PDB-6exp: Crystal structure of the SIRV3 AcrID1 (gp02) anti-CRISPR protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6exp

タイトル

Crystal structure of the SIRV3 AcrID1 (gp02) anti-CRISPR protein

要素

SIRV3 AcrID1 (gp02) anti-CRISPR protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / Anti-CRISPR / CRISPR-Cas / Sulfolobus islandicus rod shaped virus 2 / inhibitor / SIRV3

機能・相同性

Sulfolobus islandicus filamentous virus, Orf14 / Protein of unknown function (DUF1374) / MafI family immunity protein

機能・相同性情報

生物種

Sulfolobus islandicus rudivirus 3 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.93 Å

データ登録者

He, F. / Bhoobalan-Chitty, Y. / Van, L.B. / Kjeldsen, A.L. / Dedola, M. / Makarova, K.S. / Koonin, E.V. / Brodersen, D.E. / Peng, X.

資金援助

デンマーク, 1件

引用

ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2018
タイトル: Anti-CRISPR proteins encoded by archaeal lytic viruses inhibit subtype I-D immunity.
著者: He, F. / Bhoobalan-Chitty, Y. / Van, L.B. / Kjeldsen, A.L. / Dedola, M. / Makarova, K.S. / Koonin, E.V. / Brodersen, D.E. / Peng, X.

履歴

登録	2017年11月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年1月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年5月16日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb6exp.ent.gz	325.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6exp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6exp_validation.pdf.gz	475.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6exp_full_validation.pdf.gz	489.9 KB	表示
XML形式データ	6exp_validation.xml.gz	22.3 KB	表示
CIF形式データ	6exp_validation.cif.gz	31.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ex/6exp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ex/6exp	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	4jke-1 2npt-2 6zfe-1 1jya-d 3qwn-8 2yd3-d 5x4l-2 3qwn-3 6zdy-1 3qwn-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#181 - 2015年1月カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR) 類似性 (1)

登録構造単位

A: SIRV3 AcrID1 (gp02) anti-CRISPR protein

B: SIRV3 AcrID1 (gp02) anti-CRISPR protein

C: SIRV3 AcrID1 (gp02) anti-CRISPR protein

D: SIRV3 AcrID1 (gp02) anti-CRISPR protein

E: SIRV3 AcrID1 (gp02) anti-CRISPR protein

F: SIRV3 AcrID1 (gp02) anti-CRISPR protein

78.5 kDa, 6 ポリマー
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1

A: SIRV3 AcrID1 (gp02) anti-CRISPR protein

B: SIRV3 AcrID1 (gp02) anti-CRISPR protein

ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
26.2 kDa, 2 ポリマー
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2

C: SIRV3 AcrID1 (gp02) anti-CRISPR protein

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26.2 kDa, 2 ポリマー
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3

E: SIRV3 AcrID1 (gp02) anti-CRISPR protein

F: SIRV3 AcrID1 (gp02) anti-CRISPR protein

ソフトウェアが定義した集合体
26.2 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	54.750, 80.440, 106.320
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 101.230, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1
5	1
6	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Auth seq-ID: 1 - 96 / Label seq-ID: 1 - 96

Dom-ID	Component-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	chain A	A	A
2	2	(chain B and resid 1 through 96)	B	B
3	3	chain C	C	C
4	4	(chain D and resid 1 through 96)	D	D
5	5	chain E	E	E
6	6	(chain F and resid 1 through 96)	F	F

#1: タンパク質	SIRV3 AcrID1 (gp02) anti-CRISPR protein 分子量: 13086.693 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sulfolobus islandicus rudivirus 3 (ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: A0A1B3SN05
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.33 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 18-20% (w/v) PEG 8000, 0.2 M MgCl2, 0.1 M Tris-Cl, pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9802 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9802 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.93→26.89 Å / Num. obs: 67149 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 48.09 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.036 / R_rim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 13.2
反射シェル	解像度: 1.93→1.96 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.978 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 3320 / CC_1/2: 0.598 / R_rim(I) all: 1.17 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
SHELXD		位相決定
Coot		モデル構築
PHENIX	1.12_2829	精密化

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.93→26.89 Å / SU ML: 0.268688593713 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33786083638 / 位相誤差: 34.3761580119
詳細: Iterative reciprocal space refinement with manual rebuilding

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.269017141927	3482	5.18880576998 %	RANDOM
R_work	0.234673721848	-	-	-
obs	0.236476965072	67106	98.5982956215 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 80.9142368216 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.93→26.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5235	0	0	57	5292

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0130383015323	5376
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2058717096	7242
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072211485127	732
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00847094921318	927
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.1219826049	3186

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.93-1.9565	0.376120563165	136	0.407385741078	2505	X-RAY DIFFRACTION	97.6340110906
1.9565-1.9844	0.39547190892	130	0.388149344106	2518	X-RAY DIFFRACTION	98.3655274889
1.9844-2.014	0.403118786462	157	0.340549257082	2548	X-RAY DIFFRACTION	99.3024963289
2.014-2.0455	0.306765981708	138	0.31341747807	2510	X-RAY DIFFRACTION	98.7322893363
2.0455-2.079	0.322849275791	125	0.313434482969	2565	X-RAY DIFFRACTION	99.3719985223
2.079-2.1148	0.327697557115	136	0.306932786121	2613	X-RAY DIFFRACTION	99.6375498369
2.1148-2.1533	0.318790460665	138	0.290179923876	2502	X-RAY DIFFRACTION	98.8393859978
2.1533-2.1947	0.323788549716	132	0.279815902107	2537	X-RAY DIFFRACTION	97.8372434018
2.1947-2.2394	0.309253435465	142	0.269989081879	2490	X-RAY DIFFRACTION	98.0625931446
2.2394-2.2881	0.293793157775	157	0.285764956848	2526	X-RAY DIFFRACTION	97.8126139264
2.2881-2.3413	0.320752550045	120	0.266683147211	2500	X-RAY DIFFRACTION	97.5428145942
2.3413-2.3998	0.348706060457	131	0.271665686849	2539	X-RAY DIFFRACTION	98.0896399706
2.3998-2.4647	0.339227130175	123	0.274693710943	2555	X-RAY DIFFRACTION	98.8556662975
2.4647-2.5371	0.310404610312	165	0.271361432918	2527	X-RAY DIFFRACTION	99.2259491338
2.5371-2.619	0.308932617106	145	0.281507013247	2577	X-RAY DIFFRACTION	99.1982507289
2.619-2.7125	0.312848759937	118	0.27563811898	2551	X-RAY DIFFRACTION	98.5234403839
2.7125-2.821	0.329003116697	149	0.272615166143	2546	X-RAY DIFFRACTION	99.6303142329
2.821-2.9492	0.301357652051	153	0.265662972557	2582	X-RAY DIFFRACTION	99.3822674419
2.9492-3.1045	0.301906474167	137	0.247744619329	2569	X-RAY DIFFRACTION	99.4487320838
3.1045-3.2987	0.298250613513	143	0.247643739185	2531	X-RAY DIFFRACTION	98.6715867159
3.2987-3.5528	0.252399778987	134	0.215263565957	2569	X-RAY DIFFRACTION	98.7216946676
3.5528-3.9094	0.227308462295	171	0.194734057904	2547	X-RAY DIFFRACTION	98.7645348837
3.9094-4.4729	0.223993498228	150	0.173560044292	2553	X-RAY DIFFRACTION	98.8299817185
4.4729-5.6268	0.20800313543	146	0.185872674375	2507	X-RAY DIFFRACTION	96.4376590331
5.6268-26.8927	0.288558819077	106	0.254168605452	2657	X-RAY DIFFRACTION	98.1178977273

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.4185441639	1.0556083151	0.291477039564	3.09918817794	1.38372845059	7.48966327081	-0.231167763826	0.272935893125	-0.371410601326	-0.406854145559	0.359937722861	-0.680244007674	0.116616500698	0.424386036943	-0.158166602951	0.477426478613	0.00733680102464	0.025429686955	0.31308638983	-0.105573192075	0.453154976734	-11.8881606807	2.32134300906	-47.3405169393
2	9.33384163461	0.504394116514	3.49073174656	3.88716419594	1.66304344196	8.80344705585	-0.262732565132	-0.0331033195002	-0.291079938199	0.316249880274	0.556655272339	-0.905354761655	-0.0593306619054	0.68072104737	-0.361347596654	0.677665040061	0.139311350656	-0.0119304132775	0.462318649547	-0.0852328415179	0.65012311563	-3.07855770633	-6.53024160066	-42.2445117132
3	4.0718154381	-1.37493881224	1.35729503751	6.49759961551	-0.710308394774	3.4611934004	0.0015860388799	-0.0665678698663	-0.417704527846	1.00365466136	0.114595692991	-0.717425209599	0.713838118398	0.271841191479	-0.015450544429	0.678453905468	0.0367349907052	-0.121505219004	0.304164167032	-0.0278583145018	0.447494775916	-10.3484483782	-0.785744013496	-34.0901274601
4	5.76256599411	-0.0825832396241	2.31783848559	6.05149915784	-0.847245424397	5.71575504572	0.133451810783	-0.303140200751	-0.422459461472	0.252385409513	0.233476220691	0.210928157407	0.564895066037	0.32767050373	-0.552936842988	0.560070783123	-0.0229187870778	0.00281733146597	0.319328405643	-0.00385274634188	0.317681556544	-14.2720091708	-0.755991567978	-37.727882651
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27	3.7769193068	-1.74148860257	-2.10413483522	4.57891162488	0.740121262703	1.51155296155	0.135906873279	-0.438523021016	-0.159973412924	0.116942750232	-0.0201245457858	0.158184355725	0.0494289696835	-0.48136162973	0.0192360520284	0.412962238702	-0.042184480684	-0.113450742416	0.752146736372	-0.0382234916664	0.49163471285	-33.7710291973	27.0334030859	-21.2426475544
28	4.96231730061	4.24103525937	-3.81913936936	3.86086694428	-3.15898315529	2.8324363352	0.373934642722	-1.58669441291	-0.518157797568	0.847065617671	0.0598822248528	-0.25482173935	0.311959325986	0.383491022278	-0.397863093667	0.845945792448	0.0108369259568	-0.23368663658	0.953003857836	0.0785537584145	0.731215853209	-22.7606185753	22.0215105862	-12.7994948541
29	4.90821462043	-1.57304397409	-2.18285442858	7.40385939092	4.10790377391	3.48771062092	0.0772471559214	-0.668763620962	0.099509048215	0.104456925422	-0.046066101736	0.138307026914	0.208728406583	-0.023995677712	-0.347794401509	0.461258933999	0.158963889011	-0.148095350826	0.775720539177	-0.108872293131	0.478614359628	-21.6003181067	29.9162657147	-17.2953259042
30	6.19349968845	-0.7555494355	-0.370040466793	2.31199067997	1.15446629983	2.06125841767	0.371254938596	-0.874776818058	0.172785894931	0.482505244954	-0.0399715404821	-0.27585122864	-0.0160130825761	0.182303699667	-0.144268367435	0.481061538939	0.0254183232099	-0.108814742885	0.693249036384	-0.114170071202	0.531001240595	-25.3297651753	29.3166049384	-17.6991256294

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 25 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 26 through 40 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 41 through 81 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 82 through 96 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 1 through 20 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 21 through 34 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 35 through 44 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 45 through 55 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 56 through 81 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 82 through 94 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 95 through 100 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 1 through 15 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 16 through 40 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 41 through 81 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 82 through 96 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 1 through 20 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 21 through 29 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 30 through 55 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 56 through 81 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 82 through 94 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 95 through 99 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'E' and (resid 1 through 29 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'E' and (resid 30 through 51 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'E' and (resid 52 through 81 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'E' and (resid 82 through 96 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'F' and (resid 1 through 15 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'F' and (resid 16 through 33 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'F' and (resid 34 through 48 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'F' and (resid 49 through 67 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'F' and (resid 68 through 99 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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