSCYSCC254 - 35144 - 141
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122CYSCYSDD254 - 35144 - 141
222CYSCYSHH254 - 35144 - 141
123CYSCYSEE254 - 35144 - 141
223CYSCYSFF254 - 35144 - 141
124CYSCYSEE254 - 35144 - 141
224CYSCYSGG254 - 35144 - 141
125CYSCYSEE254 - 35144 - 141
225CYSCYSHH254 - 35144 - 141
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226LEULEUGG254 - 35244 - 142
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128CYSCYSGG254 - 35144 - 141
228CYSCYSHH254 - 35144 - 141

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28

-
要素

#1: タンパク質
E3 ubiquitin-protein ligase XIAP / Baculoviral IAP repeat-containing protein 4 / IAP-like protein / hILP / Inhibitor of apoptosis ...Baculoviral IAP repeat-containing protein 4 / IAP-like protein / hILP / Inhibitor of apoptosis protein 3 / hIAP3 / RING-type E3 ubiquitin transferase XIAP / X-linked inhibitor of apoptosis protein / X-linked IAP


分子量: 16484.309 Da / 分子数: 8 / 断片: Zinc-finger protein / 変異: none / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: XIAP, API3, BIRC4, IAP3 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P98170, RING-type E3 ubiquitin transferase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 断片: SM / 変異: none / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-C3T / (3~{S},6~{S},7~{S},9~{a}~{S})-~{N}-[(4-~{tert}-butylphenyl)methyl]-7-(hydroxymethyl)-6-[[(2~{S})-2-(methylamino)butanoyl]amino]-5-oxidanylidene-1,2,3,6,7,8,9,9~{a}-octahydropyrrolo[1,2-a]azepine-3-carboxamide


分子量: 486.647 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: C27H42N4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.95 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.5 / 詳細: 10% PEG 400, 0.2 M MgCl2, 0.1M Hepes-Na

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.939 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月16日 / 詳細: Toroidal focusing mirror
放射モノクロメーター: channel cut ESRF monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.939 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→66.5 Å / Num. obs: 28799 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rrim(I) all: 0.136 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / Rmerge(I) obs: 0.718 / Num. measured obs: 25715 / Num. unique all: 4113 / Rrim(I) all: 0.78

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0230精密化
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
iMOSFLMデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3CLX

3clx


解像度: 2.7→66.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / SU B: 17.896 / SU ML: 0.357 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.393 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28408 1440 5 %RANDOM
Rwork0.2351 ---
obs0.23761 27239 99.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 71.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.29 Å20 Å20 Å2
2--2 Å20 Å2
3----6.29 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.7→66.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6485 0 288 85 6858
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0147025
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.0186039
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3551.7089554
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2491.73314181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1295797
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.08423.432373
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.091151082
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.6561525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2849
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.027796
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021438
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.4667.0183212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other6.4637.0183212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it9.85410.4953989
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other9.85410.4973990
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.2497.4963813
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.2487.4973814
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other9.71111.1145562
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined13.36479.6278239
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other13.36379.6348240
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A30970.1
12B30970.1
21A31960.1
22C31960.1
31A31890.09
32D31890.09
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42E31560.09
51A31280.1
52F31280.1
61A31570.09
62G31570.09
71A32210.08
72H32210.08
81B31050.1
82C31050.1
91B31700.09
92D31700.09
101B31430.09
102E31430.09
111B31060.1
112F31060.1
121B31650.09
122G31650.09
131B31740.08
132H31740.08
141C32000.09
142D32000.09
151C32030.08
152E32030.08
161C31630.1
162F31630.1
171C32110.1
172G32110.1
181C32150.09
182H32150.09
191D32360.08
192E32360.08
201D32960.08
202F32960.08
211D32830.07
212G32830.07
221D32640.07
222H32640.07
231E31950.08
232F31950.08
241E32300.08
242G32300.08
251E32280.07
252H32280.07
261F32330.07
262G32330.07
271F31930.08
272H31930.08
281G32520.07
282H32520.07
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.332 100 -
Rwork0.326 1968 -
obs--100 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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