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万見
- PDB-6esc: Crystal structure of Pseudorabies virus glycoprotein B -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6esc
タイトルCrystal structure of Pseudorabies virus glycoprotein B
要素Envelope glycoprotein B
キーワードVIRAL PROTEIN / herpesvirus / fusion protein / class III / viral entry
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endosome / host cell Golgi apparatus / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1890 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #3280 / SH3 type barrels. - #1230 / PH-domain like - #100 / Herpesvirus Glycoprotein B / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 1 / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 2 / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 2 superfamily / Herpesvirus Glycoprotein B ectodomain / Herpesvirus Glycoprotein B ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1890 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #3280 / SH3 type barrels. - #1230 / PH-domain like - #100 / Herpesvirus Glycoprotein B / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 1 / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 2 / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 2 superfamily / Herpesvirus Glycoprotein B ectodomain / Herpesvirus Glycoprotein B / Herpesvirus Glycoprotein B PH-like domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / PH-domain like / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / SH3 type barrels. / Roll / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Suid alphaherpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Backovic, M. / Vaney, M.C. / Rey, F.A. / Haouz, A.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
フランス
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2018
タイトル: Structure-Function Dissection of Pseudorabies Virus Glycoprotein B Fusion Loops.
著者: Vallbracht, M. / Brun, D. / Tassinari, M. / Vaney, M.C. / Pehau-Arnaudet, G. / Guardado-Calvo, P. / Haouz, A. / Klupp, B.G. / Mettenleiter, T.C. / Rey, F.A. / Backovic, M.
履歴
登録2017年10月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Envelope glycoprotein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,5433
ポリマ－82,2301
非ポリマー3132
水1,65792
1
A: Envelope glycoprotein B
ヘテロ分子

A: Envelope glycoprotein B
ヘテロ分子

A: Envelope glycoprotein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)247,6299
ポリマ－246,6893
非ポリマー9406
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area38460 Å2
ΔGint-142 kcal/mol
Surface area80510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.890, 99.890, 272.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Envelope glycoprotein B / gB


分子量: 82229.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Suid alphaherpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
遺伝子: UL27, gB
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
株 (発現宿主): Schneider's Drosophila Line 2 / 参照: UniProt: G3G8X1
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1M Tris pH 8.5, 7% PEG 4,000, 0.6M LiCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月3日 / 詳細: Toroidal mirror
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.69→46.15 Å / Num. obs: 28086 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 86.38 Å2 / CC1/2: 0.98 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rpim(I) all: 0.055 / Net I/σ(I): 14.99
反射 シェル解像度: 2.69→2.85 Å / Rmerge(I) obs: 0.523 / Mean I/σ(I) obs: 2.33 / CC1/2: 0.82 / Rpim(I) all: 0.386 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2GUM

2gum


解像度: 2.7→46.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / SU R Cruickshank DPI: 0.402 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.366 / SU Rfree Blow DPI: 0.256 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.267
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 1385 5 %RANDOM
Rwork0.193 ---
obs0.195 27695 99.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 73.49 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.04 Å20 Å20 Å2
2---10.04 Å20 Å2
3---20.0799 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.35 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.7→46.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4763 0 20 92 4875
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014894HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.176645HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1704SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes115HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes731HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4894HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.2
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.83
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion629SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5194SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / Total num. of bins used: 14
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3685 137 5 %
Rwork0.2817 2601 -
all0.286 2738 -
obs--94.61 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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