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- PDB-6ek4: PaxB from Photorhabdus luminescens -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ek4
タイトルPaxB from Photorhabdus luminescens
要素PaxB
キーワードMEMBRANE PROTEIN / pathogens / pore forming toxins / alpha-helical / adventitious membrane protein
機能・相同性: / XaxB
機能・相同性情報
生物種Photorhabdus luminescens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Braeuning, B. / Groll, M.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Structure and mechanism of the two-component α-helical pore-forming toxin YaxAB.
著者: Bastian Bräuning / Eva Bertosin / Florian Praetorius / Christian Ihling / Alexandra Schatt / Agnes Adler / Klaus Richter / Andrea Sinz / Hendrik Dietz / Michael Groll /
要旨: Pore-forming toxins (PFT) are virulence factors that transform from soluble to membrane-bound states. The Yersinia YaxAB system represents a family of binary α-PFTs with orthologues in human, ...Pore-forming toxins (PFT) are virulence factors that transform from soluble to membrane-bound states. The Yersinia YaxAB system represents a family of binary α-PFTs with orthologues in human, insect, and plant pathogens, with unknown structures. YaxAB was shown to be cytotoxic and likely involved in pathogenesis, though the molecular basis for its two-component lytic mechanism remains elusive. Here, we present crystal structures of YaxA and YaxB, together with a cryo-electron microscopy map of the YaxAB complex. Our structures reveal a pore predominantly composed of decamers of YaxA-YaxB heterodimers. Both subunits bear membrane-active moieties, but only YaxA is capable of binding to membranes by itself. YaxB can subsequently be recruited to membrane-associated YaxA and induced to present its lytic transmembrane helices. Pore formation can progress by further oligomerization of YaxA-YaxB dimers. Our results allow for a comparison between pore assemblies belonging to the wider ClyA-like family of α-PFTs, highlighting diverse pore architectures.
履歴
登録2017年9月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PaxB
B: PaxB
C: PaxB
D: PaxB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,7988
ポリマ－162,7064
非ポリマー924
水4,071226
1
A: PaxB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,7233
ポリマ－40,6771
非ポリマー462
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PaxB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,6771
ポリマ－40,6771
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: PaxB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,7002
ポリマ－40,6771
非ポリマー231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: PaxB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,7002
ポリマ－40,6771
非ポリマー231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)104.590, 70.180, 136.890
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.41, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
PaxB


分子量: 40676.547 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Photorhabdus luminescens (バクテリア)
遺伝子: Phpb_01513 / プラスミド: pRSETA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1B8YJW8*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2 M MgCl2; 0.1 M Bis-Tris, 25% PEG 3350; 0.2M NaSCN

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 44675 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 2.9 % / CC1/2: 0.997 / Rrim(I) all: 0.069 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / CC1/2: 0.729 / Rrim(I) all: 0.515 / % possible all: 94.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Semet derivative of PaxB

解像度: 2.8→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 34.529 / SU ML: 0.326 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.398 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26835 2234 5 %RANDOM
Rwork0.2405 ---
obs0.24205 42429 95.37 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 85.879 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.67 Å2-0 Å20.04 Å2
2---2.37 Å20 Å2
3---4.93 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.8→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10648 0 4 226 10878
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.01910738
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0210991
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.6961.98414439
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.646325292
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.99251309
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.62125.863527
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.744152255
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.7611574
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0410.21700
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.0211966
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022232
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8346.5365260
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8346.5365259
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5279.7966561
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.5279.7966562
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.6076.6495478
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.6076.6485477
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.1629.9427878
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.60149.91712385
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.55449.89212366
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.419 155 -
Rwork0.363 2938 -
obs--93.67 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.0464-1.77990.6361.1317-0.40080.1462-0.0671-0.2102-0.21730.06530.11840.162-0.0096-0.0252-0.05140.14870.12370.05250.21890.17050.205-18.5229-33.5777-24.8693
22.0692-2.39781.51232.9464-1.80441.16710.04730.04590.1741-0.1068-0.2067-0.2937-0.01640.11240.15940.13860.04020.01360.23130.10270.18190.7341-6.5901-37.4063
32.1946-1.53861.36811.4249-1.13541.0018-0.1013-0.24240.06130.20630.0533-0.0238-0.2069-0.05720.0480.30.0920.00510.27340.0020.0111-19.56833.9257-24.2549
42.2605-2.06880.29572.1243-0.38640.11060.14990.0456-0.1013-0.1786-0.07710.11260.04030.006-0.07280.19010.1115-0.02720.19930.01590.1567-27.7013-18.978-48.8056
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A12 - 353
2X-RAY DIFFRACTION2B11 - 353
3X-RAY DIFFRACTION3C12 - 353
4X-RAY DIFFRACTION4D12 - 353

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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