[日本語] English
万見
- PDB-6evs: Characterization of 2-deoxyribosyltransferase from psychrotoleran... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6evs
タイトルCharacterization of 2-deoxyribosyltransferase from psychrotolerant bacterium Bacillus psychrosaccharolyticus: a suitable biocatalyst for the industrial synthesis of antiviral and antitumoral nucleosides
要素N-deoxyribosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / 2-Deoxyribosyltransferase / Enzymatic synthesis / Oligomeric assembly / Protein crystallography / Purine nucleoside analogues
機能・相同性nucleoside deoxyribosyltransferase / nucleoside deoxyribosyltransferase activity / Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase / Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase / Nucleoside 2'-deoxyribosyltransferase
機能・相同性情報
生物種Bacillus psychrosaccharolyticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Fresco-Tabohada, A. / Fernandez-Lucas, J. / Acebal, C. / Arroyo, M. / Ramon, F. / Mancheno, J.M. / de la Mata, I.
引用ジャーナル: Catalysts / 年: 2019
タイトル: 2'-Deoxyribosyltransferase from Bacillus psychrosaccharolyticus: A Mesophilic-Like Biocatalyst for the Synthesis of Modified Nucleosides from a Psychrotolerant Bacterium
著者: Fresco-Tabohada, A. / Fernandez-Lucas, J. / Acebal, C. / Arroyo, M. / Ramon, F. / de la Mata, I. / Mancheno, J.M.
履歴
登録2017年11月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月29日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: N-deoxyribosyltransferase
B: N-deoxyribosyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8292
ポリマ－32,8292
非ポリマー00
水1,874104
1
A: N-deoxyribosyltransferase
B: N-deoxyribosyltransferase

A: N-deoxyribosyltransferase
B: N-deoxyribosyltransferase

A: N-deoxyribosyltransferase
B: N-deoxyribosyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,4876
ポリマ－98,4876
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area15800 Å2
ΔGint-119 kcal/mol
Surface area31110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.547, 107.547, 61.244
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-261-

HOH

21A-262-

HOH

31B-241-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 N-deoxyribosyltransferase


分子量: 16414.510 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus psychrosaccharolyticus (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A3G5BRZ6*PLUS, nucleoside deoxyribosyltransferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.76 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: in 3 M sodium nitrate, 0.1 M sodium acetate trihydrate, pH 4.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→37.07 Å / Num. obs: 20796 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 32.7 Å2 / CC1/2: 0.988 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.534 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 2998 / Rpim(I) all: 0.267 / Rrim(I) all: 0.598 / Rsym value: 0.534 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1S2G

1s2g


解像度: 1.9→37.07 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 26.95
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2165 1067 5.13 %
Rwork0.1774 --
obs0.1793 20783 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→37.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2248 0 0 104 2352
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092328
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9273171
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.0491602
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055335
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007409
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9003-1.98680.32071490.27222438X-RAY DIFFRACTION100
1.9868-2.09150.26111250.232482X-RAY DIFFRACTION100
2.0915-2.22260.27521450.20292448X-RAY DIFFRACTION100
2.2226-2.39410.23121380.19132466X-RAY DIFFRACTION100
2.3941-2.6350.23631280.17982463X-RAY DIFFRACTION100
2.635-3.01610.21941320.18152466X-RAY DIFFRACTION100
3.0161-3.79940.17961220.16472479X-RAY DIFFRACTION100
3.7994-37.07680.20131280.16072474X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.94771.009-0.3174.8195-0.20663.1239-0.01890.3477-0.1222-0.3493-0.02660.38560.143-0.45420.02340.2795-0.0557-0.06750.3623-0.00940.2528-20.048-6.17212.2171
22.89060.6367-0.7413.7098-1.73073.00270.06850.1742-0.7165-0.61050.12520.07240.6396-0.321-0.14010.3411-0.0657-0.11720.3173-0.03280.4624-12.6658-14.821610.5283
31.8232-3.47021.27767.2022-4.59868.79730.6761-0.1668-0.4451.0180.60471.69660.1279-1.7912-1.22470.82420.00130.02891.0434-0.00161.0517-28.6973-4.182214.7495
42.14780.13390.88282.85780.02432.85190.07780.19010.1537-0.1455-0.00920.6442-0.3125-0.5878-0.04870.24340.0652-0.01550.36640.04520.4639-18.13775.46549.4173
57.20640.0788-1.51933.56860.60534.7845-0.1198-0.554-0.23640.62010.30890.6636-0.1814-0.5346-0.14250.35850.03010.11990.48840.05270.4715-20.9093-0.918138.1371
62.9928-0.5746-0.16041.2136-1.56283.48710.0911-0.08040.05260.26990.21260.5974-0.1287-0.4805-0.17340.25820.01270.05360.3605-0.01030.506-18.20437.644928.9344
72.95-0.0855-1.01092.4218-1.24764.4159-0.0873-0.4397-0.62760.34920.03410.71340.4637-0.40060.06730.3277-0.05350.08350.34710.06920.5376-15.2948-11.1630.7157
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 35 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 36 through 72 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 73 through 79 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 80 through 138 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 2 through 35 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 36 through 79 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 80 through 138 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る