PDB-6ekr: Crystal structure of Type IIP restriction endonuclease Kpn2I

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ekr

タイトル

Crystal structure of Type IIP restriction endonuclease Kpn2I

要素

Type ii site-specific deoxyribonuclease

キーワード

HYDROLASE / Restriction endonuclease / PD-(D/E)xK nuclease

機能・相同性

type II site-specific deoxyribonuclease / type II site-specific deoxyribonuclease activity / Type ii site-specific deoxyribonuclease

機能・相同性情報

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.88 Å

データ登録者

Tamulaitiene, G. / Manakova, E. / Grazulis, S. / Siksnys, V.

資金援助

リトアニア, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Type IIP restriction endonuclease PfoI with cognate DNA
著者: Tamulaitiene, G. / Manakova, E. / Jovaisaite, V. / Grazulis, S. / Siksnys, V.

履歴

登録	2017年9月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年10月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ekr.cif.gz	75.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ekr.ent.gz	56.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ekr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ek/6ekr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ek/6ekr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6j7c-1 4xzh-d 4c89-2 4lb0-d 5fcw-d 1xql-d 1og0-3 5dc6-d 2jbw-1 5v8e-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#8 - 2000年8月制限酵素 (Restriction Enzymes) 類似性 (1) #180 - 2014年12月 TALエフェクター (TAL Effectors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Type ii site-specific deoxyribonuclease

ヘテロ分子

36.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Type ii site-specific deoxyribonuclease

ヘテロ分子

A: Type ii site-specific deoxyribonuclease

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, gel filtration and similarity to homologous restriction enzymes support the dimeric assembly
73.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	134.794, 134.794, 134.794
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	199
Space group name H-M	I2₁3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-405- SO4
2	1	A-405- SO4
3	1	A-513- HOH

#1: タンパク質	Type ii site-specific deoxyribonuclease 分子量: 36375.191 Da / 分子数: 1 / 変異: K185A,K187A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 参照: UniProt: Q93K38, type II site-specific deoxyribonuclease
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.97 % / 解説: small cubic crystals (30-50 mkm)
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Crystallization buffer: 0.1M NaHepes pH7.5, 1.4M ammonium sulfate and glycerol 10%. Complex of Kpn2I with DNA was used at concentration 2-7.5mg/ml PH範囲: 6.5-7.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

PETRA III, EMBL c/o DESY

/ ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.98019,0.98029,0.97789

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月25日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.98019	1
2	0.98029	1
3	0.97789	1

反射

解像度: 2.88→95.31 Å / Num. obs: 9398 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 39.8 % / B_iso Wilson estimate: 62.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.116 / R_pim(I) all: 0.021 / R_rim(I) all: 0.134 / R_sym value: 0.116 / Net I/σ(I): 28.3

反射シェル

解像度: 2.88→3.04 Å / 冗長度: 34.6 % / R_merge(I) obs: 0.537 / Mean I/σ(I) obs: 7.3 / Num. unique obs: 1347 / R_pim(I) all: 0.093 / R_rim(I) all: 0.555 / R_sym value: 0.537 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
XDS		データ削減
SCALA	CCP4 6.2: Scala version 3.3.20 : 23/06/11	データスケーリング
Auto-Rickshaw		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.88→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.932 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.898 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.432 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26398	959	10.3 %	RANDOM
R_work	0.20944	-	-	-
obs	0.21498	8353	99.59 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 56.086 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.88→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2452	0	25	26	2503

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	2532
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.14	1.958	3427
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.586	5	302
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.43	23.525	122
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.262	15	429
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.796	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	368
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	1917
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	1150
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.315	0.2	1730
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.118	0.2	62
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.15	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.115	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.579	1.5	1510
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.081	2	2451
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.216	3	1022
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.941	4.5	976
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.882→2.955 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.432	65	-
R_work	0.274	612	-
obs	-	-	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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