PDB-6esq: Structure of the acetoacetyl-CoA thiolase/HMG-CoA synthase comple...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6esq

タイトル

Structure of the acetoacetyl-CoA thiolase/HMG-CoA synthase complex from Methanothermococcus thermolithotrophicus soaked with acetyl-CoA

要素

HydroxyMethylGlutaryl-CoA synthase
Pfam DUF35
acetoacetyl-CoA thiolase

キーワード

TRANSFERASE / Isoprenoid synthesis / enzymatic channeling / mevalonate production / archaea / lipid biosynthesis / multi-enzymatic complex / scaffold protein / DUF35 family

機能・相同性

機能・相同性情報

acetyl-CoA C-acetyltransferase / acetyl-CoA C-acetyltransferase activity / acyltransferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanothermococcus thermolithotrophicus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.95 Å

データ登録者

Voegeli, B. / Engilberge, S. / Girard, E. / Riobe, F. / Maury, O. / Erb, J.T. / Shima, S. / Wagner, T.

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Archaeal acetoacetyl-CoA thiolase/HMG-CoA synthase complex channels the intermediate via a fused CoA-binding site.
著者: Vogeli, B. / Engilberge, S. / Girard, E. / Riobe, F. / Maury, O. / Erb, T.J. / Shima, S. / Wagner, T.

履歴

登録	2017年10月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年3月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年3月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2018年4月11日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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関連構造データ

関連構造データ	6et9C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6et9-d 5mg5-2 5dlq-d 5mg5-1 6941 6qpf-2 1urj-d 6qnw-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (8) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1)

PDBのページ

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NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (8)
#90 - 2007年6月
脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase)
類似性 (1)
#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (1)
#93 - 2007年9月
クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (1)

登録構造単位

A: acetoacetyl-CoA thiolase

B: acetoacetyl-CoA thiolase

C: acetoacetyl-CoA thiolase

D: acetoacetyl-CoA thiolase

E: Pfam DUF35

F: Pfam DUF35

G: Pfam DUF35

H: Pfam DUF35

I: HydroxyMethylGlutaryl-CoA synthase

J: HydroxyMethylGlutaryl-CoA synthase

K: HydroxyMethylGlutaryl-CoA synthase

L: HydroxyMethylGlutaryl-CoA synthase

ヘテロ分子

381 kDa, 12 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	107.603, 145.176, 230.891
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 3種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質	acetoacetyl-CoA thiolase 分子量: 41943.410 Da / 分子数: 4 / 変異: wild-type / 由来タイプ: 天然 / 詳細: The catalytic Cys85 could be partially acetylated 由来: (天然) Methanothermococcus thermolithotrophicus (古細菌) 細胞株: / / 器官: / / Plasmid details: / / Variant: wild-type / 株: DSM 2095, strain SN-1 / 組織: / 参照: UniProt: A0A384E138*PLUS, acetyl-CoA C-acetyltransferase
#2: タンパク質	Pfam DUF35 分子量: 14910.377 Da / 分子数: 4 / 変異: wild-type / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Methanothermococcus thermolithotrophicus (古細菌) 細胞株: / / 器官: / / Plasmid details: / / Variant: wild-type / 株: DSM 2095, strain SN-1 / 組織: / / 参照: UniProt: A0A384E139*PLUS
#3: タンパク質	HydroxyMethylGlutaryl-CoA synthase 分子量: 37520.570 Da / 分子数: 4 / 変異: wild-type / 由来タイプ: 天然 / 詳細: The catalytic Cys114 could be partially acetylated 由来: (天然) Methanothermococcus thermolithotrophicus (古細菌) 細胞株: / / 器官: / / Plasmid details: / / Variant: wild-type / 株: DSM 2095, strain SN-1 / 組織: / 参照: UniProt: A0A384E143*PLUS, hydroxymethylglutaryl-CoA synthase

-
非ポリマー , 6種, 77分子

#4: 化合物	ChemComp-COA / COENZYME A / CoA 分子量: 767.534 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₆N₇O₁₆P₃S
#5: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.53 % 解説: Transparent square crystal of about 100 micron cube.
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Crystallization was done under air using the sitting drop method (in a 24-well junior clover plate from Jena Bioscience). The crystallization reservoir contained 100 mM Tris/HCl pH 8.0, 25- ...詳細: Crystallization was done under air using the sitting drop method (in a 24-well junior clover plate from Jena Bioscience). The crystallization reservoir contained 100 mM Tris/HCl pH 8.0, 25-28% v/v pentaerythritol ethoxylate (15/4 EO/OH, average Mn about 797) and 50 mM MgCl2. Crystallization drop contained 1 to 2 ul of the purified fraction containing Thiolase/HMGCS complex at 50-60 mg/ml (pure at 60%) and 1 ul of precipitant. The crystal was soaked in the crystallization condition supplemented 100 mM acetyl-CoA for 1 min 30 sec. PH範囲: 8.0-9.0 / Temp details: 290-295

結晶

マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.53 %
解説: Transparent square crystal of about 100 micron cube.

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Crystallization was done under air using the sitting drop method (in a 24-well junior clover plate from Jena Bioscience). The crystallization reservoir contained 100 mM Tris/HCl pH 8.0, 25- ...
PH範囲: 8.0-9.0 / Temp details: 290-295

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.64861 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.64861 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.95→49.3 Å / Num. obs: 76363 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 13.3 % / B_iso Wilson estimate: 97.33 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.143 / R_pim(I) all: 0.04 / Net I/av σ(I): 14.9 / Net I/σ(I): 14.9
反射シェル	解像度: 2.95→3.11 Å / 冗長度: 13.1 % / R_merge(I) obs: 2.024 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 10942 / CC_1/2: 0.481 / R_pim(I) all: 0.577 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.3	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.95→49.29 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.935 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.918 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R_free Blow DPI: 0.389

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23	3807	4.99 %	RANDOM
R_work	0.182	-	-	-
obs	0.184	76299	99.3 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 106.71 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.0066 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-15.6281 Å²	0 Å²
3-	-	-	14.6215 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.35 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.95→49.29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	26334	0	172	61	26567

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.005	53258	HARMONIC	12
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	0.58	96394	HARMONIC	12
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		11788	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		613	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		7838	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		53258	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		17	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	5.03
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	15.01
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		3593	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		59603	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.95→3.03 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2819	283	5.14 %
R_work	0.2365	5226	-
all	0.2389	5509	-
obs	-	-	98.31 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1019	0.4546	-1.8124	1.1242	0.0787	0	0.03	0.1343	-0.1843	0.0893	0.034	-0.0089	0.0429	0.2042	-0.0639	0.0639	0.152	0.152	0.2699	-0.152	-0.2569	83.0988	16.3862	12.212
2	1.0132	-0.1873	0.8725	1.0477	-0.5753	1.5833	-0.0599	-0.1147	-0.1035	0.0146	-0.0267	0.0461	-0.32	0.1435	0.0866	0.0728	-0.0229	-0.0932	-0.1855	0.0326	-0.0374	74.1778	51.7049	102.937
3	0.0362	1.0992	0.5204	0.0756	0.8174	1.8729	-0.016	0.1101	0.0131	-0.1555	-0.0761	0.0472	-0.1625	-0.0074	0.0921	0.1182	-0.1305	0.1467	0.1809	0.1494	-0.2841	72.7308	49.7057	9.6305
4	1.1507	-0.7282	-0.2003	1.197	0.2564	1.4012	0.1163	-0.0099	0.0033	-0.0104	-0.1323	-0.1239	0.1558	-0.2476	0.0159	0.0371	0.0097	0.0022	-0.1406	0.1367	-0.0249	56.9299	21.3077	101.831
5	1.5719	-0.4664	-0.1409	0.2347	-1.0156	0.0018	0.0039	0.0375	0.0188	0.033	0.0145	-0.0164	0.0005	0.0872	-0.0185	-0.0411	0.152	0.0128	0.1111	0.0848	-0.0406	84.5633	17.3644	86.0483
6	0.2043	-1.1354	-0.493	2.0199	0.7565	2.6487	-0.0001	0.09	0.0001	-0.0421	0.0193	0.0293	0.0592	0.0334	-0.0192	0.1849	-0.0562	-0.0524	-0.2649	-0.0953	-0.0381	55.3696	19.3436	28.25
7	0.501	0.4853	0.2056	1.0895	0.6792	1.7318	-0.0147	-0.0072	0.0137	0.0438	0.0112	0.0359	-0.0837	-0.0584	0.0035	0.1195	0.0879	-0.0851	-0.2109	-0.0194	-0.0032	51.76	53.9023	79.9493
8	0.5382	-0.1976	-0.7915	0	-1.6879	2.8358	0.0062	0.003	-0.021	-0.0087	-0.006	-0.0093	-0.0009	0.015	-0.0001	-0.0397	-0.1195	0.152	0.1996	0.0717	-0.1397	95.2931	48.2204	32.5715
9	1.4302	0.1078	0.2879	0.9025	-0.1005	1.4789	-0.0239	-0.0234	0.1144	-0.1797	-0.0564	0.2218	-0.2606	0.0259	0.0803	0.1074	0.0381	-0.0885	-0.271	0.0052	0.0381	47.0956	53.4188	49.5112
10	1.8598	-1.0499	0.7994	0.8227	-0.0214	0	0.0177	-0.0838	-0.1418	-0.2243	-0.0671	-0.0145	0.1042	0.1473	0.0494	-0.2607	0.152	0.1446	0.304	0.0561	-0.0741	97.25	15.835	57.7512
11	1.6866	-0.1015	0.3336	1.152	0.0533	1.9294	0.0073	-0.0902	-0.094	-0.0762	-0.0889	0.1592	0.2844	-0.1595	0.0817	0.085	-0.1146	-0.0297	-0.2721	-0.0016	0.0006	42.7507	22.0482	56.1818
12	2.3619	-0.0121	0.3174	1.2297	-0.2472	0.4569	0.0191	0.0347	0.1059	-0.016	-0.1762	-0.095	-0.062	0.1886	0.1571	-0.2967	-0.152	0.0661	0.3028	0.152	-0.1582	100.091	47.6328	63.0876
13	0	-0.4016	0.01	0	-0.8131	0	-0.0003	-0.0035	-0.0099	-0.0004	-0.0048	-0.0086	-0.0069	-0.0142	0.0051	-0.0134	0.0125	0.0015	-0.0002	-0.006	-0.0201	72.0106	34.5537	57.1315

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|* }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|* }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ E\|* }
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ F\|* }
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{ G\|* }
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{ H\|* }
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{ I\|* }
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{ J\|* }
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{ K\|* }
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{ L\|* }
13	X-RAY DIFFRACTION	13	{ P\|* }

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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