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万見
- PDB-6ekk: Crystal structure of GEF domain of DENND 1A in complex with Rab G... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ekk
タイトルCrystal structure of GEF domain of DENND 1A in complex with Rab GTPase Rab35-GDP bound state.
要素
  • DENN domain-containing protein 1A
  • Ras-related protein Rab-35
キーワードTRANSCRIPTION / DENND1A- DENN domain-containing protein 1A RAB35- Ras-related protein Rab-35
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of Rab protein signal transduction / Rab protein signal transduction / plasma membrane to endosome transport / phosphatidylinositol phosphate binding / protein localization to endosome / clathrin-coated vesicle membrane / cell projection membrane / clathrin-coated endocytic vesicle / RAB geranylgeranylation / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs ...regulation of Rab protein signal transduction / Rab protein signal transduction / plasma membrane to endosome transport / phosphatidylinositol phosphate binding / protein localization to endosome / clathrin-coated vesicle membrane / cell projection membrane / clathrin-coated endocytic vesicle / RAB geranylgeranylation / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / endocytic recycling / TBC/RABGAPs / clathrin-coated vesicle / endosomal transport / intercellular bridge / antigen processing and presentation / synaptic vesicle endocytosis / mitotic cytokinesis / clathrin-coated pit / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / guanyl-nucleotide exchange factor activity / cellular response to nerve growth factor stimulus / positive regulation of GTPase activity / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / protein localization / small GTPase binding / SH3 domain binding / endocytosis / recycling endosome membrane / GDP binding / neuron projection development / melanosome / protein transport / presynaptic membrane / endosome membrane / intracellular membrane-bounded organelle / GTPase activity / neuronal cell body / dendrite / GTP binding / extracellular exosome / nucleoplasm / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
DENN domain-containing protein 1A/1B/1C / dDENN domain / uDENN domain / Rab35 / uDENN domain / Domain always found upstream of DENN domain, found in a variety of signalling proteins / cDENN domain / dDENN domain / DENN domain, C-terminal lobe / DENN (AEX-3) domain ...DENN domain-containing protein 1A/1B/1C / dDENN domain / uDENN domain / Rab35 / uDENN domain / Domain always found upstream of DENN domain, found in a variety of signalling proteins / cDENN domain / dDENN domain / DENN domain, C-terminal lobe / DENN (AEX-3) domain / Domain found in a variety of signalling proteins, always encircled by uDENN and dDENN / Domain always found downstream of DENN domain, found in a variety of signalling proteins / Tripartite DENN domain / Tripartite DENN domain profile. / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / small GTPase Rab1 family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Ras-related protein Rab-35 / DENN domain-containing protein 1A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Srikannathasan, V. / Szykowska, A. / Tallant, C. / Strain-Damerell, C. / Kopec, J. / Kupinska, K. / Mukhopadhyay, S. / Gavin, M. / Wang, D. / Chalk, R. ...Srikannathasan, V. / Szykowska, A. / Tallant, C. / Strain-Damerell, C. / Kopec, J. / Kupinska, K. / Mukhopadhyay, S. / Gavin, M. / Wang, D. / Chalk, R. / Burgess-Brown, N.A. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Bountra, C. / von Delft, F. / Huber, K.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of DENND1A-RAB35 complex with GDP bound state.
著者: Srikannathasan, V.
履歴
登録2017年9月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DENN domain-containing protein 1A
B: DENN domain-containing protein 1A
C: Ras-related protein Rab-35
D: Ras-related protein Rab-35
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,41523
ポリマ－130,1684
非ポリマー2,24819
水15,493860
1
A: DENN domain-containing protein 1A
C: Ras-related protein Rab-35
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,16011
ポリマ－65,0842
非ポリマー1,0769
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5060 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area22950 Å2
手法PISA
2
B: DENN domain-containing protein 1A
D: Ras-related protein Rab-35
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,25612
ポリマ－65,0842
非ポリマー1,17210
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5270 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area23460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.700, 67.990, 101.710
Angle α, β, γ (deg.)80.500, 76.800, 67.060
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 DENN domain-containing protein 1A / Connecdenn 1 / Connecdenn / Protein FAM31A


分子量: 45006.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Chain A- DENND1AA (UNIPROT Q8TEH3) Chain B- RAB35 (UNIPROT - Q15286)
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DENND1A, FAM31A, KIAA1608 / プラスミド: pFB-CT10HF-LIC / 詳細 (発現宿主): C-terminal TAg / Cell (発現宿主): SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8TEH3
#2: タンパク質 Ras-related protein Rab-35 / GTP-binding protein RAY / Ras-related protein Rab-1C


分子量: 20077.725 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB35, RAB1C, RAY / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 詳細 (発現宿主): N-terminal his tag / Cell (発現宿主): Escherichia Coli BL21 DE3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15286

-
非ポリマー , 4種, 879分子

#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 860 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.49 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 25%PEG3350, 0.2M AMS, 0.1M Bis-Tris pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月13日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→50.452 Å / Num. obs: 115286 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 3.4 % / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 1.82→1.87 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
xia2データ削減
xia2データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3TW8

3tw8


解像度: 1.82→50.452 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 26.78
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2323 5773 5.01 %
Rwork0.1935 --
obs0.1954 115262 96.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 130.5 Å2 / Biso mean: 36.0058 Å2 / Biso min: 17.14 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.82→50.452 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8664 0 133 860 9657
Biso mean--49.64 45.07 -
残基数----1106
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0089085
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.10412376
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0431398
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051583
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4383223
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.82-1.84070.34281880.37623655384396
1.8407-1.86230.39551950.36243595379096
1.8623-1.88510.32071880.33183633382196
1.8851-1.90890.32932230.31993598382196
1.9089-1.9340.34112020.29813611381396
1.934-1.96050.32741970.2793624382196
1.9605-1.98850.30222210.27133663388496
1.9885-2.01820.27341820.25983590377296
2.0182-2.04980.30192090.24333593380296
2.0498-2.08340.2691890.2343641383096
2.0834-2.11930.24351840.22263669385396
2.1193-2.15780.22961820.21723630381296
2.1578-2.19930.26482020.20963599380196
2.1993-2.24420.28931760.21093592376895
2.2442-2.2930.24691920.20873654384696
2.293-2.34640.21531740.1953638381296
2.3464-2.4050.24162110.19733619383096
2.405-2.47010.22721870.19453601378896
2.4701-2.54270.25852050.19963649385496
2.5427-2.62480.21842020.19193587378996
2.6248-2.71860.22881860.18963657384396
2.7186-2.82750.24991930.19223671386497
2.8275-2.95610.23981870.19563697388497
2.9561-3.1120.24091500.18423717386797
3.112-3.30690.19871850.17683699388498
3.3069-3.56220.21321900.17653687387798
3.5622-3.92050.20651950.15973726392198
3.9205-4.48750.19372090.15363709391898
4.4875-5.65260.18391710.15763761393298
5.6526-50.4710.22581980.18373724392298
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 17.726 Å / Origin y: 9.6475 Å / Origin z: 25.363 Å
111213212223313233
T0.2146 Å20.0077 Å20.0341 Å2-0.1859 Å2-0.0001 Å2--0.2031 Å2
L0.2772 °20.0677 °20.2242 °2-0.1059 °20.0364 °2--0.4261 °2
S0.018 Å °-0.0057 Å °-0.001 Å °0.0447 Å °-0.0049 Å °0.0262 Å °-0.0351 Å °-0.0063 Å °-0.0127 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA2 - 390
2X-RAY DIFFRACTION1allB2 - 394
3X-RAY DIFFRACTION1allC3 - 178
4X-RAY DIFFRACTION1allD4 - 177
5X-RAY DIFFRACTION1allE1 - 9
6X-RAY DIFFRACTION1allF1 - 8
7X-RAY DIFFRACTION1allK1 - 2
8X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 643
9X-RAY DIFFRACTION1allW1 - 312

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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