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万見
- PDB-6erg: Complex of XLF and heterodimer Ku bound to DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6erg
タイトルComplex of XLF and heterodimer Ku bound to DNA
要素
  • (X-ray repair cross-complementing protein ...) x 2
  • DNA (21-MER)
  • DNA (34-MER)
  • Non-homologous end-joining factor 1
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA repair complex NHEJ
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of ligase activity / DNA ligase IV complex / positive regulation of lymphocyte differentiation / DNA ligation involved in DNA repair / small-subunit processome assembly / Ku70:Ku80 complex / DNA-dependent protein kinase complex / immunoglobulin V(D)J recombination / negative regulation of t-circle formation / DNA end binding ...positive regulation of ligase activity / DNA ligase IV complex / positive regulation of lymphocyte differentiation / DNA ligation involved in DNA repair / small-subunit processome assembly / Ku70:Ku80 complex / DNA-dependent protein kinase complex / immunoglobulin V(D)J recombination / negative regulation of t-circle formation / DNA end binding / DNA-dependent protein kinase-DNA ligase 4 complex / nonhomologous end joining complex / cellular response to X-ray / regulation of smooth muscle cell proliferation / Cytosolic sensors of pathogen-associated DNA / DNA ligation / IRF3-mediated induction of type I IFN / nuclear telomere cap complex / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / positive regulation of catalytic activity / U3 snoRNA binding / recombinational repair / regulation of telomere maintenance / protein localization to chromosome, telomeric region / cellular response to fatty acid / positive regulation of neurogenesis / cellular hyperosmotic salinity response / hematopoietic stem cell proliferation / response to ionizing radiation / telomeric DNA binding / 2-LTR circle formation / : / site of DNA damage / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ / T cell differentiation / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / hematopoietic stem cell differentiation / positive regulation of protein kinase activity / ATP-dependent activity, acting on DNA / DNA polymerase binding / activation of innate immune response / enzyme activator activity / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / DNA helicase activity / telomere maintenance / cyclin binding / B cell differentiation / neurogenesis / protein-DNA complex / cellular response to leukemia inhibitory factor / central nervous system development / small-subunit processome / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / cellular response to gamma radiation / fibrillar center / double-strand break repair via nonhomologous end joining / double-strand break repair / site of double-strand break / double-stranded DNA binding / scaffold protein binding / secretory granule lumen / DNA recombination / transcription regulator complex / ficolin-1-rich granule lumen / damaged DNA binding / chromosome, telomeric region / transcription cis-regulatory region binding / response to xenobiotic stimulus / ribonucleoprotein complex / innate immune response / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / ubiquitin protein ligase binding / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / nucleolus / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / protein-containing complex / DNA binding / RNA binding / extracellular region / nucleoplasm / ATP binding / membrane / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ku70; Chain: A; domain 4 / Ku70; Chain: A; domain 4 - #10 / Ku70, bridge and pillars / Ku70, bridge and pillars / Ku70; Chain: A; Domain 2 - #10 / Ku70; Chain: A; Domain 2 / XLF, N-terminal / : / : / XLF N-terminal domain ...Ku70; Chain: A; domain 4 / Ku70; Chain: A; domain 4 - #10 / Ku70, bridge and pillars / Ku70, bridge and pillars / Ku70; Chain: A; Domain 2 - #10 / Ku70; Chain: A; Domain 2 / XLF, N-terminal / : / : / XLF N-terminal domain / XLF protein coiled-coil region / XRCC4-like, N-terminal domain superfamily / Ku70, bridge and pillars domain superfamily / : / Ku70 / Ku, C-terminal / Ku, C-terminal domain superfamily / Ku C terminal domain like / Ku80 / Ku70/Ku80 C-terminal arm / Ku70/Ku80 C-terminal arm / Ku70/Ku80, N-terminal alpha/beta / Ku70/Ku80 beta-barrel domain / Ku70/Ku80 N-terminal alpha/beta domain / Ku70 and Ku80 are 70kDa and 80kDa subunits of the Lupus Ku autoantigen / Ku70/Ku80 beta-barrel domain / SPOC-like, C-terminal domain superfamily / SAP domain superfamily / SAP domain / SAP motif profile. / Putative DNA-binding (bihelical) motif predicted to be involved in chromosomal organisation / SAP domain / von Willebrand factor, type A domain / von Willebrand factor (vWF) type A domain / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Few Secondary Structures / Irregular / Beta Barrel / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / X-ray repair cross-complementing protein 6 / X-ray repair cross-complementing protein 5 / Non-homologous end-joining factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Nemoz, C. / Legrand, P. / Ropars, V. / Charbonnier, J.B.
資金援助 フランス, 2件
組織認可番号国
INCAPLBIO 2012-280 フランス
French National Research AgencyANR-12-SVSE8-012 フランス
引用ジャーナル: Nat. Struct. Mol. Biol. / 年: 2018
タイトル: XLF and APLF bind Ku80 at two remote sites to ensure DNA repair by non-homologous end joining.
著者: Nemoz, C. / Ropars, V. / Frit, P. / Gontier, A. / Drevet, P. / Yu, J. / Guerois, R. / Pitois, A. / Comte, A. / Delteil, C. / Barboule, N. / Legrand, P. / Baconnais, S. / Yin, Y. / Tadi, S. / ...著者: Nemoz, C. / Ropars, V. / Frit, P. / Gontier, A. / Drevet, P. / Yu, J. / Guerois, R. / Pitois, A. / Comte, A. / Delteil, C. / Barboule, N. / Legrand, P. / Baconnais, S. / Yin, Y. / Tadi, S. / Barbet-Massin, E. / Berger, I. / Le Cam, E. / Modesti, M. / Rothenberg, E. / Calsou, P. / Charbonnier, J.B.
履歴
登録2017年10月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月3日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.22024年1月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: X-ray repair cross-complementing protein 6
B: X-ray repair cross-complementing protein 5
C: Non-homologous end-joining factor 1
D: X-ray repair cross-complementing protein 6
E: X-ray repair cross-complementing protein 5
F: Non-homologous end-joining factor 1
H: DNA (21-MER)
K: DNA (21-MER)
M: DNA (34-MER)
R: DNA (34-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)292,99913
ポリマ－292,71010
非ポリマー2883
水36020
1
A: X-ray repair cross-complementing protein 6
B: X-ray repair cross-complementing protein 5
F: Non-homologous end-joining factor 1
H: DNA (21-MER)
R: DNA (34-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,4516
ポリマ－146,3555
非ポリマー961
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area27130 Å2
ΔGint-173 kcal/mol
Surface area55170 Å2
手法PISA
2
C: Non-homologous end-joining factor 1
D: X-ray repair cross-complementing protein 6
E: X-ray repair cross-complementing protein 5
K: DNA (21-MER)
M: DNA (34-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,5477
ポリマ－146,3555
非ポリマー1922
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area27680 Å2
ΔGint-182 kcal/mol
Surface area55470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.710, 114.260, 127.170
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.140, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
X-ray repair cross-complementing protein ... , 2種, 4分子 ADBE

#1: タンパク質 X-ray repair cross-complementing protein 6 / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase Ku70 / 5'-dRP lyase Ku70 / 70 kDa subunit of Ku antigen / ATP- ...5'-deoxyribose-5-phosphate lyase Ku70 / 5'-dRP lyase Ku70 / 70 kDa subunit of Ku antigen / ATP-dependent DNA helicase 2 subunit 1 / ATP-dependent DNA helicase II 70 kDa subunit / CTC box-binding factor 75 kDa subunit / CTCBF / DNA repair protein XRCC6 / Lupus Ku autoantigen protein p70 / Ku70 / Thyroid-lupus autoantigen / TLAA / X-ray repair complementing defective repair in Chinese hamster cells 6


分子量: 62629.629 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: XRCC6, G22P1 / 細胞株 (発現宿主): Sf21
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P12956, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素- ...参照: UniProt: P12956, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ
#2: タンパク質 X-ray repair cross-complementing protein 5 / 86 kDa subunit of Ku antigen / ATP-dependent DNA helicase 2 subunit 2 / ATP-dependent DNA helicase ...86 kDa subunit of Ku antigen / ATP-dependent DNA helicase 2 subunit 2 / ATP-dependent DNA helicase II 80 kDa subunit / CTC box-binding factor 85 kDa subunit / CTCBF / DNA repair protein XRCC5 / Ku80 / Ku86 / Lupus Ku autoantigen protein p86 / Nuclear factor IV / Thyroid-lupus autoantigen / TLAA / X-ray repair complementing defective repair in Chinese hamster cells 5 (double-strand-break rejoining)


分子量: 65356.836 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: XRCC5, G22P2 / 細胞株 (発現宿主): Sf21
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P13010, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 CF

#3: タンパク質・ペプチド Non-homologous end-joining factor 1 / Protein cernunnos / XRCC4-like factor


分子量: 1536.907 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9H9Q4

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 HKMR

#4: DNA鎖 DNA (21-MER)


分子量: 6506.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物)
#5: DNA鎖 DNA (34-MER)


分子量: 10325.685 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 2種, 23分子

#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 18% PEG 3350, 150 mM Na sulfate , 100 mM Bis-Tris-Propane

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98009 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98009 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→48.76 Å / Num. obs: 51644 / % possible obs: 72.9 % / 冗長度: 14 % / Biso Wilson estimate: 106.46 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.171 / Rpim(I) all: 0.068 / Rrim(I) all: 0.182 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 2.9→3.09 Å / 冗長度: 14.2 % / Rmerge(I) obs: 2.48 / Mean I/σ(I) obs: 1 / CC1/2: 0.51 / Rpim(I) all: 0.94 / Rrim(I) all: 2.56 / % possible all: 21

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
Cootモデル構築
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1JEY

1jey


解像度: 2.9→48.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.458
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.244 2605 5.04 %RANDOM
Rwork0.218 ---
obs0.22 51644 72.9 %-
原子変位パラメータBiso max: 225.95 Å2 / Biso mean: 100.04 Å2 / Biso min: 28.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.9913 Å20 Å23.0498 Å2
2--1.6561 Å20 Å2
3---0.3352 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.47 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9→48.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16821 2133 0 20 18974
Biso mean---51.16 -
残基数----2190
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d6746SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2986HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it19574HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2530SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact20557SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d19574HARMONIC20.007
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg26846HARMONIC20.94
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.17
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.24
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3179 34 5.53 %
Rwork0.3136 581 -
all0.3138 615 -
obs--11.8 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.6133-0.56181.43430.2345-0.19721.097-0.07290.01630.62240.0191-0.0544-0.003-0.1224-0.12010.1273-0.0210.03480.0184-0.0317-0.15710.006438.9878-6.237153.2216
24.29110.8380.38970.43710.09531.1302-0.0576-0.51310.1009-0.0116-0.0061-0.0427-0.07710.09310.0637-0.03-0.00940.0543-0.342-0.0452-0.1068-6.1283-8.2204211.1613
36.41030.1556-1.77392.7085-0.32756.08820.01290.3805-0.2364-0.50590.05170.57180.67180.1087-0.06460.07460.0676-0.12080.28710.03920.039446.0657-18.3926137.5107
43.6443-0.7985-2.91912.7020.54357.5174-0.018-0.6442-0.24770.5680.0064-0.57910.653-0.21630.01170.1348-0.1739-0.10760.3231-0.00130.0985-13.8995-19.597227.2849
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* B|* F|* }A34 - 534
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|* B|* F|* }B-16 - 542
3X-RAY DIFFRACTION1{ A|* B|* F|* }F293 - 299
4X-RAY DIFFRACTION2{ D|* E|* C|* }D32 - 534
5X-RAY DIFFRACTION2{ D|* E|* C|* }E-16 - 543
6X-RAY DIFFRACTION2{ D|* E|* C|* }C293 - 299
7X-RAY DIFFRACTION3{ H|* R|* }H1 - 21
8X-RAY DIFFRACTION3{ H|* R|* }R1 - 34
9X-RAY DIFFRACTION4{ K|* M|* }K1 - 21
10X-RAY DIFFRACTION4{ K|* M|* }M1 - 34

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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