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- PDB-6eom: Structure of DPP III from Caldithrix abyssi -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6eom
タイトルStructure of DPP III from Caldithrix abyssi
要素MutT/NUDIX family protein
キーワードHYDROLASE / Caldithrix abyssi / Metallopeptidase / Dipeptidyl peptidase III / DPP III / Zinc-Hydrolase
機能・相同性Peptidase family M49 / Peptidase family M49 / hydrolase activity / metal ion binding / ALANINE / LYSINE / MutT/NUDIX family protein
機能・相同性情報
生物種Caldithrix abyssi DSM 13497 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.103 Å
データ登録者Sabljic, I.
資金援助 クロアチア, 1件
組織認可番号国
Croatian Science Foundation7235 クロアチア
引用ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2018
タイトル: The first dipeptidyl peptidase III from a thermophile: Structural basis for thermal stability and reduced activity.
著者: Sabljic, I. / Tomin, M. / Matovina, M. / Sucec, I. / Tomasic Paic, A. / Tomic, A. / Abramic, M. / Tomic, S.
履歴
登録2017年10月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MutT/NUDIX family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,9958
ポリマ－65,5111
非ポリマー4847
水6,035335
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area740 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area22080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.472, 90.549, 132.973
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 MutT/NUDIX family protein / Peptidase family M49


分子量: 65511.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caldithrix abyssi DSM 13497 (バクテリア)
遺伝子: Cabys_2252, Calab_3349 / プラスミド: pET-21a(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: H1XW48

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非ポリマー , 7種, 342分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-ALA / ALANINE / アラニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 89.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2
#6: 化合物 ChemComp-LYS / LYSINE / 2-アンモニオ-2-デアミノ-L-リシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N2O2
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 335 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.02 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 25% PEG 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1.2705 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月3日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2705 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→48 Å / Num. obs: 36965 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.7 % / Biso Wilson estimate: 29.44 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.124 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.1-2.168.30.81929540.9030.2980.87398.4
8.92-47.998.20.0375680.9990.0140.0499.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.5.17データスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Se-Met labeled protein solved using MAD metode

解像度: 2.103→48 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.42
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2398 1858 5.04 %
Rwork0.2097 --
obs0.2113 36872 99.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 89.93 Å2 / Biso mean: 38.3051 Å2 / Biso min: 19.87 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.103→48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4223 0 26 335 4584
Biso mean--44.19 41.01 -
残基数----524
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034386
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4485911
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039632
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004774
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.792660
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1025-2.15940.35281490.29482602275198
2.1594-2.22290.31871300.272126502780100
2.2229-2.29470.35831580.27126432801100
2.2947-2.37670.27711320.249726892821100
2.3767-2.47180.31061430.256626462789100
2.4718-2.58430.27381330.247926912824100
2.5843-2.72050.2961440.242826682812100
2.7205-2.8910.26661170.238426942811100
2.891-3.11420.29061330.234327012834100
3.1142-3.42750.27381650.214926912856100
3.4275-3.92320.24591220.185427382860100
3.9232-4.94210.15761550.15727342889100
4.9421-48.01380.18041770.17828673044100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.74170.36110.13941.51980.49281.307-0.01970.0197-0.0309-0.12070.003-0.06590.02350.02120.01340.27130.00120.05550.22350.05270.37454.69515.8159-33.5787
20.4273-1.18131.28713.2256-3.53253.8057-0.0330.03090.16730.1194-0.1916-0.4549-0.11430.30410.17850.2315-0.03080.00630.28270.00210.42058.48713.2078-12.0325
33.0007-1.42130.0471.8887-0.15220.85230.01870.0690.1658-0.01210.01350.0304-0.0275-0.1083-0.03420.2052-0.03110.02750.2630.04290.3072-4.656-9.2353-6.526
46.66765.3244-2.44274.2765-2.15622.5937-0.40070.098-0.043-0.51720.2461-0.21580.2403-0.0290.15960.270.03490.05740.30270.01980.3604-8.777114.5112-24.524
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and ((resseq 32:250))A32 - 250
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and ((resseq 251:342))A251 - 342
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and ((resseq 343:540))A343 - 540
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and ((resseq 541:555))A541 - 555

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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