PDB-6ewb: Crystal structure of GII.4 UNSW 2012 P domain in complex with Fab 10E9

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ewb

タイトル

Crystal structure of GII.4 UNSW 2012 P domain in complex with Fab 10E9

要素

Fab heavy chain
Fab light chain
VP1

キーワード

VIRAL PROTEIN / protein-Fab complex / Fab fragment of IgG / norovirus / antibody

機能・相同性

機能・相同性情報

Positive stranded ssRNA viruses / Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins) / Positive stranded ssRNA viruses / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Norovirus Hu/GII.4/Sydney/NSW0514/2012/AU (ウイルス)

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.78 Å

データ登録者

Koromyslova, A.D. / Hansman, G.S.

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2019
タイトル: Human Norovirus Neutralized by a Monoclonal Antibody Targeting the Histo-Blood Group Antigen Pocket.
著者: Koromyslova, A.D. / Morozov, V.A. / Hefele, L. / Hansman, G.S.

履歴

登録	2017年11月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年11月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年5月29日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ewb.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ewb.ent.gz	904.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ewb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6ewb_validation.pdf.gz	514.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ewb_full_validation.pdf.gz	530.6 KB	表示
XML形式データ	6ewb_validation.xml.gz	89.3 KB	表示
CIF形式データ	6ewb_validation.cif.gz	122.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/6ewb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/6ewb	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2j4wS 4x0cS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1ow0-d 5e9d-d 3mjg-2 6aag-d 3v4v-1 3v4p-1 3v4p-2 3v4v-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (4)

登録構造単位

A: VP1

B: VP1

C: VP1

D: VP1

E: Fab heavy chain

F: Fab light chain

G: Fab heavy chain

H: Fab heavy chain

I: Fab light chain

J: Fab heavy chain

K: Fab light chain

L: Fab light chain

ヘテロ分子

324 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: VP1

B: VP1

E: Fab heavy chain

F: Fab light chain

H: Fab heavy chain

L: Fab light chain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
162 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: VP1

D: VP1

G: Fab heavy chain

I: Fab light chain

J: Fab heavy chain

K: Fab light chain

登録者が定義した集合体
162 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	106.838, 111.626, 288.255
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B
3	1	chain C
4	1	chain D
1	2	chain E
2	2	chain G
3	2	chain H
4	2	chain J
1	3	chain F
2	3	chain I
3	3	chain K
4	3	chain L

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	SER	SER	MET	MET	chain A	A	A	224 - 530	4 - 310
2	1	LYS	LYS	MET	MET	chain B	B	B	225 - 530	5 - 310
3	1	GLY	GLY	MET	MET	chain C	C	C	221 - 530	1 - 310
4	1	PRO	PRO	MET	MET	chain D	D	D	222 - 530	2 - 310
1	2	GLN	GLN	VAL	VAL	chain E	E	E	1 - 214	1 - 214
2	2	GLN	GLN	ARG	ARG	chain G	G	G	1 - 216	1 - 216
3	2	GLN	GLN	ARG	ARG	chain H	H	H	1 - 216	1 - 216
4	2	GLN	GLN	PRO	PRO	chain J	J	J	1 - 215	1 - 215
1	3	GLN	GLN	ASN	ASN	chain F	F	F	1 - 209	2 - 210
2	3	GLY	GLY	ARG	ARG	chain I	I	I	0 - 210	1 - 211
3	3	GLY	GLY	ARG	ARG	chain K	K	K	0 - 210	1 - 211
4	3	GLN	GLN	ARG	ARG	chain L	L	L	1 - 210	2 - 211

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	VP1 分子量: 34272.176 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Norovirus Hu/GII.4/Sydney/NSW0514/2012/AU (ウイルス) プラスミド: pMBP / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: K4LM89
#2: 抗体	Fab heavy chain 分子量: 23131.838 Da / 分子数: 4 / Fragment: VHH / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体	Fab light chain 分子量: 23534.939 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.68 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M calcium acetate, 20% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.96 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月29日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.96 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.78→48.757 Å / Num. obs: 86711 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.88 % / B_iso Wilson estimate: 55.92 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.15 / R_rim(I) all: 0.156 / Χ²: 1.086 / Net I/σ(I): 17.97

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.78-2.95	13.584	0.94	2.71	13021	0.84	0.975	92.9
2.95-3.15	14.611	0.589	4.82	13131	0.944	0.61	100
3.15-3.4	14.477	0.367	8.01	12265	0.977	0.381	100
3.4-3.72	14.306	0.219	13.49	11341	0.992	0.227	100
3.72-4.16	13.964	0.136	20.86	10270	0.996	0.141	99.9
4.16-4.8	12.861	0.085	30.89	9121	0.998	0.088	99.9
4.8-5.86	12.853	0.072	34.21	7792	0.998	0.075	100
5.86-8.23	14.268	0.063	39.89	6130	0.999	0.065	100
8.23-48.757	12.831	0.043	55.29	3640	0.999	0.045	99.3

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	8.95 Å	48.76 Å
Translation	8.95 Å	48.76 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.5.6	位相決定
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2J4W, 4X0C

2j4w

4x0c

解像度: 2.78→48.757 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 22.35

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2219	4335	5 %
R_work	0.1859	-	-
obs	0.1877	86655	98.82 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 184.05 Å² / B_iso mean: 59.1046 Å² / B_iso min: 18.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.78→48.757 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	21701	0	8	0	21709
B_iso mean	-	-	65.54	-	-
残基数	-	-	-	-	2890

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	22311
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.955	30522
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.036	3461
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	3940
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.505	7687

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	5752	X-RAY DIFFRACTION	8.76	TORSIONAL
1	2	B	5752	X-RAY DIFFRACTION	8.76	TORSIONAL
1	3	C	5752	X-RAY DIFFRACTION	8.76	TORSIONAL
1	4	D	5752	X-RAY DIFFRACTION	8.76	TORSIONAL
2	1	E	3488	X-RAY DIFFRACTION	8.76	TORSIONAL
2	2	G	3488	X-RAY DIFFRACTION	8.76	TORSIONAL
2	3	H	3488	X-RAY DIFFRACTION	8.76	TORSIONAL
2	4	J	3488	X-RAY DIFFRACTION	8.76	TORSIONAL
3	1	F	3641	X-RAY DIFFRACTION	8.76	TORSIONAL
3	2	I	3641	X-RAY DIFFRACTION	8.76	TORSIONAL
3	3	K	3641	X-RAY DIFFRACTION	8.76	TORSIONAL
3	4	L	3641	X-RAY DIFFRACTION	8.76	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.7785-2.8101	0.4374	97	0.3594	1834	1931	66
2.8101-2.8432	0.359	142	0.2665	2706	2848	100
2.8432-2.8778	0.2962	146	0.2619	2764	2910	100
2.8778-2.9143	0.2744	144	0.2629	2738	2882	100
2.9143-2.9526	0.3185	144	0.2507	2746	2890	100
2.9526-2.993	0.2707	143	0.2498	2711	2854	100
2.993-3.0358	0.2447	145	0.2389	2753	2898	100
3.0358-3.0811	0.2658	145	0.2384	2755	2900	100
3.0811-3.1292	0.2649	144	0.2285	2733	2877	100
3.1292-3.1805	0.2832	144	0.2329	2744	2888	100
3.1805-3.2354	0.2775	147	0.2383	2779	2926	100
3.2354-3.2942	0.2875	144	0.228	2739	2883	100
3.2942-3.3575	0.2668	145	0.2194	2758	2903	100
3.3575-3.426	0.2412	145	0.2111	2751	2896	100
3.426-3.5005	0.2454	144	0.2027	2741	2885	100
3.5005-3.5819	0.2377	146	0.197	2770	2916	100
3.5819-3.6715	0.2045	145	0.1908	2751	2896	100
3.6715-3.7707	0.2196	146	0.1813	2766	2912	100
3.7707-3.8816	0.2281	145	0.1825	2762	2907	100
3.8816-4.0068	0.1975	145	0.1737	2757	2902	100
4.0068-4.15	0.1961	146	0.1645	2780	2926	100
4.15-4.316	0.1853	146	0.1491	2783	2929	100
4.316-4.5123	0.1736	145	0.1387	2756	2901	100
4.5123-4.7501	0.1493	148	0.1359	2799	2947	100
4.7501-5.0474	0.1794	147	0.1413	2805	2952	100
5.0474-5.4366	0.1859	148	0.1487	2805	2953	100
5.4366-5.9829	0.2455	149	0.1667	2822	2971	100
5.9829-6.8466	0.1991	149	0.1794	2828	2977	100
6.8466-8.6182	0.1946	152	0.1684	2883	3035	100
8.6182-48.7641	0.2236	159	0.1901	3001	3160	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7373	-0.6205	-1.1618	2.6718	1.9679	2.0485	-0.2134	0.083	-0.0669	0.0967	0.1083	0.1389	0.1244	0.1961	0.0957	0.2216	-0.004	-0.0102	0.382	-0.0563	0.3499	-24.5559	-5.3032	-72.99
2	4.3517	-0.396	-1.0533	1.0837	1.1438	3.3358	0.1077	-0.0332	0.0193	-0.0731	0.0432	0.0812	-0.1794	-0.0743	-0.1907	0.2514	-0.0238	-0.0143	0.2339	-0.0552	0.253	-31.3929	6.9743	-66.5344
3	0.7501	-0.4971	-0.5039	1.3414	0.3207	0.9473	-0.0529	0.0231	-0.065	-0.1972	0.1124	-0.2612	0.0536	0.2059	-0.0654	0.2243	-0.0259	0.0246	0.4068	-0.098	0.3239	-18.4209	-10.2592	-84.1183
4	1.4919	-0.1307	0.2685	2.9195	-1.4766	1.7403	-0.0181	0.4022	-0.2043	-0.3044	-0.0548	0.1636	0.1462	-0.0652	0.0722	0.2339	0.0049	-0.0188	0.4067	-0.1586	0.4097	-43.585	-10.8058	-78.5987
5	1.5268	-0.5296	-0.1022	2.073	-0.172	1.751	-0.0333	0.1601	-0.4269	0.0054	0.0127	0.4011	0.2031	-0.1111	-0.0195	0.1969	-0.0444	-0.0014	0.2691	-0.0681	0.3851	-44.9074	-17.0212	-67.7008
6	0.962	-0.5337	0.3695	3.8454	-0.6059	1.8675	-0.0155	0.0288	0.0558	0.1241	-0.061	-0.4091	-0.1409	0.2357	0.0851	0.1498	-0.0053	0.0041	0.3658	-0.0281	0.2314	-14.3027	12.4957	-21.2932
7	1.3878	0.4196	-0.3648	2.3352	-0.4954	1.9815	-0.0908	-0.1119	-0.2957	0.0087	-0.0819	-0.3319	0.2592	0.2508	0.2099	0.2284	0.0769	-0.023	0.3638	0.004	0.2615	-11.1877	0.7705	-22.9766
8	1.5772	0.6756	-0.8823	1.1962	-0.1055	2.0449	-0.0621	0.2369	-0.0036	-0.0613	0.0215	-0.0162	-0.0242	-0.0358	0.0822	0.1772	0.026	-0.0371	0.2406	0.0048	0.2052	-33.9319	10.0165	-26.811
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6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resid 221 through 352 )	C	221 - 352
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 353 through 530 )	C	353 - 530
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'D' and (resid 222 through 303 )	D	222 - 303
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'D' and (resid 304 through 379 )	D	304 - 379
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 380 through 530 )	D	380 - 530
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'E' and (resid 1 through 122 )	E	1 - 122
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'E' and (resid 123 through 214 )	E	123 - 214
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'F' and (resid 1 through 18 )	F	1 - 18
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'F' and (resid 19 through 37 )	F	19 - 37
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'F' and (resid 38 through 60 )	F	38 - 60
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'F' and (resid 61 through 100 )	F	61 - 100
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'F' and (resid 101 through 112 )	F	101 - 112
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'F' and (resid 113 through 127 )	F	113 - 127
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'F' and (resid 128 through 143 )	F	128 - 143
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'F' and (resid 144 through 173 )	F	144 - 173
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'F' and (resid 174 through 187 )	F	174 - 187
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'F' and (resid 188 through 209 )	F	188 - 209
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'G' and (resid 1 through 32 )	G	1 - 32
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'G' and (resid 33 through 91 )	G	33 - 91
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'G' and (resid 92 through 148 )	G	92 - 148
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'G' and (resid 149 through 216 )	G	149 - 216
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'H' and (resid 1 through 122 )	H	1 - 122
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'H' and (resid 123 through 216 )	H	123 - 216
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'I' and (resid 0 through 74 )	I	0 - 74
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'I' and (resid 75 through 127 )	I	75 - 127
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'I' and (resid 128 through 210 )	I	128 - 210
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'J' and (resid 1 through 83 )	J	1 - 83
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'J' and (resid 84 through 148 )	J	84 - 148
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'J' and (resid 149 through 215 )	J	149 - 215
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'K' and (resid 0 through 25 )	K	0 - 25
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'K' and (resid 26 through 74 )	K	26 - 74
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39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'K' and (resid 149 through 181 )	K	149 - 181
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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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