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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6eoz | ||||||
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タイトル | Fe(II)/(alpha)ketoglutarate-dependent dioxygenase AsqJ_V72K mutant in complex with cyclopeptin (1b) | ||||||
![]() | Iron/alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase asqJ | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Antibiotics / Quinolone Biosynthesis / Molecular Engineering / Desaturase / Catalytic Mechanism / Mutagenesis / pi-stacking | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Groll, M. / Braeuer, A. / Kaila, V.R.I. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Catalytic mechanism and molecular engineering of quinolone biosynthesis in dioxygenase AsqJ. 著者: Mader, S.L. / Brauer, A. / Groll, M. / Kaila, V.R.I. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 139.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 107.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34008.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: asqJ, AN9227 / プラスミド: pET28b(+) / 詳細 (発現宿主): Cleavable SUMO-fusion tag / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q5AR53, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する |
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#2: 化合物 | ChemComp-NI / |
#3: 化合物 | ChemComp-AKG / |
#4: 化合物 | ChemComp-58K / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.85 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 100 mM TRIS/HCl, 1 M LiBr, 27% PEG 6000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 42404 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 4.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Rpim(I) all: 0.047 / Net I/σ(I): 15.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.55→1.65 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.493 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / CC1/2: 0.898 / Rpim(I) all: 0.555 / % possible all: 98.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5DAP 解像度: 1.55→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / SU B: 2.797 / SU ML: 0.044 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.081 / ESU R Free: 0.065 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.82 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.55→15 Å
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拘束条件 |
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