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- PDB-6epm: Ras guanine nucleotide exchange factor SOS1 (Rem-cdc25) in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6epm
タイトルRas guanine nucleotide exchange factor SOS1 (Rem-cdc25) in complex with KRAS(G12C) and fragment screening hit F1
要素
  • GTPase KRas
  • Son of sevenless homolog 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / Guanine nucleotide exchange factor / GEF / Fragment Screen / GTPASE
機能・相同性
機能・相同性情報


midbrain morphogenesis / regulation of pro-B cell differentiation / vitellogenesis / pericardium morphogenesis / cardiac atrium morphogenesis / heart trabecula morphogenesis / regulation of T cell differentiation in thymus / GTPase complex / positive regulation of small GTPase mediated signal transduction / Interleukin-15 signaling ...midbrain morphogenesis / regulation of pro-B cell differentiation / vitellogenesis / pericardium morphogenesis / cardiac atrium morphogenesis / heart trabecula morphogenesis / regulation of T cell differentiation in thymus / GTPase complex / positive regulation of small GTPase mediated signal transduction / Interleukin-15 signaling / Activation of RAC1 / blood vessel morphogenesis / forebrain astrocyte development / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of epithelial cell differentiation / regulation of synaptic transmission, GABAergic / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / Regulation of KIT signaling / epidermal growth factor receptor binding / type I pneumocyte differentiation / leukocyte migration / regulation of T cell proliferation / NRAGE signals death through JNK / roof of mouth development / Rac protein signal transduction / eyelid development in camera-type eye / skeletal muscle cell differentiation / positive regulation of Rac protein signal transduction / Signaling by RAS GAP mutants / Signaling by RAS GTPase mutants / Activation of RAS in B cells / Fc-epsilon receptor signaling pathway / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / B cell homeostasis / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / RAS signaling downstream of NF1 loss-of-function variants / RUNX3 regulates p14-ARF / SOS-mediated signalling / RET signaling / Activated NTRK3 signals through RAS / Activated NTRK2 signals through RAS / hair follicle development / SHC1 events in ERBB4 signaling / Signalling to RAS / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / SHC-related events triggered by IGF1R / glial cell proliferation / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Signal attenuation / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / Interleukin receptor SHC signaling / SHC-mediated cascade:FGFR3 / MET activates RAS signaling / Schwann cell development / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / SHC-mediated cascade:FGFR2 / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / SHC-mediated cascade:FGFR4 / Signaling by FGFR4 in disease / SHC-mediated cascade:FGFR1 / Erythropoietin activates RAS / protein-membrane adaptor activity / FRS-mediated FGFR3 signaling / Signaling by CSF3 (G-CSF) / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / positive regulation of glial cell proliferation / homeostasis of number of cells within a tissue / FRS-mediated FGFR2 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / Signaling by FGFR3 in disease / p38MAPK events / Tie2 Signaling / FRS-mediated FGFR1 signaling / Signaling by FGFR2 in disease / striated muscle cell differentiation / GRB2 events in EGFR signaling / SHC1 events in EGFR signaling / RAC1 GTPase cycle / EGFR Transactivation by Gastrin / Signaling by FLT3 fusion proteins / FLT3 Signaling / myelination / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / Signaling by FGFR1 in disease / GRB2 events in ERBB2 signaling / NCAM signaling for neurite out-growth / CD209 (DC-SIGN) signaling / SHC1 events in ERBB2 signaling / Downstream signal transduction / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / FCERI mediated Ca+2 mobilization / Insulin receptor signalling cascade / GTPase activator activity / guanyl-nucleotide exchange factor activity / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / small monomeric GTPase / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / G protein activity
類似検索 - 分子機能
Son of sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 1 / Son of sevenless (SoS) protein Chain: S domain 1 / Son of Sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 2 / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain / Ras guanine-nucleotide exchange factor, conserved site / Ras Guanine-nucleotide exchange factors domain signature. / RasGEF N-terminal motif / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like GTPases; N-terminal motif / Ras-like guanine nucleotide exchange factor, N-terminal / Ras guanine-nucleotide exchange factors N-terminal domain profile. ...Son of sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 1 / Son of sevenless (SoS) protein Chain: S domain 1 / Son of Sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 2 / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain / Ras guanine-nucleotide exchange factor, conserved site / Ras Guanine-nucleotide exchange factors domain signature. / RasGEF N-terminal motif / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like GTPases; N-terminal motif / Ras-like guanine nucleotide exchange factor, N-terminal / Ras guanine-nucleotide exchange factors N-terminal domain profile. / Ras-like guanine nucleotide exchange factor / Ras guanine-nucleotide exchange factor, catalytic domain superfamily / Ras guanine nucleotide exchange factor domain superfamily / RasGEF domain / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain profile. / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like small GTPases / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / Small GTPase, Ras-type / small GTPase Ras family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Histone-fold / Small GTP-binding protein domain / PH-like domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BQ5 / GTPase KRas / Son of sevenless homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Hillig, R.C. / Moosmayer, D. / Hilpmann, A. / Bader, B. / Schroeder, J. / Wortmann, L. / Sautier, B. / Kahmann, J. / Wegener, D. / Briem, H. ...Hillig, R.C. / Moosmayer, D. / Hilpmann, A. / Bader, B. / Schroeder, J. / Wortmann, L. / Sautier, B. / Kahmann, J. / Wegener, D. / Briem, H. / Petersen, K. / Badock, V.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2019
タイトル: Discovery of potent SOS1 inhibitors that block RAS activation via disruption of the RAS-SOS1 interaction.
著者: Hillig, R.C. / Sautier, B. / Schroeder, J. / Moosmayer, D. / Hilpmann, A. / Stegmann, C.M. / Werbeck, N.D. / Briem, H. / Boemer, U. / Weiske, J. / Badock, V. / Mastouri, J. / Petersen, K. / ...著者: Hillig, R.C. / Sautier, B. / Schroeder, J. / Moosmayer, D. / Hilpmann, A. / Stegmann, C.M. / Werbeck, N.D. / Briem, H. / Boemer, U. / Weiske, J. / Badock, V. / Mastouri, J. / Petersen, K. / Siemeister, G. / Kahmann, J.D. / Wegener, D. / Bohnke, N. / Eis, K. / Graham, K. / Wortmann, L. / von Nussbaum, F. / Bader, B.
履歴
登録2017年10月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
R: GTPase KRas
S: Son of sevenless homolog 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,7964
ポリマ－76,4902
非ポリマー3052
水4,143230
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3540 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area30310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)150.223, 150.223, 200.471
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

#1: タンパク質 GTPase KRas / K-Ras 2 / Ki-Ras / c-K-ras / c-Ki-ras


分子量: 19386.850 Da / 分子数: 1 / 変異: G12C, C118S, D126E, T127S, K128R / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-terminal Gly (position -1 compared to UniProt entry) is a cloning artifact
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KRAS, KRAS2, RASK2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01116
#2: タンパク質 Son of sevenless homolog 1 / SOS-1


分子量: 57103.285 Da / 分子数: 1 / 変異: K563G / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Mutation K563G is a cloning artifact. / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SOS1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07889
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-BQ5 / (1-phenyl-5,6-dihydro-4~{H}-cyclopenta[c]pyrazol-3-yl)methanamine


分子量: 213.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H15N3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 230 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.75 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Drops made from KRAS SOS1 complex (14.4 mg/ml in 5 mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl) and reservoir solution (2.9 to 3.4 M sodium formate, 100 mM MES pH 6.5). Fragment soaked at 25 mM for one day ...詳細: Drops made from KRAS SOS1 complex (14.4 mg/ml in 5 mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl) and reservoir solution (2.9 to 3.4 M sodium formate, 100 mM MES pH 6.5). Fragment soaked at 25 mM for one day using a 500 mM fragment stock solution in DMSO. Cryo buffer 0.1 M MES pH 6.5, 3.5 M sodium formate, 20 glycerol, 25 mM fragment

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918409 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→48.6 Å / Num. obs: 39718 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 50.5 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.118 / Rsym value: 0.111 / Net I/σ(I): 17.5
反射 シェル解像度: 2.5→2.65 Å / 冗長度: 8.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 6159 / CC1/2: 0.771 / Rrim(I) all: 1 / Rsym value: 0.943 / % possible all: 97.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSVERSION February 3, 2010データ削減
XDSVERSION February 3, 2010データスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 1BKD

1bkd


解像度: 2.5→48.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 13.915 / SU ML: 0.153 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.271 / ESU R Free: 0.205 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21088 1986 5 %RANDOM
Rwork0.17974 ---
obs0.1813 37731 99.46 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 55.725 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.08 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.08 Å2-0 Å2
3----0.17 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.5→48.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5193 0 22 230 5445
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0195396
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025052
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3231.9677297
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9593.00111737
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7775639
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.35923.801271
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.47215995
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.0461545
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2793
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0215889
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021100
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.7813.6892544
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.7623.6862543
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.1018.2613181
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.1018.2673182
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.4784.1412852
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.4774.1422853
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.1169.0324115
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined10.01244.7736000
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other10.01144.7786001
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.499→2.564 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.353 136 -
Rwork0.331 2591 -
obs--93.74 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.51650.21470.03723.2646-0.30311.96770.02140.07570.0678-0.0768-0.0293-0.1232-0.1410.33810.00780.0597-0.0390.04630.0963-0.01310.0465178.918141.185262.175
24.30990.5293-1.20022.11330.43643.5499-0.2050.6989-0.3589-0.5332-0.0596-0.03880.1665-0.35920.26460.27960.06330.03270.2396-0.08720.0469162.685118.921226.008
30.7809-0.10520.23461.032-0.48532.6119-0.003-0.052-0.05710.00290.0173-0.0130.30480.0427-0.01430.07620.03710.00420.0564-0.0090.0147172.452115.756268.224
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1R1 - 167
2X-RAY DIFFRACTION2S568 - 743
3X-RAY DIFFRACTION3S752 - 1044

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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