PDB-6eod: Structure of Reductive Aminase from Aspergillus terreus in comple...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6eod

タイトル

Structure of Reductive Aminase from Aspergillus terreus in complex with NADPH

要素

Reductive Aminase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Amine / Imine / NADPH

機能・相同性

機能・相同性情報

3-hydroxybutyrate dehydrogenase activity / methylated histone binding / NADP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Aspergillus terreus (カビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Sharma, M. / Mangas-Sanchez, J. / Turner, N.J. / Grogan, G.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2018
タイトル: A Mechanism for Reductive Amination Catalyzed by Fungal Reductive Aminases
著者: Sharma, M. / Mangas-Sanchez, J. / Turner, N.J. / Grogan, G.

履歴

登録	2017年10月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年10月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年11月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6eod.cif.gz	417.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6eod.ent.gz	338.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6eod.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6eod_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6eod_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	6eod_validation.xml.gz	85.2 KB	表示
CIF形式データ	6eod_validation.cif.gz	119.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eo/6eod ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eo/6eod	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6eohC 6eoiC 5g6rS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3o8q-d 5a9r-1 2pv7-d 4o8k-d 1zp2-2 3pgj-2 3mtv-1 4gbj-2 3cky-2 1kap-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Reductive Aminase

B: Reductive Aminase

C: Reductive Aminase

D: Reductive Aminase

F: Reductive Aminase

G: Reductive Aminase

E: Reductive Aminase

H: Reductive Aminase

ヘテロ分子

248 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Reductive Aminase

H: Reductive Aminase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
62.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Reductive Aminase

G: Reductive Aminase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
62.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Reductive Aminase

D: Reductive Aminase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
62.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

F: Reductive Aminase

E: Reductive Aminase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
61.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.977, 85.552, 355.423
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ARG	ARG	A	A	6 - 294	6 - 294
2	1	ARG	ARG	B	B	6 - 294	6 - 294
1	2	ARG	ARG	A	A	7 - 294	7 - 294
2	2	ARG	ARG	C	C	7 - 294	7 - 294
1	3	ARG	ARG	A	A	6 - 294	6 - 294
2	3	ARG	ARG	D	D	6 - 294	6 - 294
1	4	PHE	PHE	A	A	7 - 293	7 - 293
2	4	PHE	PHE	F	E	7 - 293	7 - 293
1	5	ARG	ARG	A	A	11 - 294	11 - 294
2	5	ARG	ARG	G	F	11 - 294	11 - 294
1	6	ARG	ARG	A	A	6 - 294	6 - 294
2	6	ARG	ARG	E	G	6 - 294	6 - 294
1	7	ARG	ARG	A	A	6 - 294	6 - 294
2	7	ARG	ARG	H	H	6 - 294	6 - 294
1	8	ARG	ARG	B	B	7 - 294	7 - 294
2	8	ARG	ARG	C	C	7 - 294	7 - 294
1	9	ARG	ARG	B	B	6 - 294	6 - 294
2	9	ARG	ARG	D	D	6 - 294	6 - 294
1	10	PHE	PHE	B	B	7 - 293	7 - 293
2	10	PHE	PHE	F	E	7 - 293	7 - 293
1	11	ARG	ARG	B	B	11 - 294	11 - 294
2	11	ARG	ARG	G	F	11 - 294	11 - 294
1	12	ARG	ARG	B	B	6 - 294	6 - 294
2	12	ARG	ARG	E	G	6 - 294	6 - 294
1	13	ARG	ARG	B	B	6 - 294	6 - 294
2	13	ARG	ARG	H	H	6 - 294	6 - 294
1	14	ARG	ARG	C	C	7 - 294	7 - 294
2	14	ARG	ARG	D	D	7 - 294	7 - 294
1	15	PHE	PHE	C	C	7 - 293	7 - 293
2	15	PHE	PHE	F	E	7 - 293	7 - 293
1	16	ARG	ARG	C	C	11 - 294	11 - 294
2	16	ARG	ARG	G	F	11 - 294	11 - 294
1	17	ARG	ARG	C	C	8 - 294	8 - 294
2	17	ARG	ARG	E	G	8 - 294	8 - 294
1	18	ARG	ARG	C	C	7 - 294	7 - 294
2	18	ARG	ARG	H	H	7 - 294	7 - 294
1	19	PHE	PHE	D	D	7 - 293	7 - 293
2	19	PHE	PHE	F	E	7 - 293	7 - 293
1	20	ARG	ARG	D	D	11 - 294	11 - 294
2	20	ARG	ARG	G	F	11 - 294	11 - 294
1	21	ASN	ASN	D	D	6 - 295	6 - 295
2	21	ASN	ASN	E	G	6 - 295	6 - 295
1	22	ASN	ASN	D	D	6 - 295	6 - 295
2	22	ASN	ASN	H	H	6 - 295	6 - 295
1	23	PHE	PHE	F	E	11 - 293	11 - 293
2	23	PHE	PHE	G	F	11 - 293	11 - 293
1	24	PHE	PHE	F	E	8 - 293	8 - 293
2	24	PHE	PHE	E	G	8 - 293	8 - 293
1	25	PHE	PHE	F	E	7 - 293	7 - 293
2	25	PHE	PHE	H	H	7 - 293	7 - 293
1	26	ARG	ARG	G	F	11 - 294	11 - 294
2	26	ARG	ARG	E	G	11 - 294	11 - 294
1	27	ARG	ARG	G	F	11 - 294	11 - 294
2	27	ARG	ARG	H	H	11 - 294	11 - 294
1	28	ASN	ASN	E	G	6 - 295	6 - 295
2	28	ASN	ASN	H	H	6 - 295	6 - 295

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Reductive Aminase 分子量: 30756.084 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus terreus (カビ) / 遺伝子: ATEG_08501 / プラスミド: pET-YSBLIC-3C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0CCT3
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 823 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 31% (w/v) PEG 3350; 0.2 M MgCl2, 0.1 M Tris HCl pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 120 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→177.71 Å / Num. obs: 118787 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.1 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.1 / R_pim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 13.2
反射シェル	解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 8.3 % / R_merge(I) obs: 0.73 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 5820 / CC_1/2: 0.83 / R_pim(I) all: 0.4 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
xia2		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5G6R

5g6r

解像度: 2.2→177.71 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 6.117 / SU ML: 0.151 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.266 / ESU R Free: 0.203 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23581	5951	5 %	RANDOM
R_work	0.19848	-	-	-
obs	0.20035	112724	99.96 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.387 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.89 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.8 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.69 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.2→177.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15643	0	144	823	16610

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.019	16066
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	14931
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.748	1.983	21906
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.067	3	34271
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.222	5	2194
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.597	23.385	520
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.144	15	2276
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.559	15	79
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.12	0.2	2643
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	18250
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3192
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.845	4.212	8842
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.844	4.212	8841
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.448	6.293	11005
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.448	6.293	11006
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.451	4.404	7224
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.451	4.403	7225
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.428	6.512	10899
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	8.254	50.43	17672
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	8.243	50.359	17533
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	16522	0.07
1	2	B	16522	0.07
2	1	A	16136	0.07
2	2	C	16136	0.07
3	1	A	16054	0.07
3	2	D	16054	0.07
4	1	A	13762	0.08
4	2	F	13762	0.08
5	1	A	14072	0.09
5	2	G	14072	0.09
6	1	A	16068	0.07
6	2	E	16068	0.07
7	1	A	15994	0.09
7	2	H	15994	0.09
8	1	B	16188	0.07
8	2	C	16188	0.07
9	1	B	15968	0.08
9	2	D	15968	0.08
10	1	B	13694	0.08
10	2	F	13694	0.08
11	1	B	14032	0.08
11	2	G	14032	0.08
12	1	B	16040	0.07
12	2	E	16040	0.07
13	1	B	16070	0.09
13	2	H	16070	0.09
14	1	C	15914	0.08
14	2	D	15914	0.08
15	1	C	13542	0.08
15	2	F	13542	0.08
16	1	C	14022	0.07
16	2	G	14022	0.07
17	1	C	15722	0.07
17	2	E	15722	0.07
18	1	C	15704	0.08
18	2	H	15704	0.08
19	1	D	13648	0.08
19	2	F	13648	0.08
20	1	D	14214	0.08
20	2	G	14214	0.08
21	1	D	16072	0.06
21	2	E	16072	0.06
22	1	D	16000	0.07
22	2	H	16000	0.07
23	1	F	12798	0.09
23	2	G	12798	0.09
24	1	F	13670	0.07
24	2	E	13670	0.07
25	1	F	13744	0.08
25	2	H	13744	0.08
26	1	G	14120	0.08
26	2	E	14120	0.08
27	1	G	14272	0.08
27	2	H	14272	0.08
28	1	E	16138	0.07
28	2	H	16138	0.07

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.302	462	-
R_work	0.259	8194	-
obs	-	-	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)