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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ev5 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of E282Q A. niger Fdc1 with prFMN in the hydroxylated form | ||||||
![]() | Ferulic acid decarboxylase 1 | ||||||
![]() | LYASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() styrene metabolic process / aromatic amino acid family catabolic process / phenacrylate decarboxylase / 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase activity / ferulate metabolic process / cinnamic acid catabolic process / ubiquinone biosynthetic process / manganese ion binding / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bailey, S.S. / Leys, D. / Payne, K.A.P. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The role of conserved residues in Fdc decarboxylase in prenylated flavin mononucleotide oxidative maturation, cofactor isomerization, and catalysis. 著者: Bailey, S.S. / Payne, K.A.P. / Fisher, K. / Marshall, S.A. / Cliff, M.J. / Spiess, R. / Parker, D.A. / Rigby, S.E.J. / Leys, D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 136.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 101.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 773.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 781.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 27.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 42.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6ev3C ![]() 6ev4C ![]() 6ev6C ![]() 6ev7C ![]() 6ev8C ![]() 6ev9C ![]() 6evaC ![]() 6evbC ![]() 6evcC ![]() 6evdC ![]() 6eveC ![]() 6evfC ![]() 4za4S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 56334.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: CBS 513.88 / FGSC A1513 / 遺伝子: fdc1, An03g06590 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 602分子 ![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/BYN.gif)
![](data/chem/img/SCN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/BYN.gif)
![](data/chem/img/SCN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-MN / | ||||||
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#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-BYN / | #5: 化合物 | ChemComp-SCN / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.13 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2 M potassium thiocyanate, Bis-Tris propane pH 6.5, 20% w/v PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.976 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.28→38.3 Å / Num. obs: 133397 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 4.5 % / Net I/σ(I): 8.81 |
反射 シェル | 解像度: 1.28→1.326 Å / 冗長度: 4.4 % / Num. unique obs: 13301 / Rrim(I) all: 1.535 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4ZA4 解像度: 1.28→38.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / SU B: 0.968 / SU ML: 0.038 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.046 / ESU R Free: 0.048 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.985 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.28→38.3 Å
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拘束条件 |
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