PDB-6erd: Crystal structure of a putative acetyltransferase from Bacillus c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6erd

タイトル

Crystal structure of a putative acetyltransferase from Bacillus cereus species.

要素

(Aminoglycoside N6'-acetyltransferase) x 2

キーワード

TRANSFERASE / Acetyltransferase Bacillus cereus Unidentified acetyl acceptor

機能・相同性

aminoglycoside 6'-N-acetyltransferase / aminoglycoside 6'-N-acetyltransferase activity / Acetyltransferase (GNAT) domain / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / metal ion binding / Aminoglycoside N6'-acetyltransferase

機能・相同性情報

生物種

Bacillus cereus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Silvestre, H.L. / Bolanos-Garcia, V.M. / Asensio, J.L. / Blundell, T.L. / Bastida, A.

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2024
タイトル: Functional and structural characterisation of RimL from Bacillus cereus, a new N alpha-acetyltransferase of ribosomal proteins that was wrongly assigned as an aminoglycosyltransferase.
著者: Leonardo Silvestre, H. / Asensio, J.L. / Blundell, T.L. / Bastida, A. / Bolanos-Garcia, V.M.

履歴

登録	2017年10月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年9月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6erd.cif.gz	304.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6erd.ent.gz	248.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6erd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/er/6erd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/er/6erd	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8q6uC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2x1u-d 3t7a-d 7agm-d 2fyc-1 2ggo-d 2gvy-1 1pzy-1 2vel-d 4y0k-d 6vtg-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (3) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Aminoglycoside N6'-acetyltransferase

B: Aminoglycoside N6'-acetyltransferase

C: Aminoglycoside N6'-acetyltransferase

D: Aminoglycoside N6'-acetyltransferase

ヘテロ分子

99 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Aminoglycoside N6'-acetyltransferase

B: Aminoglycoside N6'-acetyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
49.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Aminoglycoside N6'-acetyltransferase

D: Aminoglycoside N6'-acetyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
49.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.520, 84.170, 72.080
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.49, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	VAL	VAL	LYS	LYS	A	A	43 - 211	43 - 211
2	1	VAL	VAL	LYS	LYS	B	B	43 - 211	43 - 211
1	2	LEU	LEU	TRP	TRP	A	A	42 - 209	42 - 209
2	2	LEU	LEU	TRP	TRP	C	C	42 - 209	42 - 209
1	3	LEU	LEU	LYS	LYS	A	A	42 - 211	42 - 211
2	3	LEU	LEU	LYS	LYS	D	D	42 - 211	42 - 211
1	4	VAL	VAL	LYS	LYS	B	B	43 - 210	43 - 210
2	4	VAL	VAL	LYS	LYS	C	C	43 - 210	43 - 210
1	5	VAL	VAL	LYS	LYS	B	B	43 - 211	43 - 211
2	5	VAL	VAL	LYS	LYS	D	D	43 - 211	43 - 211
1	6	LEU	LEU	LYS	LYS	C	C	42 - 210	42 - 210
2	6	LEU	LEU	LYS	LYS	D	D	42 - 210	42 - 210

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Aminoglycoside N6'-acetyltransferase 分子量: 24577.670 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) 株: ATCC 14579 / DSM 31 / JCM 2152 / NBRC 15305 / NCIMB 9373 / NRRL B-3711 遺伝子: BC_2494 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) 参照: UniProt: Q81D84, aminoglycoside 6'-N-acetyltransferase
#2: タンパク質	Aminoglycoside N6'-acetyltransferase 分子量: 24501.553 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) 株: ATCC 14579 / DSM 31 / JCM 2152 / NBRC 15305 / NCIMB 9373 / NRRL B-3711 遺伝子: BC_2494 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) 参照: UniProt: Q81D84, aminoglycoside 6'-N-acetyltransferase
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 527 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.83 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 30%PEG 6000 100mM Hepes pH7.0 1M LiCl 10 mM BME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月7日
放射	プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.92→83.97 Å / Num. obs: 60997 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.5 % / R_merge(I) obs: 0.09 / R_pim(I) all: 0.053 / R_rim(I) all: 0.104 / Net I/σ(I): 15.5
反射シェル	解像度: 1.92→1.97 Å / 冗長度: 7.5 % / R_merge(I) obs: 0.716 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 4505 / R_pim(I) all: 0.425 / R_rim(I) all: 0.834 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
xia2		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2→44.97 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 7.354 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.159 / ESU R Free: 0.141 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20103	2770	5.1 %	RANDOM
R_work	0.16383	-	-	-
obs	0.1657	51832	99.73 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.07 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.04 Å²	-0 Å²	0.17 Å²
2-	-	-0.09 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2→44.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5426	0	51	531	6008

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.022	0.019	5744
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	5429
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.099	1.958	7747
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.117	3	12639
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.693	5	703
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.538	25.019	265
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.623	15	1046
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.29	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.146	0.2	857
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	6271
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1181
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.874	1.839	2731
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.868	1.837	2730
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.007	2.729	3431
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.009	2.731	3432
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.674	2.194	3013
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.67	2.194	3013
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.257	3.145	4307
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.45	22.071	6492
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.248	21.549	6387
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	10710	0.1
1	2	B	10710	0.1
2	1	A	11054	0.07
2	2	C	11054	0.07
3	1	A	10840	0.12
3	2	D	10840	0.12
4	1	B	10400	0.1
4	2	C	10400	0.1
5	1	B	10574	0.08
5	2	D	10574	0.08
6	1	C	10596	0.11
6	2	D	10596	0.11

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.317	194	-
R_work	0.257	3819	-
obs	-	-	99.93 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.713	-1.1613	2.9257	0.9534	0.4913	2.2935	-0.1617	-0.2599	-0.0097	0.1186	0.1119	-0.0079	-0.1485	0.1328	0.0497	0.1407	-0.0548	-0.0357	0.1133	-0.0016	0.0541	42.7779	11.0516	12.4269
2	0.8055	0.4506	-1.1365	1.7511	2.8476	10.4839	0.0662	0.1512	0.0789	-0.1583	0.047	-0.0465	-0.5541	-0.2082	-0.1132	0.0732	0.0162	0.0069	0.0666	0.0294	0.0765	30.361	10.6808	-0.999
3	0.6737	0.0937	-0.8126	0.8216	-0.3918	1.0884	-0.0089	0.0439	0.036	-0.0078	0.0516	0.0371	0.0173	-0.0407	-0.0426	0.0572	0.001	-0.0076	0.0804	0.0082	0.0451	29.0025	-4.563	-0.6641
4	5.9058	-5.6928	2.9695	10.6045	2.2196	6.561	-0.0157	-0.0375	-0.0054	-0.2297	-0.0357	0.0873	-0.1795	-0.1024	0.0514	0.1939	-0.0384	-0.0558	0.0729	0.0376	0.0276	21.4218	3.3905	-3.8835
5	2.2683	0.6495	-0.9218	0.2396	-0.0398	2.7698	0.073	-0.0836	0.041	0.0125	0.0182	0.0099	-0.2506	-0.1659	-0.0912	0.0726	0.0458	-0.0022	0.1126	0.0089	0.0337	26.8279	8.4772	5.4142
6	6.1385	0.8821	2.1657	1.0341	-0.8138	13.8032	0.1224	0.0118	0.0235	-0.0604	0.049	-0.226	-0.1671	0.3391	-0.1714	0.0388	-0.0386	0.0264	0.0667	-0.0349	0.0867	46.243	10.4278	4.2709
7	4.9618	0.0383	-4.2696	0.3665	0.5162	4.5002	0.0379	0.0194	0.0397	0.0124	0.0012	-0.0056	-0.0285	-0.0107	-0.0391	0.0759	0.0181	-0.0193	0.0332	0.0189	0.0423	25.0731	6.5118	13.6757
8	6.0209	-1.5526	-3.6397	0.9309	0.9538	2.2012	-0.0794	0.012	0.0665	0.0384	0.1236	-0.0738	0.0547	-0.003	-0.0442	0.067	0.0186	-0.0272	0.0626	0.0124	0.0532	29.6429	-0.003	11.0216
9	2.2077	2.9397	1.3428	4.015	1.7734	0.84	-0.4638	0.0186	0.3604	-0.6975	0.1715	0.3569	-0.2922	-0.0291	0.2923	0.2485	0.0211	0.0369	0.3738	-0.1268	0.3827	45.8367	-0.1908	6.5133
10	2.55	-0.0485	-1.3229	0.112	0.1309	2.3771	0.1225	-0.1494	-0.0206	0.0397	0.0132	-0.0951	0.0225	0.1756	-0.1357	0.0551	0.0066	-0.0435	0.0555	-0.0153	0.0852	31.6472	6.5114	18.7897
11	1.0523	1.2221	0.6135	2.9184	0.9883	1.8894	-0.1247	0.1377	-0.1448	-0.1146	0.2264	-0.3378	-0.0795	0.2439	-0.1017	0.0495	0.0061	-0.0179	0.0687	-0.0173	0.114	33.6859	-9.71	16.5455
12	3.2364	2.3427	1.3688	2.5379	1.2654	1.0221	-0.0085	0.0324	-0.0739	0.1334	0.0394	-0.073	0.0837	0.0979	-0.0309	0.0594	0.0146	-0.0392	0.0558	0.0151	0.0557	27.8767	-9.2523	21.5573
13	1.3225	-1.4377	-1.6815	5.6146	1.5738	9.3543	-0.0392	0.0613	-0.0164	-0.218	0.0666	-0.1704	0.3149	-0.0235	-0.0274	0.074	0.0066	-0.0178	0.0348	-0.0209	0.0399	21.414	-18.744	6.2805
14	2.4133	2.098	1.8017	1.8327	1.5548	1.3746	0.0134	-0.1256	0.1544	0.0104	-0.1448	0.1434	0.0211	-0.0305	0.1314	0.1078	0.0003	-0.0413	0.1541	0.0194	0.1079	26.6392	-5.3371	21.5151
15	6.1653	3.5217	0.2211	3.4948	-3.9982	11.4777	-0.0804	-0.2103	-0.1926	0.1154	-0.2722	-0.2405	-0.4469	0.4113	0.3527	0.0773	-0.0093	-0.057	0.0834	0.0114	0.0527	32.4727	8.1364	29.3225
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57	4.6901	-2.2763	1.0293	4.3856	0.5321	2.009	0.0506	0.2386	0.0971	-0.1153	-0.1733	-0.0559	-0.1225	0.0505	0.1227	0.0681	-0.0255	0.0153	0.0439	0.0035	0.0213	-21.839	2.0945	-27.7404
58	6.2072	0.7338	0.5027	0.3593	0.7942	2.1762	0.0136	-0.0714	-0.0929	-0.0405	-0.0396	0.0073	0.0442	-0.0482	0.026	0.1723	0.0302	-0.0166	0.0332	-0.0132	0.0452	-19.2741	-18.0198	-29.7288
59	0.9076	-1.2478	-0.6057	6.9189	3.7766	2.1185	0.0543	0.1303	0.0777	0.0568	-0.0293	-0.088	0.0073	-0.0212	-0.025	0.0754	-0.0062	-0.0045	0.056	0.0213	0.0438	-19.6662	1.529	-22.7183
60	8.7846	1.6118	-2.2837	3.0266	0.9522	5.5946	-0.157	0.0989	0.6393	-0.1395	0.1133	0.1574	-0.3096	-0.275	0.0437	0.0924	0.0113	-0.0168	0.0386	0.0167	0.0913	-26.6877	13.2916	-20.155

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	41 - 46
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	47 - 53
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	54 - 80
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	81 - 86
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	87 - 99
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	100 - 105
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	106 - 121
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	122 - 129
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	130 - 137
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	138 - 162
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	163 - 176
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	177 - 189
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	190 - 196
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	197 - 207
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	208 - 211
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	43 - 49
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	50 - 64
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	65 - 80
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	81 - 86
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	87 - 99
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	100 - 105
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	106 - 116
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	117 - 129
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	130 - 138
25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	139 - 151
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	152 - 157
27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	158 - 176
28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	177 - 190
29	X-RAY DIFFRACTION	29	B	191 - 196
30	X-RAY DIFFRACTION	30	B	197 - 211
31	X-RAY DIFFRACTION	31	C	41 - 49
32	X-RAY DIFFRACTION	32	C	50 - 62
33	X-RAY DIFFRACTION	33	C	63 - 69
34	X-RAY DIFFRACTION	34	C	70 - 80
35	X-RAY DIFFRACTION	35	C	81 - 86
36	X-RAY DIFFRACTION	36	C	87 - 96
37	X-RAY DIFFRACTION	37	C	97 - 102
38	X-RAY DIFFRACTION	38	C	103 - 129
39	X-RAY DIFFRACTION	39	C	130 - 138
40	X-RAY DIFFRACTION	40	C	139 - 151
41	X-RAY DIFFRACTION	41	C	152 - 176
42	X-RAY DIFFRACTION	42	C	177 - 190
43	X-RAY DIFFRACTION	43	C	191 - 196
44	X-RAY DIFFRACTION	44	C	197 - 206
45	X-RAY DIFFRACTION	45	C	207 - 210
46	X-RAY DIFFRACTION	46	D	43 - 48
47	X-RAY DIFFRACTION	47	D	49 - 61
48	X-RAY DIFFRACTION	48	D	62 - 66
49	X-RAY DIFFRACTION	49	D	67 - 80
50	X-RAY DIFFRACTION	50	D	81 - 86
51	X-RAY DIFFRACTION	51	D	87 - 99
52	X-RAY DIFFRACTION	52	D	100 - 109
53	X-RAY DIFFRACTION	53	D	110 - 130
54	X-RAY DIFFRACTION	54	D	131 - 137
55	X-RAY DIFFRACTION	55	D	138 - 153
56	X-RAY DIFFRACTION	56	D	154 - 173
57	X-RAY DIFFRACTION	57	D	174 - 186
58	X-RAY DIFFRACTION	58	D	187 - 197
59	X-RAY DIFFRACTION	59	D	198 - 207
60	X-RAY DIFFRACTION	60	D	208 - 211

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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