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- PDB-6erf: Complex of APLF factor and Ku heterodimer bound to DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6erf
タイトルComplex of APLF factor and Ku heterodimer bound to DNA
要素
  • (X-ray repair cross-complementing protein ...) x 2
  • Aprataxin and PNK-like factor
  • DNA (34-MER)
  • DNA (5'-D(*GP*TP*TP*TP*TP*TP*AP*GP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*GP*GP*GP*CP*GP*CP*G)-3')
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA repair protein NHEJ
機能・相同性
機能・相同性情報


ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / regulation of isotype switching / Ku70:Ku80 complex / poly-ADP-D-ribose binding / negative regulation of t-circle formation / histone chaperone activity / DNA end binding / small-subunit processome assembly / positive regulation of lymphocyte differentiation / DNA-dependent protein kinase complex ...ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / regulation of isotype switching / Ku70:Ku80 complex / poly-ADP-D-ribose binding / negative regulation of t-circle formation / histone chaperone activity / DNA end binding / small-subunit processome assembly / positive regulation of lymphocyte differentiation / DNA-dependent protein kinase complex / DNA-dependent protein kinase-DNA ligase 4 complex / cellular response to X-ray / nonhomologous end joining complex / regulation of epithelial to mesenchymal transition / regulation of smooth muscle cell proliferation / single strand break repair / nuclear telomere cap complex / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / Cytosolic sensors of pathogen-associated DNA / IRF3-mediated induction of type I IFN / regulation of telomere maintenance / recombinational repair / U3 snoRNA binding / protein localization to chromosome, telomeric region / cellular hyperosmotic salinity response / cellular response to fatty acid / positive regulation of neurogenesis / telomeric DNA binding / 2-LTR circle formation / hematopoietic stem cell proliferation / DNA repair-dependent chromatin remodeling / site of DNA damage / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / ATP-dependent activity, acting on DNA / positive regulation of protein kinase activity / hematopoietic stem cell differentiation / telomere maintenance via telomerase / DNA helicase activity / protein localization to chromatin / neurogenesis / 3'-5' exonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / embryo implantation / protein folding chaperone / telomere maintenance / activation of innate immune response / cyclin binding / cellular response to leukemia inhibitory factor / enzyme activator activity / DNA endonuclease activity / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / small-subunit processome / cellular response to gamma radiation / protein-DNA complex / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / double-strand break repair via nonhomologous end joining / double-strand break repair / site of double-strand break / double-stranded DNA binding / scaffold protein binding / secretory granule lumen / DNA recombination / transcription regulator complex / histone binding / ficolin-1-rich granule lumen / damaged DNA binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / chromosome, telomeric region / transcription cis-regulatory region binding / response to xenobiotic stimulus / ribonucleoprotein complex / innate immune response / DNA repair / nucleotide binding / negative regulation of DNA-templated transcription / ubiquitin protein ligase binding / DNA damage response / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / ATP hydrolysis activity / DNA binding / RNA binding / extracellular region / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ku70, bridge and pillars / Ku70, bridge and pillars / Ku70; Chain: A; Domain 2 - #10 / Ku70; Chain: A; Domain 2 / Aprataxin and PNK-like factor, PBZ domain / Aprataxin and PNK-like factor / Ku70; Chain: A; domain 4 / Ku70; Chain: A; domain 4 - #10 / PBZ domain / PNK, FHA domain ...Ku70, bridge and pillars / Ku70, bridge and pillars / Ku70; Chain: A; Domain 2 - #10 / Ku70; Chain: A; Domain 2 / Aprataxin and PNK-like factor, PBZ domain / Aprataxin and PNK-like factor / Ku70; Chain: A; domain 4 / Ku70; Chain: A; domain 4 - #10 / PBZ domain / PNK, FHA domain / FHA domain / Ku70, bridge and pillars domain superfamily / : / Ku70 / Ku, C-terminal / Ku, C-terminal domain superfamily / Ku C terminal domain like / Ku80 / Ku70/Ku80 C-terminal arm / Ku70/Ku80 C-terminal arm / Ku70/Ku80, N-terminal alpha/beta / Ku70/Ku80 beta-barrel domain / Ku70/Ku80 N-terminal alpha/beta domain / Ku70 and Ku80 are 70kDa and 80kDa subunits of the Lupus Ku autoantigen / Ku70/Ku80 beta-barrel domain / SPOC-like, C-terminal domain superfamily / SAP domain superfamily / SAP motif profile. / SAP domain / Putative DNA-binding (bihelical) motif predicted to be involved in chromosomal organisation / SAP domain / von Willebrand factor, type A domain / SMAD/FHA domain superfamily / von Willebrand factor (vWF) type A domain / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Few Secondary Structures / Irregular / Beta Barrel / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / X-ray repair cross-complementing protein 6 / X-ray repair cross-complementing protein 5 / Aprataxin and PNK-like factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.01 Å
データ登録者Nemoz, C. / Legrand, P. / Ropars, V. / Charbonnier, J.B.
資金援助 フランス, 3件
組織認可番号国
INCAPLBIO 2012-280 フランス
French National Research AgencyANR-12-SVSE8-012 フランス
ARCSLS220120605310 フランス
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2018
タイトル: XLF and APLF bind Ku80 at two remote sites to ensure DNA repair by non-homologous end joining.
著者: Nemoz, C. / Ropars, V. / Frit, P. / Gontier, A. / Drevet, P. / Yu, J. / Guerois, R. / Pitois, A. / Comte, A. / Delteil, C. / Barboule, N. / Legrand, P. / Baconnais, S. / Yin, Y. / Tadi, S. / ...著者: Nemoz, C. / Ropars, V. / Frit, P. / Gontier, A. / Drevet, P. / Yu, J. / Guerois, R. / Pitois, A. / Comte, A. / Delteil, C. / Barboule, N. / Legrand, P. / Baconnais, S. / Yin, Y. / Tadi, S. / Barbet-Massin, E. / Berger, I. / Le Cam, E. / Modesti, M. / Rothenberg, E. / Calsou, P. / Charbonnier, J.B.
履歴
登録2017年10月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月3日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.22021年6月23日Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: citation / software / Item: _citation.journal_abbrev / _software.classification
改定 1.32024年1月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: X-ray repair cross-complementing protein 6
B: X-ray repair cross-complementing protein 5
C: X-ray repair cross-complementing protein 6
D: X-ray repair cross-complementing protein 5
E: X-ray repair cross-complementing protein 6
F: X-ray repair cross-complementing protein 5
G: X-ray repair cross-complementing protein 6
H: X-ray repair cross-complementing protein 5
I: DNA (5'-D(*GP*TP*TP*TP*TP*TP*AP*GP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*GP*GP*GP*CP*GP*CP*G)-3')
J: DNA (34-MER)
K: DNA (5'-D(*GP*TP*TP*TP*TP*TP*AP*GP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*GP*GP*GP*CP*GP*CP*G)-3')
L: DNA (34-MER)
M: DNA (5'-D(*GP*TP*TP*TP*TP*TP*AP*GP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*GP*GP*GP*CP*GP*CP*G)-3')
N: DNA (34-MER)
O: DNA (5'-D(*GP*TP*TP*TP*TP*TP*AP*GP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*GP*GP*GP*CP*GP*CP*G)-3')
P: DNA (34-MER)
Q: Aprataxin and PNK-like factor
R: Aprataxin and PNK-like factor
S: Aprataxin and PNK-like factor
T: Aprataxin and PNK-like factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)588,17620
ポリマ－588,17620
非ポリマー00
水1448
1
A: X-ray repair cross-complementing protein 6
B: X-ray repair cross-complementing protein 5
I: DNA (5'-D(*GP*TP*TP*TP*TP*TP*AP*GP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*GP*GP*GP*CP*GP*CP*G)-3')
J: DNA (34-MER)
Q: Aprataxin and PNK-like factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,0445
ポリマ－147,0445
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: X-ray repair cross-complementing protein 6
D: X-ray repair cross-complementing protein 5
K: DNA (5'-D(*GP*TP*TP*TP*TP*TP*AP*GP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*GP*GP*GP*CP*GP*CP*G)-3')
L: DNA (34-MER)
R: Aprataxin and PNK-like factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,0445
ポリマ－147,0445
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: X-ray repair cross-complementing protein 6
F: X-ray repair cross-complementing protein 5
M: DNA (5'-D(*GP*TP*TP*TP*TP*TP*AP*GP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*GP*GP*GP*CP*GP*CP*G)-3')
N: DNA (34-MER)
S: Aprataxin and PNK-like factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,0445
ポリマ－147,0445
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: X-ray repair cross-complementing protein 6
H: X-ray repair cross-complementing protein 5
O: DNA (5'-D(*GP*TP*TP*TP*TP*TP*AP*GP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*GP*GP*GP*CP*GP*CP*G)-3')
P: DNA (34-MER)
T: Aprataxin and PNK-like factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,0445
ポリマ－147,0445
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)98.920, 140.860, 150.310
Angle α, β, γ (deg.)68.640, 80.850, 81.230
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

-
X-ray repair cross-complementing protein ... , 2種, 8分子 ACEGBDFH

#1: タンパク質
X-ray repair cross-complementing protein 6 / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase Ku70 / 5'-dRP lyase Ku70 / 70 kDa subunit of Ku antigen / ATP- ...5'-deoxyribose-5-phosphate lyase Ku70 / 5'-dRP lyase Ku70 / 70 kDa subunit of Ku antigen / ATP-dependent DNA helicase 2 subunit 1 / ATP-dependent DNA helicase II 70 kDa subunit / CTC box-binding factor 75 kDa subunit / CTCBF / DNA repair protein XRCC6 / Lupus Ku autoantigen protein p70 / Ku70 / Thyroid-lupus autoantigen / TLAA / X-ray repair complementing defective repair in Chinese hamster cells 6


分子量: 62629.629 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: XRCC6, G22P1 / 細胞株 (発現宿主): Sf21
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P12956, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素- ...参照: UniProt: P12956, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ
#2: タンパク質
X-ray repair cross-complementing protein 5 / 86 kDa subunit of Ku antigen / ATP-dependent DNA helicase 2 subunit 2 / ATP-dependent DNA helicase ...86 kDa subunit of Ku antigen / ATP-dependent DNA helicase 2 subunit 2 / ATP-dependent DNA helicase II 80 kDa subunit / CTC box-binding factor 85 kDa subunit / CTCBF / DNA repair protein XRCC5 / Ku80 / Ku86 / Lupus Ku autoantigen protein p86 / Nuclear factor IV / Thyroid-lupus autoantigen / TLAA / X-ray repair complementing defective repair in Chinese hamster cells 5 (double-strand-break rejoining)


分子量: 65356.836 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: XRCC5, G22P2 / 細胞株 (発現宿主): Sf21
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P13010, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与

-
DNA鎖 , 2種, 8分子 IKMOJLNP

#3: DNA鎖
DNA (5'-D(*GP*TP*TP*TP*TP*TP*AP*GP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*GP*GP*GP*CP*GP*CP*G)-3')


分子量: 6506.188 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖
DNA (34-MER)


分子量: 10325.685 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 12分子 QRST

#5: タンパク質・ペプチド
Aprataxin and PNK-like factor / Apurinic-apyrimidinic endonuclease APLF / PNK and APTX-like FHA domain-containing protein / XRCC1- ...Apurinic-apyrimidinic endonuclease APLF / PNK and APTX-like FHA domain-containing protein / XRCC1-interacting protein 1


分子量: 2225.740 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q8IW19, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.23 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100 mM Bris Tris propane 13% PEG 3350 150 mM Na nirate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.01→49.47 Å / Num. obs: 90993 / % possible obs: 61.9 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 123 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.072 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 3.01→3.28 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.79 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / CC1/2: 0.6 / Rpim(I) all: 0.66 / Rrim(I) all: 0.93 / % possible all: 14.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
STARANISOデータスケーリング
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1JEY

1jey


解像度: 3.01→49.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.474
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.227 4537 4.99 %RANDOM
Rwork0.209 ---
obs0.21 90993 61.9 %-
原子変位パラメータBiso max: 263.38 Å2 / Biso mean: 121.75 Å2 / Biso min: 44.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.4816 Å2-1.8203 Å20.7494 Å2
2---0.6188 Å23.2933 Å2
3---2.1003 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.47 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.01→49.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数33225 2178 0 7 35410
Biso mean---59.78 -
残基数----4233
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d12833SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes5768HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it36316HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion4718SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact37519SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d36316HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg49413HARMONIC20.96
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.84
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.81
LS精密化 シェル解像度: 3.01→3.09 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rwork0.4683 3 -
all0.4683 --
obs--0.04 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.03361.26860.36664.59622.72171.9923-0.0161-0.32090.23030.7463-0.53980.7930.4653-0.2720.5559-0.1627-0.02830.09110.05630.0522-0.096148.0479-9.5326141.2243
23.34280.9986-1.76821.1539-0.03431.3647-0.09280.1676-0.2614-0.24670.0228-0.4567-0.1606-0.1580.07-0.0243-0.0053-0.0573-0.14950.098-0.0567119.951550.9509138.2239
31.5530.813-1.09371.13790.09391.4504-0.01440.07060.0074-0.0258-0.10410.3752-0.028-0.04090.1186-0.23910.0452-0.1549-0.15830.103-0.0041127.5088-5.479880.0481
40.80011.28270.22164.33452.67882.5568-0.17170.1964-0.0887-0.68040.3975-0.3164-0.22650.0787-0.2259-0.10860.02360.07-0.10640.0478-0.044287.665864.806164.8943
52.7194-0.6365-1.77935.1678-2.14476.16840.0285-0.0687-0.24960.10510.0496-0.04080.26260.0424-0.07810.4170.12230.00540.25390.02260.1665155.9783-15.4591154.6267
68.20091.3511.93392.73092.51496.99870.00170.13570.033-0.1930.04220.28460.0748-0.3097-0.04380.22890.04160.0170.40880.11960.2359109.746252.0686123.5518
73.1353-3.6195-2.53277.2793-0.53755.53650.01710.29280.2162-0.2487-0.1206-0.057-0.19330.02440.10350.1785-0.0648-0.13550.36550.16790.3696118.51537.269473.1861
86.1292-1.6611-1.35544.85622.55091.6707-0.0161-0.17780.05050.2199-0.0029-0.2363-0.01730.23760.0190.35040.0750.00020.1438-0.08540.224999.49356.303871.5254
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* B|* Q|* }A35 - 535
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|* B|* Q|* }B6 - 542
3X-RAY DIFFRACTION1{ A|* B|* Q|* }Q180 - 191
4X-RAY DIFFRACTION2{ C|* D|* R|* }C35 - 538
5X-RAY DIFFRACTION2{ C|* D|* R|* }D6 - 542
6X-RAY DIFFRACTION2{ C|* D|* R|* }R179 - 191
7X-RAY DIFFRACTION3{ E|* F|* S|* }E35 - 535
8X-RAY DIFFRACTION3{ E|* F|* S|* }F6 - 542
9X-RAY DIFFRACTION3{ E|* F|* S|* }S180 - 191
10X-RAY DIFFRACTION4{ G|* H|* T|* }G35 - 534
11X-RAY DIFFRACTION4{ G|* H|* T|* }H6 - 542
12X-RAY DIFFRACTION4{ G|* H|* T|* }T180 - 191
13X-RAY DIFFRACTION5{ I|* J|* }I2 - 15
14X-RAY DIFFRACTION5{ I|* J|* }J22 - 33
15X-RAY DIFFRACTION6{ K|* L|* }K4 - 16
16X-RAY DIFFRACTION6{ K|* L|* }L21 - 30
17X-RAY DIFFRACTION7{ M|* N|* }M4 - 16
18X-RAY DIFFRACTION7{ M|* N|* }N20 - 33
19X-RAY DIFFRACTION8{ O|* P|* }O2 - 15
20X-RAY DIFFRACTION8{ O|* P|* }P19 - 34

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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