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- PDB-6ene: OmpF orthologue from Enterobacter cloacae (OmpE35) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ene
タイトルOmpF orthologue from Enterobacter cloacae (OmpE35)
要素Outer membrane protein (Porin)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Porine OmpF-orthologue / Outer Membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


porin activity / pore complex / cell outer membrane / monoatomic ion transmembrane transport
類似検索 - 分子機能
Porin, gammaproteobacterial / Porin, Gram-negative type, conserved site / General diffusion Gram-negative porins signature. / Gram-negative porin / Porin domain, Gram-negative type / Porin, Gram-negative type / Porin / : / Porin domain superfamily / Porin ...Porin, gammaproteobacterial / Porin, Gram-negative type, conserved site / General diffusion Gram-negative porins signature. / Gram-negative porin / Porin domain, Gram-negative type / Porin, Gram-negative type / Porin / : / Porin domain superfamily / Porin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer membrane protein (Porin)
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacter cloacae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者van den Berg, B. / Abellon-Ruiz, J. / Basle, A.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
European Union 7th Framework Programme115525 英国
引用ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2018
タイトル: Getting Drugs into Gram-Negative Bacteria: Rational Rules for Permeation through General Porins.
著者: Acosta-Gutierrez, S. / Ferrara, L. / Pathania, M. / Masi, M. / Wang, J. / Bodrenko, I. / Zahn, M. / Winterhalter, M. / Stavenger, R.A. / Pages, J.M. / Naismith, J.H. / van den Berg, B. / ...著者: Acosta-Gutierrez, S. / Ferrara, L. / Pathania, M. / Masi, M. / Wang, J. / Bodrenko, I. / Zahn, M. / Winterhalter, M. / Stavenger, R.A. / Pages, J.M. / Naismith, J.H. / van den Berg, B. / Page, M.G.P. / Ceccarelli, M.
履歴
登録2017年10月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene ..._entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
改定 1.22019年11月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer membrane protein (Porin)
B: Outer membrane protein (Porin)
C: Outer membrane protein (Porin)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,67717
ポリマ－108,8743
非ポリマー2,80314
水3,387188
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12860 Å2
ΔGint-103 kcal/mol
Surface area41080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)137.548, 187.253, 122.957
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Outer membrane protein (Porin)


分子量: 36291.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacter cloacae (バクテリア)
遺伝子: ompF, NCTC10005_05711 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0M7H8A9
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#4: 化合物
ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / テトラエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル


分子量: 306.438 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O5 / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.17 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.05M Citric Acid 0.1M Lithium sulfate 0.05M Sodium phosphate dibasic 19% PEG 1000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→46.81 Å / Num. obs: 70576 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.6 % / CC1/2: 0.99 / Rpim(I) all: 0.03 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 2.3→2.35 Å / 冗長度: 7.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 4485 / CC1/2: 0.63 / Rpim(I) all: 0.56 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ZFG

2zfg


解像度: 2.3→45.835 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.47
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2468 3630 5.15 %
Rwork0.206 --
obs0.2081 70510 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→45.835 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7710 0 114 188 8012
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0158005
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.40510792
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.2366188
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0771064
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081445
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.33030.33781340.29752557X-RAY DIFFRACTION100
2.3303-2.36220.34221170.29222560X-RAY DIFFRACTION100
2.3622-2.39590.31681350.27152527X-RAY DIFFRACTION100
2.3959-2.43170.34381500.25932570X-RAY DIFFRACTION100
2.4317-2.46970.29851330.25732529X-RAY DIFFRACTION100
2.4697-2.51020.29941440.24822529X-RAY DIFFRACTION100
2.5102-2.55350.27551230.22992582X-RAY DIFFRACTION100
2.5535-2.59990.29771430.22662564X-RAY DIFFRACTION100
2.5999-2.64990.29691250.23072536X-RAY DIFFRACTION100
2.6499-2.7040.30061500.22292560X-RAY DIFFRACTION100
2.704-2.76280.27931290.21862574X-RAY DIFFRACTION100
2.7628-2.8270.29521480.23072544X-RAY DIFFRACTION100
2.827-2.89770.28361260.22932559X-RAY DIFFRACTION100
2.8977-2.9760.27571560.23462550X-RAY DIFFRACTION100
2.976-3.06360.29421260.23192588X-RAY DIFFRACTION100
3.0636-3.16240.29651380.22462532X-RAY DIFFRACTION100
3.1624-3.27540.28461520.21422570X-RAY DIFFRACTION100
3.2754-3.40650.22991480.2092551X-RAY DIFFRACTION100
3.4065-3.56150.25781440.19672567X-RAY DIFFRACTION100
3.5615-3.74920.20441280.1952620X-RAY DIFFRACTION100
3.7492-3.9840.20131240.19252585X-RAY DIFFRACTION100
3.984-4.29140.20891550.18592585X-RAY DIFFRACTION100
4.2914-4.72290.22531740.15872555X-RAY DIFFRACTION100
4.7229-5.40530.21751340.17452617X-RAY DIFFRACTION100
5.4053-6.80660.21441470.19332649X-RAY DIFFRACTION100
6.8066-45.8440.23751470.22032720X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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