PDB-6etb: Aerobic S262Y mutation of E. coli FLRD core

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6etb

タイトル

Aerobic S262Y mutation of E. coli FLRD core

要素

Anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Flavorubredoxin / flavodiiron protein / diiron center / nitric oxide reductase

機能・相同性

機能・相同性情報

nitric oxide reductase activity / oxidoreductase activity, acting on other nitrogenous compounds as donors / nitric oxide catabolic process / response to nitric oxide / FMN binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / iron ion binding / protein-containing complex / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.905 Å

データ登録者

Borges, P.T. / Romao, C.V. / Carrondo, M.A. / Teixeira, M. / Frazao, C.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: A tyrosine mutation in E. coli flavodiiron protein increases radiation sensitivity in the crystal structure
著者: Borges, P.T. / Romao, C.V. / Carrondo, M.A. / Teixeira, M. / Frazao, C.

履歴

登録	2017年10月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年11月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6etb.cif.gz	352.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6etb.ent.gz	286 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6etb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6etb_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6etb_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	6etb_validation.xml.gz	18.4 KB	表示
CIF形式データ	6etb_validation.cif.gz	30.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/et/6etb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/et/6etb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4d02S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5lmc-1 5lld-1 2ohi-6 6frm-2 2ohj-d 2ohi-5 2hig-1 6frm-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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エリスロクルオリン (Erythrocruorin)
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グロビンの進化 (Globin Evolution)
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胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin

B: Anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin

ヘテロ分子

95.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin

B: Anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin

ヘテロ分子

A: Anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin

B: Anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
191 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.383, 64.407, 147.254
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.09, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	I121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-630- HOH

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin / FlavoRb 分子量: 47104.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: norV, flrD, ygaI, ygaJ, ygaK, b2710, JW2680 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q46877

-
非ポリマー , 5種, 792分子

#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#3: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物	ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシラジカル分子量: 31.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O₂
#5: 化合物	ChemComp-O / OXYGEN ATOM / オキシド分子量: 15.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 782 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.9 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 1.0 UL OF PROTEIN AT 15 MG/ML WITH 2.0 UL OF CRYSTALLIZATION SOLUTION (0.1 M SODIUM CITRATE PH 5.6, 20% (W/V) PEG 4000 AND 20% (V/V) 2-PROPANOL)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→75.83 Å / Num. obs: 57099 / % possible obs: 80.69 % / 冗長度: 2.3 % / R_merge(I) obs: 0.113 / R_pim(I) all: 0.075 / R_rim(I) all: 0.137 / Net I/σ(I): 5.2
反射シェル	最高解像度: 1.9 Å / R_pim(I) all: 0.431 / R_rim(I) all: 0.863 / % possible all: 88.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1436	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4D02

4d02

解像度: 1.905→75.758 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 16.64 / 位相誤差: 19.98
詳細: The refinement of S262Y mutation from E. coli FLRD core converged to Rwork and Rfree of 0.2174 and 0.2348, respectively, using a Rfree test set size of 1.51% (799 reflections). The final ...

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1998	799	1.51 %
R_work	0.1998	-	-
obs	0.1998	52943	80.69 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.905→75.758 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6440	0	72	782	7294

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.018	6725
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.56	9123
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.146	2433
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.022	990
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	1182

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9052-1.9269	0.3038	951	0.3038	951	X-RAY DIFFRACTION	44
1.9269-1.9496	0.2971	1310	0.2971	1310	X-RAY DIFFRACTION	60
1.9496-1.9733	0.2959	1433	0.2959	1433	X-RAY DIFFRACTION	65
1.9733-1.9983	0.2956	1465	0.2956	1465	X-RAY DIFFRACTION	68
1.9983-2.0246	0.2909	1546	0.2909	1546	X-RAY DIFFRACTION	71
2.0246-2.0524	0.2758	1549	0.2758	1549	X-RAY DIFFRACTION	73
2.0524-2.0817	0.2655	1670	0.2655	1670	X-RAY DIFFRACTION	75
2.0817-2.1128	0.2582	1664	0.2582	1664	X-RAY DIFFRACTION	77
2.1128-2.1458	0.2369	1720	0.2369	1720	X-RAY DIFFRACTION	79
2.1458-2.181	0.2396	1682	0.2396	1682	X-RAY DIFFRACTION	78
2.181-2.2186	0.2396	1708	0.2396	1708	X-RAY DIFFRACTION	78
2.2186-2.2589	0.2349	1656	0.2349	1656	X-RAY DIFFRACTION	77
2.2589-2.3024	0.2315	1927	0.2315	1927	X-RAY DIFFRACTION	87
2.3024-2.3494	0.2278	1903	0.2278	1903	X-RAY DIFFRACTION	88
2.3494-2.4005	0.2276	1950	0.2276	1950	X-RAY DIFFRACTION	90
2.4005-2.4563	0.229	1956	0.229	1956	X-RAY DIFFRACTION	90
2.4563-2.5177	0.2167	1926	0.2167	1926	X-RAY DIFFRACTION	89
2.5177-2.5858	0.2166	1958	0.2166	1958	X-RAY DIFFRACTION	89
2.5858-2.6619	0.2161	1883	0.2161	1883	X-RAY DIFFRACTION	87
2.6619-2.7478	0.2082	1782	0.2082	1782	X-RAY DIFFRACTION	81
2.7478-2.846	0.2085	1985	0.2085	1985	X-RAY DIFFRACTION	91
2.846-2.96	0.2063	1983	0.2063	1983	X-RAY DIFFRACTION	91
2.96-3.0947	0.2021	1998	0.2021	1998	X-RAY DIFFRACTION	90
3.0947-3.2579	0.1853	1950	0.1853	1950	X-RAY DIFFRACTION	89
3.2579-3.462	0.1715	1879	0.1715	1879	X-RAY DIFFRACTION	86
3.462-3.7293	0.1688	1858	0.1688	1858	X-RAY DIFFRACTION	84
3.7293-4.1045	0.1569	1947	0.1569	1947	X-RAY DIFFRACTION	89
4.1045-4.6984	0.1446	1935	0.1446	1935	X-RAY DIFFRACTION	87
4.6984-5.9191	0.1597	1849	0.1597	1849	X-RAY DIFFRACTION	83
5.9191-75.8179	0.1616	1920	0.1616	1920	X-RAY DIFFRACTION	84

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	-0.0006	-0.0179	-0.0006	0.3699	-0.1127	0.0375	0.0715	0.0254	0.0424	-0.1104	-0.002	-0.0807	0.0598	0.0569	-0	0.196	0.0216	-0.0504	0.147	-0.0076	0.1986	-28.7562	-36.6483	-9.7889
2	0.0099	0.014	-0.0447	0.0279	-0.0984	0.2909	0.4089	-0.0512	-0.1001	-0.582	0.3654	0.1737	-0.0021	-0.0409	0.0141	0.3213	0.015	0.0008	0.1587	-0.0222	0.4093	-10.9933	-25.8163	-4.6271
3	0.0437	0.1278	0.0608	0.2589	0.054	0.2222	0.0785	-0.0024	-0.1921	-0.1629	-0.0119	0.0021	0.1454	-0.0268	-0.0029	0.1536	0.0132	-0.0294	0.1311	-0.0189	0.2077	-29.9656	-31.1157	-14.0031
4	0.2566	0.0132	-0.2828	0.0554	0.1616	1.1617	0.1248	-0.042	-0.2325	-0.4486	0.187	-0.144	0.553	0.4624	0.0124	0.3956	0.0397	-0.0709	0.1957	-0.0432	0.3042	-25.23	-37.6893	-21.763
5	0.2287	-0.0421	-0.2426	0.2096	-0.0001	0.2001	0.2267	0.0432	-0.2044	0.0488	0.0223	-0.1599	0.2759	0.1489	0.0001	0.1746	0.0271	0.0182	0.1696	0.0072	0.2626	-26.655	-26.4811	-20.9155
6	0.1236	0.2225	-0.3385	0.2796	-0.0905	0.7436	-0.1397	0.1402	0.0582	-0.0487	0.0106	-0.0289	0.0506	0.1457	-0.0174	0.2209	0.0394	-0.0155	0.2003	0.0242	0.1539	-27.5933	-19.2237	-25.0901
7	0.5307	0.4441	-0.1625	0.423	0.0868	0.264	0.0768	-0.0099	-0.0881	0.0375	-0.0256	0.0167	-0.0017	0.0441	0.0793	0.0906	-0.0007	-0	0.0885	0.0336	0.1237	-32.2493	-25.226	-7.1384
8	0.0599	-0.0181	-0.0577	0.0422	-0.0066	0.042	0.0726	-0.0572	-0.078	0.027	-0.0643	0.053	0.0439	0.1788	-0.0003	0.0837	-0.0009	0.019	0.2214	0.0291	0.1444	-21.8571	-26.4606	4.6456
9	0.4174	-0.3271	0.1706	0.2058	-0.0135	0.5485	0.0141	-0.0154	-0.0251	0.2692	-0.0453	-0.018	-0.0375	-0.1281	-0.0022	0.1554	0.0249	0.0059	0.1609	0.0173	0.1502	-32.2496	-19.4622	-1.3216
10	0.0502	-0.0404	0.0816	0.1103	0.0153	0.0663	0.0798	-0.1699	0.1444	-0.1612	-0.1977	-0.0363	-0.2428	-0.4312	-0.0039	0.1218	0.0688	0.037	0.2336	0.0292	0.2304	-26.4152	-15.8917	8.7624
11	0.3343	-0.0063	0.3008	0.4662	-0.0647	0.3289	0.048	-0.3584	-0.4242	-0.0123	0.0085	-0.007	0.1177	-0.0126	0.0176	0.1301	-0.0044	-0.0039	0.2317	0.0551	0.1607	-4.5946	-19.6197	19.5008
12	0.142	-0.2019	-0.0113	0.3304	0.1246	0.4782	0.0076	-0.2626	-0.0679	-0.1257	0.044	-0.0439	-0.0595	0.0125	0.2168	0.0751	0.0092	0.0583	0.1554	0.007	0.1356	-4.1939	-17.4521	8.4502
13	0.1266	-0.1025	-0.0717	0.0598	0.0069	0.1166	0.0507	0.0344	0.107	-0.0029	0.1074	-0.0563	-0.0704	-0.2033	0.052	0.1772	0.0186	0.001	0.1391	0.0433	0.15	-12.7959	-9.7896	6.0018
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28	0.7382	-0.1205	-1.1189	0.4308	0.1238	1.6577	-0.6127	0.2252	-0.1311	0.0352	-0.1128	-0.1308	0.3542	-0.4327	-0.5902	0.1085	0.105	-0.0917	-0.0398	0.1828	0.2239	-11.5062	-57.6073	8.2497
29	0.0603	0.1549	0.0616	0.1484	0.0175	0.4236	-0.0038	-0.0013	-0.0234	-0.0438	-0.0314	-0.1605	0.3135	-0.2238	-0.0228	0.1408	-0.0028	0.0035	0.1121	0.0198	0.1651	-10.9526	-59.5709	-8.0715
30	0.2039	-0.0036	-0.1019	0.1903	0.2732	0.2829	0.0906	0.167	-0.1815	-0.1104	0.1216	0.1053	0.0314	-0.6654	0.033	0.1877	-0.0807	0.0297	0.3927	0.0107	0.2499	-24.9122	-54.841	-10.7066

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 2:20)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 21:28)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 29:52)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 53:69)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 70:91)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 92:131)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 132:186)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 187:194)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 195:239)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 240:251)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 252:291)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 292:327)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 328:340)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 341:375)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain A and resid 376:400)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain B and resid 2:20)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain B and resid 21:28)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain B and resid 29:52)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain B and resid 53:69)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain B and resid 70:91)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain B and resid 92:131)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain B and resid 132:186)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain B and resid 187:194)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain B and resid 195:239)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(chain B and resid 240:251)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(chain B and resid 252:291)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(chain B and resid 292:327)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(chain B and resid 328:340)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(chain B and resid 341:375)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(chain B and resid 376:400)

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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