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- PDB-6et8: Crystal structure of AlbA in complex with albicidin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6et8
タイトルCrystal structure of AlbA in complex with albicidin
要素Albicidin resistance protein
キーワードPROTEIN BINDING / albicidin / AlbA
機能・相同性TipAS antibiotic-recognition domain / TipAS antibiotic-recognition domain / albicidin / Albicidin resistance protein
機能・相同性情報
生物種Klebsiella oxytoca (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Driller, R. / Rostock, L. / Alings, C. / Graetz, S. / Suessmuth, R. / Mainz, A. / Wahl, M.C. / Loll, B.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Molecular insights into antibiotic resistance - how a binding protein traps albicidin.
著者: Rostock, L. / Driller, R. / Gratz, S. / Kerwat, D. / von Eckardstein, L. / Petras, D. / Kunert, M. / Alings, C. / Schmitt, F.J. / Friedrich, T. / Wahl, M.C. / Loll, B. / Mainz, A. / Sussmuth, R.D.
履歴
登録2017年10月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Albicidin resistance protein
B: Albicidin resistance protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,9445
ポリマ－53,1622
非ポリマー1,7823
水6,702372
1
A: Albicidin resistance protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4242
ポリマ－26,5811
非ポリマー8431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Albicidin resistance protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5203
ポリマ－26,5811
非ポリマー9392
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.070, 123.350, 159.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-580-

HOH

21B-588-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Albicidin resistance protein


分子量: 26581.107 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: First residues is an artefact of the tag sequence. SeMet-labelled protein has been crystallised.
由来: (組換発現) Klebsiella oxytoca (バクテリア) / 遺伝子: albA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8KRS7
#2: 化合物 ChemComp-BWH / albicidin / アルビシジン


分子量: 842.806 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H38N6O12
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 372 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.9 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris pH 8.5 2.0 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月9日
放射モノクロメーター: SI111-DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 113199 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.5 % / Rrim(I) all: 0.11 / Net I/σ(I): 16.53
反射 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / 冗長度: 13.62 % / Mean I/σ(I) obs: 1.49 / Num. unique all: 8420 / CC1/2: 0.669 / Rrim(I) all: 1.796 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.7→42.048 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.59
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2036 1333 2.26 %
Rwork0.177 --
obs0.1776 58931 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→42.048 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3557 0 129 372 4058
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094041
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0165504
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8942514
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052535
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006819
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.76080.28062590.26725558X-RAY DIFFRACTION100
1.7608-1.83130.29051190.22675723X-RAY DIFFRACTION100
1.8313-1.91460.23391170.21335699X-RAY DIFFRACTION100
1.9146-2.01550.23881180.17875709X-RAY DIFFRACTION100
2.0155-2.14180.22841180.17315735X-RAY DIFFRACTION100
2.1418-2.30720.21951190.16425756X-RAY DIFFRACTION100
2.3072-2.53930.18181190.1685750X-RAY DIFFRACTION100
2.5393-2.90670.22411200.1875808X-RAY DIFFRACTION100
2.9067-3.66180.19141200.17675829X-RAY DIFFRACTION100
3.6618-42.0610.1651240.16146031X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4658-0.23490.21622.331-0.69361.6668-0.04460.1497-0.2276-0.3256-0.1085-0.06730.52310.21270.10980.3690.04240.08310.20860.00080.265323.736662.087659.2839
21.724-0.4816-0.06062.5307-0.77091.8638-0.1437-0.13210.01620.5785-0.0181-0.1416-0.19870.11610.14370.3123-0.00470.01940.16180.00340.171623.475477.07378.1865
31.6375-0.0062-0.16382.19670.09131.96-0.04850.02060.05460.07030.00170.5317-0.1226-0.4770.05150.15820.0478-0.00430.2613-0.01090.271111.3489.101251.134
40.9669-0.18080.3552.30370.7722.5415-0.02430.07070.09530.0967-0.0577-0.1878-0.18370.22350.05920.1144-0.0388-0.02240.18330.03360.164434.692692.38157.5084
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 0:101)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 102:214)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain B and resid 1:101)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain B and resid 102:215)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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