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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6eri | |||||||||||||||
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タイトル | Structure of the chloroplast ribosome with chl-RRF and hibernation-promoting factor | |||||||||||||||
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![]() | RIBOSOME / Chloroplast / translation | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() plastid small ribosomal subunit / plastid translation / negative regulation of translational elongation / mitochondrial large ribosomal subunit / chloroplast envelope / mitochondrial small ribosomal subunit / plastid / chloroplast stroma / mitochondrial translation / ribosomal small subunit binding ...plastid small ribosomal subunit / plastid translation / negative regulation of translational elongation / mitochondrial large ribosomal subunit / chloroplast envelope / mitochondrial small ribosomal subunit / plastid / chloroplast stroma / mitochondrial translation / ribosomal small subunit binding / chloroplast thylakoid membrane / chloroplast / DNA-templated transcription termination / large ribosomal subunit / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / response to antibiotic / mRNA binding / mitochondrion / RNA binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å | |||||||||||||||
![]() | Perez Borema, A. / Aibara, S. / Paul, B. / Tobiasson, V. / Kimanius, D. / Forsberg, B.O. / Wallden, K. / Lindahl, E. / Amunts, A. | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of the chloroplast ribosome with chl-RRF and hibernation-promoting factor. 著者: Annemarie Perez Boerema / Shintaro Aibara / Bijoya Paul / Victor Tobiasson / Dari Kimanius / Björn O Forsberg / Karin Wallden / Erik Lindahl / A Amunts / ![]() ![]() 要旨: Oxygenic photosynthesis produces oxygen and builds a variety of organic compounds, changing the chemistry of the air, the sea and fuelling the food chain on our planet. The photochemical reactions ...Oxygenic photosynthesis produces oxygen and builds a variety of organic compounds, changing the chemistry of the air, the sea and fuelling the food chain on our planet. The photochemical reactions underpinning this process in plants take place in the chloroplast. Chloroplasts evolved ~1.2 billion years ago from an engulfed primordial diazotrophic cyanobacterium, and chlororibosomes are responsible for synthesis of the core proteins driving photochemical reactions. Chlororibosomal activity is spatiotemporally coupled to the synthesis and incorporation of functionally essential co-factors, implying the presence of chloroplast-specific regulatory mechanisms and structural adaptation of the chlororibosome. Despite recent structural information, some of these aspects remained elusive. To provide new insights into the structural specialities and evolution, we report a comprehensive analysis of the 2.9-3.1 Å resolution electron cryo-microscopy structure of the spinach chlororibosome in complex with its recycling factor and hibernation-promoting factor. The model reveals a prominent channel extending from the exit tunnel to the chlororibosome exterior, structural re-arrangements that lead to increased surface area for translocon binding, and experimental evidence for parallel and convergent evolution of chloro- and mitoribosomes. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 3.2 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 206.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 362.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-RNA鎖 , 4種, 4分子 AAABAxBA
#1: RNA鎖 | 分子量: 911344.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 34334.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#32: RNA鎖 | 分子量: 38072.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#34: RNA鎖 | 分子量: 480386.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
+50S ribosomal protein ... , 29種, 29分子 ACADAEAFAGAHAJAKALAMANAOAPAQARASATAUAWAXAYAZAaAbAcAdAeAfAw
-タンパク質 , 3種, 3分子 AzBVBY
#33: タンパク質 | 分子量: 21643.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#55: タンパク質 | 分子量: 11938.726 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#57: タンパク質 | 分子量: 14485.838 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
+30S ribosomal protein ... , 21種, 21分子 BBBCBDBEBFBGBHBIBJBKBLBMBNBOBPBQBRBSBTBUBW
-非ポリマー , 2種, 345分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
#58: 化合物 | ChemComp-MG / #59: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Chloroplast ribosome in complex with RRF / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#57 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 単位: MEGADALTONS / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 4 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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対称性 | 点対称性: C1 (非対称) |
3次元再構成 | 解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 130300 / 対称性のタイプ: POINT |
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL |