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万見
- PDB-6er1: Crystal structure of BTB-domain of CP190 from D.melanogaster at h... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6er1
タイトルCrystal structure of BTB-domain of CP190 from D.melanogaster at high resolution
要素Centrosome-associated zinc finger protein CP190
キーワードTRANSCRIPTION / Architectural protein / insulator / BTB-domain / CP190 / chromosome
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear axial expansion / chromatin insulator sequence binding / heterochromatin boundary formation / polytene chromosome band / POZ domain binding / polytene chromosome / chromatin looping / pericentriolar material / regulation of cytoskeleton organization / condensed chromosome ...nuclear axial expansion / chromatin insulator sequence binding / heterochromatin boundary formation / polytene chromosome band / POZ domain binding / polytene chromosome / chromatin looping / pericentriolar material / regulation of cytoskeleton organization / condensed chromosome / spindle microtubule / microtubule binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / centrosome / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / DNA binding / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / SKP1/BTB/POZ domain superfamily ...Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Centrosome-associated zinc finger protein Cp190
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Boyko, K.M. / Nikolaeva, A.Y. / Bonchuk, A.N. / Kachalova, G.S. / Georgiev, P.G. / Popov, V.O.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号国
Ministry of Education and Science of the Russian Federation14.616.21.0066 ロシア
引用ジャーナル: Crystallography Reports / 年: 2017
タイトル: Purification, Isolation, Crystallization, and Preliminary X-ray Diffraction Study of the BTB Domain of the Centrosomal Protein 190 from Drosophila Melanogaster
著者: Boyko, K.M. / Nikolaeva, A.Y. / Kachalova, G.S. / Bonchuk, A.N. / Popov, V.O.
履歴
登録2017年10月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Centrosome-associated zinc finger protein CP190
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3732
ポリマ－15,2781
非ポリマー951
水2,252125
1
A: Centrosome-associated zinc finger protein CP190
ヘテロ分子

A: Centrosome-associated zinc finger protein CP190
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7454
ポリマ－30,5552
非ポリマー1902
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_554x-y,-y,-z-2/31
Buried area3640 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area13180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.940, 84.940, 40.400
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-320-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Centrosome-associated zinc finger protein CP190 / Protein enhancer of mod(mdg4)4-1 / dMAP190


分子量: 15277.722 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Cp190, E(mod)4-1, CG6384 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q24478
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: liquid diffusion
詳細: 0.1M HEPES pH 7.5; 0.8M Ammonium phosphate monobasic; 0.8 Potassium phosphate monobasic

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1,0
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
201
反射解像度: 1.4→73.56 Å / Num. obs: 32673 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 4.1 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 99.9

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all
1.4-1.424.20.58116390.8160.3180.664
7.67-73.564.30.072380.9790.0390.08

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC精密化
HKL-2000データ収集
Aimlessデータスケーリング
MOLREPモデル構築
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
MOSFLMデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4U77

4u77


解像度: 1.4→73.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 1.983 / SU ML: 0.035 / SU R Cruickshank DPI: 0.0492 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.049 / ESU R Free: 0.05
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1807 1539 4.7 %RANDOM
Rwork0.1459 ---
obs0.1476 31116 98.04 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 79.96 Å2 / Biso mean: 22.265 Å2 / Biso min: 10.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.8 Å2-0.4 Å2-0 Å2
2---0.8 Å20 Å2
3---2.6 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.4→73.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数988 0 5 125 1118
Biso mean--24.5 36.99 -
残基数----121
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0191040
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021024
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9081.9671403
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.34732357
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3195120
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.95225.47253
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.54315205
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.788154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.2162
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021141
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02239
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.60432064
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free38.515538
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded17.40352137
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.436 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 122 -
Rwork0.225 2308 -
all-2430 -
obs--99.75 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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