PDB-6exa: Crystal structure of DotM cytoplasmic domain (residues 153-380), ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6exa

タイトル

Crystal structure of DotM cytoplasmic domain (residues 153-380), double mutant R196E/R197E

要素

IcmP (DotM)

キーワード

PROTEIN BINDING / Membrane protein / secretion system / type 4 secretion system / Legionella pneumophila / coupling complex

機能・相同性

: / protein transport / plasma membrane / Type 4 apparatus protein DotM

機能・相同性情報

生物種

Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.79 Å

データ登録者

Meir, A. / Waksman, G.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Legionella DotM structure reveals a role in effector recruiting to the Type 4B secretion system.
著者: Meir, A. / Chetrit, D. / Liu, L. / Roy, C.R. / Waksman, G.

履歴

登録	2017年11月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年2月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年3月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6exa.cif.gz	111.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6exa.ent.gz	85.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6exa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6exa_validation.pdf.gz	462.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6exa_full_validation.pdf.gz	469.6 KB	表示
XML形式データ	6exa_validation.xml.gz	23 KB	表示
CIF形式データ	6exa_validation.cif.gz	33.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ex/6exa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ex/6exa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6exbSC 6excC 6exdC 6exeC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6exe-d 6exb-d 6exd-1 6exc-d 3k2d-d 2aqp-2 5fi0-4 4wyq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: IcmP (DotM)

B: IcmP (DotM)

ヘテロ分子

53.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	118.466, 118.466, 66.471
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

#1: タンパク質	IcmP (DotM) 分子量: 26452.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513) (バクテリア) 遺伝子: icmP, lpg0445 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): BLR / 参照: UniProt: Q5ZYC7
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 345 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.67 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M lithium sulphate 0.1 M MES pH 6.0 20% w/v PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.79→66.47 Å / Num. obs: 50188 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / R_sym value: 0.168 / Net I/σ(I): 12
反射シェル	解像度: 1.79→1.82 Å / 冗長度: 6.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / CC_1/2: 0.672 / R_sym value: 0.046 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6EXB

6exb

解像度: 1.79→66.47 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 3.968 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.134 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2538	2452	4.9 %	RANDOM
R_work	0.20254	-	-	-
obs	0.20508	47264	99.13 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.269 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.15 Å²	0.57 Å²	0 Å²
2-	-	1.15 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.72 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.79→66.47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3530	0	50	345	3925

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.019	3691
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	3510
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.955	1.982	4992
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.138	3	8127
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.064	5	448
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.645	23.294	170
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.098	15	655
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.684	15	35
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.12	0.2	542
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	4022
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	761
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.16	3.14	1774
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.16	3.137	1773
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.558	4.689	2216
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.557	4.693	2217
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.367	3.768	1917
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.091	3.715	1897
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.246	5.348	2743
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	10.709	39.231	4539
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	10.422	38.806	4458
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.79→1.836 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.382	212	-
R_work	0.349	3383	-
obs	-	-	97.77 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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