PDB-6ena: Nemertide alpha-1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ena

タイトル

Nemertide alpha-1

要素

Nemertide alpha-1

キーワード

TOXIN / Nemertea / Lineus Longissimus / inhibitor cystine knot

機能・相同性

Omega-conotoxin family signature. / sodium channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / Nemertide alpha-1

機能・相同性情報

生物種

Lineus longissimus (無脊椎動物)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Jacobsson, E. / Rosengren, K.J. / Goransson, U.

資金援助

スウェーデン,

オーストラリア, 2件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: Lineus longissimus, the longest animal on earth, expresses peptide toxins targeting voltage gated sodium channels
著者: Jacobsson, E. / Andersson, H.S. / Strand, M. / Peigneur, S. / Eriksson, C. / Loden, H. / Shariatgorji, M. / Andren, P.E. / Lebbe, K.M. / Rosengren, K.J. / Tytgat, J. / Goransson, U.

履歴

登録	2017年10月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年3月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年5月8日	Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.2	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ena.cif.gz	169.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ena.ent.gz	143.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ena.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ena_validation.pdf.gz	519.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ena_full_validation.pdf.gz	589.7 KB	表示
XML形式データ	6ena_validation.xml.gz	15.3 KB	表示
CIF形式データ	6ena_validation.cif.gz	23.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/en/6ena ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/en/6ena	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6gft-d 1g1z-d 2jtb-d 4mzz-2 1v4q-d 1qk6-d 2ljs-d 2mva-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 34183Nemertide alpha-1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Nemertide alpha-1

3.32 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 50	lowest MolProbity score
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Nemertide alpha-1 分子量: 3318.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Lineus longissimus (無脊椎動物) / 参照: UniProt: A0A384E137*PLUS

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
2	1	1	isotropic	1	2D 1H-1H NOESY
3	2	2	isotropic	1	2D 1H-13C HSQC
2	3	1	isotropic	1	2D 1H-15N HSQC
2	4	1	isotropic	1	2D 1H-1H TOCSY
3	5	2	isotropic	1	2D 1H-1H TOCSY
3	6	2	isotropic	1	2D 1H-1H NOESY
3	7	2	isotropic	1	2D 1H-1H ECOSY

-
試料調製

詳細

タイプ	Solution-ID	内容	Label	溶媒系
solution	1	3 mg/mL Nemertide alpha-1, 90% H2O/10% D2O	Nermertide alpha-1 (H2O)	90% H2O/10% D2O
solution	2	3 mg/mL Nemertide alpha-1, 100% D2O	Nemertide alpha-1 (D2O)	100% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
3 mg/mL	Nemertide alpha-1	natural abundance	1
3 mg/mL	Nemertide alpha-1	natural abundance	2

試料状態

Conditions-ID	イオン強度	Label	pH	PH err	圧 (kPa)	温度 (K)
2	0 mM	H2O	4.1	0.1	ambient atm	298 K
3	0 mM	D2O	4.1	0.2	ambient atm	298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz / 詳細: cryoprobe

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CNS	1.2	Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read	精密化
CYANA	3.97	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	structure calculation
CARA		Keller and Wuthrich	chemical shift assignment
CARA		Keller and Wuthrich	peak picking
TopSpin	2.1	Bruker Biospin	collection

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: Initial structures were calculated using torsion angle dynamics and the structures were subsequently refined and energy minimised using cartesian dynamics in explicit solvent. Protocols from ...

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: lowest MolProbity score
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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