[日本語] English
万見
- PDB-6elv: Recombinantly expressed C-terminal domain of MdPPO1 (Csole-domain) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6elv
タイトルRecombinantly expressed C-terminal domain of MdPPO1 (Csole-domain)
要素Polyphenol oxidase, chloroplastic
キーワードOXIDOREDUCTASE / polyphenol oxidase / tyrosinase / C-temrinal domain / autolysis
機能・相同性
機能・相同性情報


catechol oxidase / pigment biosynthetic process / catechol oxidase activity / chloroplast thylakoid lumen / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Polyphenol oxidase / Polyphenol oxidase, C-terminal / Protein of unknown function (DUF_B2219) / Polyphenol oxidase, central domain / Polyphenol oxidase middle domain / : / Tyrosinase CuA-binding region signature. / Common central domain of tyrosinase / Tyrosinase and hemocyanins CuB-binding region signature. / Tyrosinase copper-binding domain / Di-copper centre-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Polyphenol oxidase, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Malus domestica (リンゴ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.05 Å
データ登録者Kampatsikas, I. / Bijelic, A. / Pretzler, M. / Rompel, A.
資金援助 オーストリア, 2件
組織認可番号国
Austrian Science FundP25217 オーストリア
Austrian Science FundP29144 オーストリア
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2019
タイトル: A Peptide-Induced Self-Cleavage Reaction Initiates the Activation of Tyrosinase.
著者: Kampatsikas, I. / Bijelic, A. / Pretzler, M. / Rompel, A.
履歴
登録2017年9月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月24日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年5月29日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Polyphenol oxidase, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8373
ポリマ－15,7611
非ポリマー762
水4,197233
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area250 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area7690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.130, 50.100, 50.540
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Polyphenol oxidase, chloroplastic / Catechol oxidase


分子量: 15761.013 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Malus domestica (リンゴ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P43309*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 15 mg/ml, 100 mM TRIS-HCl pH 8.25, 13 % PEG8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9724 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9724 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.05→50.54 Å / Num. obs: 51007 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 11.3 % / Rpim(I) all: 0.05785 / Rrim(I) all: 0.016 / Net I/σ(I): 20.85
反射 シェル解像度: 1.05→1.08 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.549 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 3333 / Rpim(I) all: 0.5716 / Rrim(I) all: 0.248 / % possible all: 54

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: latent MdPPO1

解像度: 1.05→35.581 Å / SU ML: 0.07 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 14.51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1607 2551 5 %
Rwork0.1476 --
obs0.1482 51002 94.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.05→35.581 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1030 0 2 233 1265
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071066
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9871445
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3410
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.097172
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005185
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.05-1.07020.2371860.20881624X-RAY DIFFRACTION58
1.0702-1.0920.21051030.17941956X-RAY DIFFRACTION69
1.092-1.11580.19041180.14922252X-RAY DIFFRACTION80
1.1158-1.14170.13361340.12832539X-RAY DIFFRACTION90
1.1417-1.17030.14881450.12032748X-RAY DIFFRACTION97
1.1703-1.20190.14411490.11232839X-RAY DIFFRACTION100
1.2019-1.23730.13941480.11422807X-RAY DIFFRACTION100
1.2373-1.27730.14051500.11382862X-RAY DIFFRACTION100
1.2773-1.32290.1461490.11172818X-RAY DIFFRACTION100
1.3229-1.37590.14971490.11712844X-RAY DIFFRACTION100
1.3759-1.43850.15061500.11852839X-RAY DIFFRACTION100
1.4385-1.51430.14861490.12082839X-RAY DIFFRACTION100
1.5143-1.60920.13271510.12482869X-RAY DIFFRACTION100
1.6092-1.73350.15241510.1352868X-RAY DIFFRACTION100
1.7335-1.90790.16361510.14392855X-RAY DIFFRACTION100
1.9079-2.18390.14511520.14612906X-RAY DIFFRACTION100
2.1839-2.75140.2111540.17462921X-RAY DIFFRACTION100
2.7514-35.6010.15661620.16753065X-RAY DIFFRACTION100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る